Во время встречи Мюллера и Либера немецкий агент сообщил помощнику папы, что многие в высших кругах Германии, будучи настроены против милитаристской политики Адольфа Гитлера, хотели бы, чтобы папа Пий XII прозондировал Лондон на предмет возможности обсуждения вопроса о прекращении войны путем смены правительства в Берлине.
Либер знал от своего агента отца Никола Эсторци, что неорганизованное антинацистское сопротивление ни в коем случае не сможет подготовить и осуществить государственный переворот и отстранить от власти Гитлеpa и его клику. На самом деле начальники Мюллера хотели, чтобы Лондон и Париж не воспользовались возможностью государственного переворота для осуществления военных действий против Германии.
Отношения Йозефа Мюллера со Священным Альянсом начались еще тогда, когда немецкие епископы и кардиналы обнаружили, что гестапо перехватывает их переписку. Мюллер, таким образом, превратился в «тайный почтовый канал» двустороннего действия между Германией и Ватиканом. И именно Мюллер помог организовать прикрытие для агента Никола Эсторци — Посланца в Берлине.
После недолговременного пребывания в Мюнхене папа через отца Эсторци вызвал Мюллера в Рим. Ступив на итальянскую землю, Либер сообщил агенту абвера, что Пий XII решил, что голос немецкой оппозиции должен быть услышан в Лондоне. Это решение понтифика означало для Мюллера действительно тайную миссию, которая продолжалась несколько месяцев и вылилась в десятки поездок из Берлина в Лондон и обратно.
На самом деле Мюллер никогда не встречался с понтификом лично. Связь между ними осуществлялась через отца Роберта Либера. Мюллер и Либер встречались сначала на квартире священника-иезуита на территории Григорианского университета, а позже, из соображений безопасности, в одной из церквей ордена иезуитов и пригороде Рима.
Наконец, весной 1940 года Либер сообщил Йозефу Мюллеру, что Пий XII хочет принять его в своих личных апартаментах в Апостольском дворце Ватикана. При этой встрече будет присутствовать сэр д’Арси Осборн, посол Великобритании при Святом престоле.
Немец повторил папе и Осборну всю историю и рассказал, как была организована так называемая операция
Желая доказать искренность заговорщиков, Мюллер так скоро, как мог, поехал в Рим, чтобы сообщить Пию XII, что Гитлер готовился к военной кампании против Франции,
Либер по секрету предупредил посла Бельгии при Святом престоле Адриана Нейвенхюса, и тот послал в Брюссель срочную телеграмму. Пий XII в свою очередь приватно принял у себя наследника итальянской короны принца Умберто и его супругу принцессу Марию. Папа убедительно поведал им о нависшей над Голландией опасности и о том, что принцесса Мария должна немедленно предупредить о ней своего брата короля Леопольда. Все это происходило между 2 и 4 мая 1940 года. 8 мая правительства Голландии и Бельгии начали сомневаться в серьезности полученных сведений, тем более когда узнали, что их источником был агент абвера, который работал на Священный Альянс. И в этом была их ошибка.
10 мая первые немецкие соединения, «Панцирь», пересекли границу и, на пути во Францию, огнем и мечом прошли по Бельгии и Голландии.
Пренебрежение, с которым бельгийцы и голландцы восприняли предупреждения Ватикана, ранило Пия XII и подвигло на то, чтобы отдать Священному Альянсу распоряжение тайно установить связь с секретными службами Великобритании и Движением Сопротивления уже оккупированной Франции. Однако, приняв участие в секретных переговорах с правительствами иностранных государств и передавая союзникам сведения военного характера о Германии и Италии, Пий XII подверг большой опасности традиционный нейтралитет Ватикана. Поэтому папа предписал своему советнику и шпиону отцу Роберту Либеру уничтожать все бумаги, касающиеся контактов государства Ватикан как с союзниками, так и с немецким сопротивлением, включая документы и записи. В пределах Ватикана об этих контактах знали еще только три человека: государственный секретарь кардинал Луиджи Мальоне и два его доверенных помощника, монсеньеры Доменико Тардини и Джованни Монтини. Все они унесли свою тайну с собой в могилу.