Палуцци решил покончить с ирландцем как с главарем шпионской сети и дал своим агентам соответствующие инструкции. Однажды вечером, когда Керри шел пешком во французское посольство, на пути ему повстречались четыре человека, вооруженные шпагами и кинжалами. Через пару минут тело ирландского торговца и шпиона было брошено в воды Средиземного моря. Узнав о гибели и исчезновении Керри, его агенты перестали работать, а агенты Священного Альянса спокойно покинули Мальту. Длинная рука церкви еще раз дотянулась до ее врагов.
Именно во время понтификата Иннокентия XII отношения с Францией и Людовиком XIV стали менее напряженными. Первый шаг навстречу сделал могущественный французский монарх: он отозвал приказание изучать «четыре галликанских артикула» в гражданских школах. В ответ папа даровал, наконец, канонический статус кандидатам на вакантные посты, но, по рекомендации кардинала Палуцци, пережившего все эти перипетии в понтификат Иннокентия XI, потребовал от всех иерархов французской церкви письменного выражения их чувств, по крайней мере профессиональных, по поводу всего происшедшего. Авторы «Словаря пап и соборов» утверждают, что нельзя говорить об отступлении Людовика XIV перед папой, ибо «декрет о регалиях» не был отозван, а так называемые галликанские «четыре артикула», поскольку они не были аннулированы королем, продолжали изучаться в школах и университетах.
Однако Иннокентий XII, в котором по-прежнему жил инквизитор, продолжил священную войну против еретиков, в которой Священный Альянс кардинала Палуцци играл роль карающего меча истинной веры. Одним из тех, против кого был направлен этот меч, оказался Чарльз Блаунт.
Теория свободного экзамена, созданная в XVI веке сторонниками Реформации, не только послужила одной из причин раскола протестантизма, но и дала начало ряду мелких сект. Одной из таких сект был деизм.
Хотя первым деистом принято считать лорда Эдварда Чербери, жившего в конце XVI века, первые документальные свидетельства указывают, если верить «Энциклопедическому словарю католической теологии» Ветцера и Нельта, именно на Чарльза Блаунта.
Плаунт, нашедший убежище в Англии, показывал себя все более могущественным врагом католической церкви благодаря деизму, который проникал сквозь границы папских областей, несомый проповедниками, пытавшимися тайно обращать людей в свою веру. Некоторые из этих проповедников были схвачены Святой инквизицией и после того, как их подвергли жестоким пыткам, признались, что являются последователями Чарльза Блаунта.
Папа, не собиравшийся допускать подобную ересь, Приказал Палуцци принять меры. Престарелый кардинал решил послать в Англию трех монахов из числа членов Черного Ордена».
И вот однажды утром (это было в 1693 году) полемист Чарльз Блаунт был найден в своем жилище на полу с простреленной грудью. Власти разъяснили, что Блаунт, по всей видимости, покончил с собой, так как ему было отказано в разрешении вступить в брак со своей свояченицей, которую он очень любил. Вероятно, Блаунт, впав в состояние депрессии, лишил себя жизни выстрелом в сердце. Это объяснение приняли, дело закрыли, а монахи Палуцци вернулись в Рим.
Последние годы понтификата Иннокентия XII прошли под знаком дела об испанском наследстве. Король Карл II, который правил Испанией с 1665 года, обратился к папе за советом, и тот высказался в пользу четырехлетнего эрцгерцога Баварского Иосифа Фердинанда. Сын эрцгерцога Баварского Максимилиана Эммануила и великой герцогини Марии-Антуанетты, внучки Филиппа IV, был благодаря посредничеству Марины Австрийской и римского папы провозглашен в 1696 году Карлом II наследником испанской короны.
Подписание по инициативе Людовика XIV Французского «Договора о разделе» отдавало ему королевства полуострова, за исключением Гилускоа, американские колонии и Нидерланды. Остальные территории оставались во владении эрцгерцога Австрийского Карла или дофина Франции. Когда эта новость достигла Испании, Карл II провозгласил наследником всех своих владений, королевств и областей, без права отказа от какого-либо из них, маленького Иосифа Фердинанда.
Тогда кардинал Палуцци посоветовал папе, чтобы он, если хочет, чтобы Иосиф Фердинанд когда-нибудь царствовал в Испании, взял этого ребенка под свою защиту Глава папских шпионов знал, что Людовик XIV рано или поздно предпримет что-либо против малолетнего наследника в пользу своего внука, Филиппа Анжуйского. Палуцци не успел увидеть, как оправдались его опасения, он скончался 29 июня 1698 года в Равенне, где ему когда-то был пожалован сан почетного архиепископа, в возрасте семидесяти пяти лет.