Владыку скоро вынуждены были вернуть в Туруханск, поскольку местные жители, разгневанные тем, что в больнице Туруханска умер крестьянин, которому некому было оказать врачебную помощь, вооружились косами, вилами и топорами и угрожали развалить ГПУ и сельсовет. С радостью встретили его не только жители Туруханска, но и сопровождавший его за полярный круг комсомолец-конвоир. Чувствовали необычную силу и благословенность этого человека даже люди далекие от христианства. Коллеги вспоминали, как однажды «в кабинет вошла целая делегация тунгусов просить благословения». Среди охотников-тунгусов о нем ходили легенды: одному старику он сделал пересадку слизистой век, так что после операции тот продолжал стрелять белок, попадая прямо в глаз, как в молодости.
Его поневоле уважали даже палачи. Святитель в своей автобиографии вспоминал: когда заканчивалась его очередная ссылка, помощник начальника ГПУ, «показывая в окно на обновленческий собор, сказал мне: “Вот этих мы презираем, а таких, как Вы, – очень уважаем”».
В 1930 году он был вторично арестован и писал родным: «От меня хотят добиться отречения от священного сана. Я объявил голодовку протеста». Следователь говорил непокорному епископу вполне определенно: «Нам выгоднее сразу отделаться от Вас».
Из-за голода участились сердечные приступы. Врачи были вынуждены несколько раз отправлять его в тюремную больницу. 30 августа из больницы епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отправил письмо А.И. Рыкову: «С первых же шагов земской работы я направил большую часть своей энергии на разработку вопросов гнойной хирургии, т. к. увидел, что это важнейший в практическом отношении для рабочих людей отдел хирургии… К сожалению, обстоятельства вынуждают меня хвалить себя, и я должен сказать, что чувствую в себе еще очень большие научные силы и творческие способности… имею 15 т. и. “изобретений”, а мои способы регионарной анестезии приводятся в немецких учебниках. Я хотел бы всецело отдаться разработке гнойной хирургии, и моя давнишняя мечта – создание специальной клиники гнойной хирургии… если бы она впервые возникла в СССР».
Но карательным органам не нужны были клиники, наука, больные. Обращение во все инстанции не дало ни малейшего результата. В марте 1931 года святитель, почувствовав после приступа, что дни его сочтены, передал записку руководству ОГПУ с просьбой прислать к нему епископа Стадницкого и юриста, который бы помог составить завещание. Вот что он написал в этом документе, который волей случая сохранился и приведен в книге В.А. Лисичкина «Лука, врач возлюбленный»:
«Все священные предметы, к архиерейскому сану относящиеся, т. е. панагии, кресты, митры, облачения, – митрополиту Новгородскому и Старорусскому Арсению, медицинские книги и инструменты и рукопись моей книги “Очерки гнойной хирургии”… – сыну моему Михаилу, все прочие книги – сыновьям моим Алексею и Валентину. Кипарисный крест… серо-зеленые четки (память матери)… черные четки из хлеба, находящиеся при мне, – дочери моей Елене. Прочие четки – сыновьям моим, Софии Сергеевне Белецкой и монахиням Лукин и Валентине».
Даже из этого завещания видно, что в этом человеке были неразделимы священническое служение и хирургия. И если первое ему не могли «простить», вторым наконец-то заинтересовались и решили ознакомить заключенного с договором Медгиза на издание его книги «Очерки гнойной хирургии», готовящейся в это время к публикации. В ответ он попросил отпустить его домой для работы над книгой. Будучи на грани жизни и смерти, епископ Лука беспокоился не о себе, а о неоконченной рукописи, так нужной врачам.
Порой его твердость и несгибаемость приводили к ожесточению преследователей. Прихожанка Успенского кафедрального собора Ташкента вспоминала через много лет: «…его, как хулигана, дергали за бороду, плевали ему в лицо. Я как-то невольно вспоминала, что вот так же и над Иисусом Христом издевались, как над ним».
Владыка прошел страшные тюрьмы и лагеря. Один из своих «сроков» он отбывал в Котласе, в лагере Макариха. Там в это время свирепствовала эпидемия сыпного тифа. «Год тому назад в Макарихе… каждый день вырывали большую яму и в конце дня в ней зарывали до семидесяти трупов», – писал позднее святитель. Он работал в тюремной больнице, постоянно рискуя заразиться, но Бог сохранил своего избранника.