Эти же опасения тридцать два года спустя приобрели характер суеверия, широко распространившегося за пределы Ватикана по всему Риму. Установка балдахина работы Бернини потребовала прочного основания для четырех несущих колонн, и в июне 1626 года, когда Бернини начал раскопки в районе крипты, он практически сразу же наткнулся на человеческие останки. Взрыв суеверий был вызван тем, что вслед за этим произошло несколько смертей среди тех, кто участвовал в работах, причем люди умирали один за другим, а потом заболел папа Урбан VIII, и тогда римляне потребовали немедленного прекращения реконструкции. От папы ждали решения — принять которое было не так-то просто, — отказаться от постройки навеса или продолжить работы; Урбан, «сознавая, что намерения у него самые благие и что все совершаемые действия не имеют иной цели, кроме желания воздать честь и славу Господу», осмелился продолжить раскопки. Выяснилось, что под алтарем собора, вокруг могилы апостола, находятся несколько слоев захоронений, в которых нашли не только скелеты мучеников, но и останки, датируемые более ранними временами, с явными следами огня. К счастью, Р. Убальди, каноник собора Св. Петра, составил детальный отчет о строительных работах; он хранился в архивах Ватикана и оставался неизвестным широкой публике вплоть до 1891 года, когда его обнаружил профессор Армеллини. Убальди сообщает:
Были обнаружены две усыпальницы, и каждая из них содержит по два тела. Формы и контуры вполне различимы, а головы обращены к алтарю. Тела облачены в длинные одежды до пят, темные, почти черные от времени, и обмотаны пеленами, как младенцы; пелены покрывали и головы. Эти тела лежали бок о бок. Сами усыпальницы, стоило к ним прикоснуться, рассыпались в прах, и за исключением нескольких фрагментов одежды ничто не уцелело после прикосновения. Невозможно составить ясное или хотя бы приблизительное представление об именах похороненных или об их внешности, но традиция говорит определенно, что рядом с телом святого Петра хоронили первых патриархов и отцов нашей Церкви, чья кровь стала семенем, из которого произросла святая и великая республика…
По мере продолжения работ обнаруживали все новые останки, которые осторожно перекладывали в гробы из кипариса, едва заканчивался очередной этап раскопок, а потом ставили как можно ближе к тем местам, которые они занимали на протяжении минувших веков.
Убальди продолжает:
Стали копать там, где должно стоять второе основание, напротив первого, прямо перед исповедальней. Не более чем в трех или четырех футах в глубину нашли массивный гроб из мраморных плит, но поскольку он не сильно мешал закладке опоры, сочли необходимым лишь срезать его заднюю стенку. Когда стенку отрезали, все поразились, увидев внутри пепел и значительное количество костей, слипшихся вместе и обгоревших. Всем пришло на ум воспоминание о знаменитом пожаре времен Нерона, за три года до мученичества святого Петра, когда христиан ложно обвинили в поджоге и признали виновными в преступлении, а затем доставили в цирк при Садах Нерона, расположенный как раз на Ватиканском холме, и там подвергли мучениям.
Во время закладки четвертого основания, с евангельской стороны алтаря, нашли могилу с двумя телами.