После процесса Гартль воспользовался покровительством Гейдриха, который в те дни начинал свое блистательное восхождение к высшим сферам служб безопасности Адольфа Гитлера. Тридцатилетний семинарист сумел извлечь из этого возвышения своего покровителя пользу для себя. Гейдрих предложил Гартлю работу в СД, и тот согласился. Он оставил карьеру священника и принялся работать на СД со всем рвением новообращенного. Его первыми заданиями были сбор информации о членах нацистской партии, подозреваемых в тесных контактах с церковью и даже со Священным Альянсом; составление докладных записок по истории инквизиции, которые использовались партийной прессой в антикатолических кампаниях; участие в редактировании большого исследования по истории и организации ордена иезуитов, которые пользовались уважением служб безопасности Рейха за аскетизм, дисциплину и самоотречение во имя служения делу.
Подобную работу Гартль выполнял в течение многих лет. Затем постепенно стал отходить от нее, но вновь к ней вернулся, когда Рейнхард Гейдрих назначил его руководителем Департамента СД по делам церкви, известного также как отдел
Из своего кабинета Альберт Гартль держал под контролем все операции, направленные против германской католической церкви. Теперь, когда Гейдрих сделался шефом Государственной полиции, или гестапо, в полном мере проявились и амбиции Гартля. Он страстно желал, чтобы
С тех пор агенты Гартля стали тенями католических епископов, священников, церковных служащих, политиков, издателей и журналистов.
В период с 1939 по 1941 год Альберт Гартль превратился в главный страх и бич немецкой католической церкви, лидера специальной антиватиканской нацистской инквизиции и жестокого охотника за папскими шпионами. Крохотный отдел СД по делам церкви стал важной организацией, члены которой проходили подготовку в небольшой школе в одном из пригородов Берлина,
В ноябре 1938 года здоровье папы Пия XI сильно пошатнулось. Рождественские праздники он пережил
4 февраля он поднялся рано, чтобы отслужить мессу, но сердечный приступ вновь отправил его в постель. Пять дней спустя его болезнь осложнилась почечной недостаточностью, и в половине шестого утра 10 февраля папа тихо скончался.
Выборы нового понтифика оказались самыми политизированными в истории папства. Ватикан стал первым полем боя надвигавшейся мировой войны. Во всех государственных канцеляриях Европы и Америки заключались пари по поводу того, кто станет новым папой. Лондон, Вашингтон и Париж желали, чтобы преемник Пия XI продолжал двигаться в том же русле, то есть был противником Гитлера и Муссолини. Рим и Берлин хотели, чтобы этот преемник был в большей степени германофилом и в меньшей — сторонником союзников.
В день кончины Пия XI министр иностранных дел Франции Жорж Бонне заявил послу Великобритании в Париже сэру Эрику Фиппсу, что Франция и Великобритания должны объединить усилия, чтобы добиться избрания кардинала, более сочувствующего демократии, противника диктатур. Французский министр уже думал о кандидатуре бывшего государственного секретаря Пия XI кардинала Эудженио Пачелли.
Представитель Великобритании в Ватикане Д’Арси Осборн уверял свое Министерство иностранных дел, что шансы Пачелли быть избранным очень высоки. Профранцузски настроенные кардиналы встретились с послом Франции при Святом престоле Франсуа Шарлем Ру и объявили ему, что все они будут голосовать за Пачелли. Единственным противником этого решения был кардинал Тиссеран, предпочитавший кандидатуру кардинала Мальоне, который был когда-то нунцием в Париже и был настроен гораздо более антинацистски, чем Эудженио Пачелли.
С другой стороны, Германия и Италия активно действовали. Посол Италии в Ватикане, Бонифацио Пиньятти, и его германский коллега, Дитрих фон Берген, встретились, чтобы обсудить предпочтения Рима и Берлина. И Рим, и Берлин тоже желали избрания Пачелли, но фон Берген предупредил Пиньятти, что фюрер не отказывается и от идеи поддержать Маурильо Фоссати из Турина или Элияделла Коста из Флоренции.