Священник Фрисон возглавлял маленький католический приход в Одессе, на берегу Черного моря, а Слосканс — приход в Ленинграде. Неве навсегда запомнил то, что д’Арбиньи прошептал ему на ухо: «Помни, что теперь ты — наместник апостолов». Однако эти слова ни в коей мере не успокоили его: он прекрасно знал, что некоторые апостолы приняли мученическую смерть за веру.
С этих самых пор Неве, Фрисон и Слосканс превратились в резидентов агентурной сети Священного Альянса в Советском Союзе, известных под кличкой «подпольщики». Тайные миссии на вражеской территории были для агентов Священного Альянса делом ординарным. В последние годы они выполняли подобные миссии в оккупированной Бельгии, в Турции, на территории Австро-Венгрии и даже в Германии. На самом деле в Ватикане не без удовольствия восприняли известие о свержении царя Николая, верного защитника русской православной церкви против римской католической церкви, которая официально подвергалась дискриминации и преследованиям. Свержение царя и переход власти в марте 1917 года к либерально-демократическому Временному правительству могли открыть перед Священным Альянсом новые возможности. С принятием нового законодательства правительство начало попытки примирения с папством и католиками России.
Но все изменилось, когда в ноябре того же года власть взяли большевики Владимира Ленина. Для большевиков вопросы религии были вопросами классовыми, а классам не было места в обществе, которое они хотели создать.
23 января 1918 года Совет народных комиссаров объявил об изменении политики в отношении религиозных институтов. Был издан декрет, согласно которому им запрещалось контролировать школы; церковь лишалась поддержки государства и права владения собственностью; церкви запрещалось обращаться к верующим с просьбой о пожертвованиях; все те, кто исповедовал католическую религию, лишались гражданских прав.
Завершающий удар был нанесен в конце 1919 года, когда правительство Ленина запретило обучение детей католическим установлениям не только в школах, но и приватно, в домашних условиях. С этого момента всякие отношения между Ватиканом и Советским Союзом прекратились.
После таких направленных против религии мер Ватикан и папа Бенедикт XV оказались перед дилеммой: примириться с этими фактами или сопротивляться. Сначала папа и его государственный секретарь заняли выжидательную позицию, чтобы посмотреть, не откажется ли вскоре революционное правительство от столь суровой политики в отношении католиков. Но с другой стороны, Бенедикт XV решил призвать Мишеля д’Арбиньи, старого агента Священного Альянса и специалиста по делам России, и поручить ему начать плести свою подпольную сеть по всей территории Советского Союза. Его святейшество должен был «оставаться в неведении» насчет этих действий. Его следовало ставить в известность, только если бы потребовалось его вмешательство для пожалования какой-либо религиозной должности, как это имело место в случае с Эженом Неве.
Последним актом папы Бенедикта XV перед его смертью было утверждение 22 января 1922 года плана направления в Россию католической миссии. Исполнение этой операции взял на себя Священный Альянс. Американский иезуит Эдмунд Уэлш и еще тридцать священников поехали в разные части СССР. Пока агенты собирали информацию о католических общинах для дальнейшей деятельности, ватиканская дипломатия тайно устанавливала контакт с Лениным. Сначала переговоры шли в Риме, между посольствами, затем в Берлине, между самим государственным секретарем кардиналом Гаспарри и советским лидером.
Несмотря на то что Ватикан предоставил России беспроцентный кредит более чем на десять миллионов долларов, Ленин задерживал предоставление католикам концессий. Декрет об установлении дипломатических отношений и об экономическом сотрудничестве со старым врагом России, Германией, был подписан в Рапалло даже раньше, чем с папой Пием XI. Ответ не заставил себя долго ждать.
Весной 1923 года три католических прелата и двенадцать священников были арестованы тайной полицией по обвинению в контрреволюционной и антисоветской деятельности. Двоих из них, архиепископа Яна Чепляка и его старшего викария Константина Будкевича (он был еще и агентом Священного Альянса), приговорили: первого к пожизненному заключению и каторжным работам, второго — к смертной казни. Чепляку пожизненное заключение заменили на десять лет тюрьмы, Будкевич же был убит выстрелом в шею в одном из казематов Лубянки ночью 31 марта 1923 года.