В ночь смерти Петра те, кто любил его, предстали перед гражданскими властями и обратились к ним с той же просьбой, какую Иосиф Аримафейский некогда адресовал Пилату: выдать тело. Мы знаем наверняка, что среди этих людей были святые Лин, Анаклет и Климент — три непосредственных преемника Петра, три пастыря младенческой христианской церкви. В те времена на такие просьбы никогда не отвечали отказом. Римский закон гласил, что тела приговоренных к смерти после казни должны выдаваться родственникам.
Той темной ночью в Риме случилось в некоторой степени повторение сцены, имевшей место в Иерусалиме в ночь после распятия. Как и Учителя, Петра сняли с креста и завернули в тонкое льняное полотно; его тело в скальной гробнице обложили душистыми травами и благовониями. Эта могила, сегодня находящаяся под высоким алтарем собора Св. Петра, в 67 году находилась на открытом кладбище у обочины Виа Корнелия. Слева от этой дороги высилась северная стена цирка Нерона; справа, в ее тени, притаилось кладбище; раскопки более позднего времени выявили множество языческих и христианских захоронений. Возможно, один из членов христианской общины предложил свой участок, как Иосиф Аримафейский отдал собственный для Иисуса. Так похоронили святого Петра.
Первое святилище было построено над могилой апостола святым Анаклетом, которого поставил в священники сам Петр; впоследствии он стал третьим по счету епископом Рима. Это святилище представляло собой обычный мемориал
Когда император Константин обратился в христианство и преследования закончились, правитель удовлетворил просьбу папы Сильвестра выстроить церковь на древнем папском кладбище возле Виа Корнелия. Согласно обычаям того времени, оригинальную могилу не тронули, и первый собор Св. Петра возвели так, чтобы гробница оказалась прямо под алтарем. Константин использовал северную стену римского цирка Нерона как основание для южной стены базилики, поэтому южная сторона старого собора заняла значительную часть северного участка цирка, на котором римская толпа наблюдала за тем, как сжигали и распинали мучеников двумя с половиной столетиями ранее.
Ранние паломники входили в совсем другую церковь, чем та, что стоит над гробницей сегодня. Поднявшись на коленях по тридцати пяти ступеням, они попадали в первый двор, или атриум, — большой, отделанный мрамором, без кровли, окруженный крытой галереей. В центре двора мраморные колонны поддерживали бронзовый навес, а под ним находилась огромная позолоченная сосновая шишка, из которой текла вода; это был фонтан для омовения, которое требовалось совершать, прежде чем войти в храм.
Миновав залитый солнцем двор, паломники попадали в обширное пространство церкви, разделенное рядами колонн; семьсот светильников горели там днем и ночью перед 52 алтарями и часовнями. Стены и арки сияли золотыми мозаиками, а пол был выложен белым мрамором, заимствованным из цирка Нерона. В западной части собора витые колонны поддерживали навес; под ним находилась могила Петра. Церковь заканчивалась западной апсидой и широкой полукруглой кафедрой с установленным по центру креслом для папы, а на арке над кафедрой находилась знаменитая мозаика, ныне утраченная: коленопреклоненный император Константин подносит модель церкви Спасителю.
Доведись нам посетить старую базилику вместе с саксонскими паломниками, мы бы кланялись сооружению над гробницей Петра и первых пап ровно так же, как это делают паломники современные, но вдобавок могли бы увидеть и саму могилу апостола. У паломников существовал обычай наматывать платок или привязывать другой небольшой предмет на конец длинной палки, чтобы прикоснуться к надгробию, находившемуся в глубине и огражденному балюстрадой; так происходил физический контакт с саркофагом святого. Дьякон из Тура по имени Агиульф посетил это место около 600 года и оставил детальное описание, процитированное Григорием Турским в сочинении