В то время монастырь несколько раз посещали представители царской семьи. Царь Алексей Михайлович и его сын Федор приезжали в монастырь в дни празднования Пасхи. По обычаям того времени они наделяли насельников жалованием и христосовались с ними пасхальными яйцами. Посещение государей было огромным торжеством для убогой обители.
С 1680 г. по 1731 г. он был приписан к Заико но спасскому монастырю. В 1744 г. вместо Московской он был причислен ко Крутиц кой епархии. И в 1751 г. в нем была размещена переместившаяся сюда из Вяземского Предтечевского монастыря семинария, которая дала этому божедомскому монастырю характер училищного.
С 1764 г., по указу Синода о введении монастырских штатов, в обители были учреждены духовные штаты, и им стал управлять игумен Варлаам. Тогда в числе братии были три иеромонаха и три иеродиакона. На содержание этого монастыря и монашествующих в год, согласно синодальному постановлению, отпускалось только 27 руб. 77 коп.
Но в 1770–1772 гг., во время эпидемии чумы, когда погибли тысячи жителей Москвы, семинария фактически прекратила свое существование (официально она была распущена несколько лет спустя в 1776 г.). Тогда в Покровскую обитель свозили больных. Никаких лекарств практически не было, в качестве антисептического средства жгли можжевельник. Братия обители, готовя умирающих к вечности, напутствовали их исповедью и причастием. Немногих выздоравливающих перевозили в Архиерейский дом у Салтыкова моста. В эти годы Покровский монастырь вновь стал обителью при Убогом доме. Лишь с окончанием эпидемии Убогие дома были упразднены окончательно, а Покровский монастырь снова приписан к Московской епархии.
Во время войны 1812 г. Покровская обитель была сильно разорена. Незадолго до захвата Москвы французской армией, настоятель обители – строитель Иона, взяв главные святыни, с частью братии отправился в Вологодские пределы – в Прилуцкий монастырь. В монастыре осталось лишь несколько монахов и служителей. Оставшуюся церковную утварь они спрятали в храме. Французские солдаты ворвались в монастырь и разграбили кельи.
Они допытывались, где спрятаны церковные сокровища и деньги. Пятерых монахов, разутых и раздетых, повели за Покровскую заставу и там истязали, пытаясь узнать, где спрятаны ценности. В тот же день были сожжены хозяйственные постройки обители.
Французский генерал, поселившийся в монастыре, превратил храмы в конюшни, приказав поставить там лошадей. Солдаты также оскверняли монастырские святыни: рубили и жгли иконы, вбивали гвозди в лики святых, использовали престолы и жертвенники вместо столов и рубили их на дрова. В конце концов, под печью в соборной церкви солдаты обнаружили спрятанную церковную утварь и ризы. Все представлявшее ценность забрали, а ризы сожгли. Оставшуюся в обители братию гоняли на тяжелые работы, но затем монахам удалось бежать. Отступая из Москвы и оставляя Покровскую обитель, французы подожгли оставшиеся строения. Но, несмотря на пожар, церкви и ограда монастыря уцелели от огня.
Вернувшись на пепелище, строитель монастыря иеромонах Иона стал восстанавливать Покровскую обитель. Его подвижническая жизнь привлекала в монастырь многих жертвователей, благодаря которым уже через несколько лет обитель была полностью восстановлена.
Труды о. Ионы произвели впечатление и на императора Александра I. Однажды, внезапно посетив Покровский монастырь, он застал строителя иеромонаха Иону стоящим на келейной молитве в одной власянице. Старец сказал царю: «Государь, в чем застал, в том и суди». На что император ответил: «Я желал бы заставать в таком занятии и всех монахов». После этого он побеседовал с о. Ионой и осмотрел монастырь, восстановленный после пожара и разорения.
Впоследствии, в 1825 г., о. Иона был возведен в игумены, а в 1831 г., уже при приемнике императора Александра, императоре Николае I, также по достоинству оценившем подвиги Покровского настоятеля – в сан архимандрита. Архимандрит Иона скончался в 1833 г., и был погребен за алтарем Покровской церкви. На медной доске его надгробного памятника была выгравирована надпись: «Против сего места погребено тело Московского Покровского монастыря отца Архимандрита Ионы в Бозе почившего 25 января 1833 года, в глубокой старости, на 78 году от рождения своего. Сей ревностный муж от всех, кто только знал его приобрел любовь и почтение, обратил на себя внимание Государя Императора Александра I, который при посещении мирныя обители сей, в 1818 году, удостоил его высочайшего посещения в смиренной его келии. Господи! прими дух его с миром! В управлении монастырем находился более 26 лет».
Приемники архимандрита Ионы – архимандриты Амвросий, Иоанафан и Паисий также отличались строгим благочестием. При них обитель достигла вершины процветания и благоустроения.