Еще в августе 1939 года владыка предчувствовал: «Не исключено, что будет весьма трудно и архипастырям придется употребить все усилия и всю пастырскую мудрость, чтобы повести корабль церковный по должному пути»180
. На самом деле после нападения японцев на Пирл-Харбор 8 декабря 1941 года между Шанхаем и Европой вплоть до 1945 года было прервано сообщение. Ввиду сложившейся ситуации церковное управление на Дальнем Востоке было возложено на митрополита Мелетия Харбинского. По словам владыки, «тогдашние власти в Харбине весьма настаивали на том, чтобы было прекращено поминовение митрополита Анастасия, которого они считали своим недоброжелателем. Однако, обосновав многими ссылками на каноны, дальневосточные иерархи воспротивились тому и продолжали считать митрополита Анастасия главою Зарубежной Церкви»181. В конце войны единственным источником информации в Шанхае, если не считать информации, исходившей от стран «Оси»182, было советское радио, которое слушали русские эмигранты. Это время было периодом расцвета советской пропаганды, достигшей своего апогея к моменту победы в 1945 году. Играя на религиозном чувстве русского народа, Сталин, накануне войны практически истребивший Церковь, разрешил избрать в 1945 году митрополита Алексия на патриарший престол. Казалось, что в СССР пробил час освобождения Церкви. Но в действительности всё обстояло совсем иначе. На волне победы советское правительство просто делало всё возможное для возвращения эмигрантов, в том числе и священнослужителей, обратно в СССР. Все русские архиереи Китая, за исключением владыки Иоанна, наивно поддались пропаганде. В их числе даже знаменитый миссионер архиепископ Нестор Камчатский, который, по словам советской хроники, «встречал приветствием от верующих Харбина победоносную Советскую Армию». Сразу же, в 1945 году, патриарх Московский Алексий I назначил его управляющим Харбинской епархией. Сейчас нам известно, что в 1948 году его, прибывшего по приглашению на Собор Автокефальных Церквей в Москву, арестовали при переходе через границу, конфисковали имущество и отправили в ужасные Мордовские лагеря, откуда освободили лишь в 1956 году. Такова была судьба огромного числа несчастных, поддавшихся пропаганде,– и не только на Дальнем Востоке, но и везде, где жили эмигранты.