Представители власти периодически пробовали смягчить его лестью, видя, что жесткие меры ни к чему не приводят. В Архангельске особоуполномоченный коллегии ГПУ в течение трех недель ежедневно беседовал с епископом Лукой, говорил, что его дело вели «меднолобые дураки», и обещал ему освобождение и кафедру в Москве, если он откажется от своего священного сана. Владыка позднее вспоминал как тяжкий грех, что он дрогнул и написал заявление под влиянием «медовых речей», а также из-за возникшего в то время непонимания между ним и церковным начальством: «При нынешних условиях не считаю возможным продолжать служение… хочу продолжить работу по хирургии. Однако сана епископа я никогда не сниму». Ему дали некоторое время поработать в больнице, но тяжелые сомнения постоянно терзали его, и исповедовать свою веру он никогда не переставал.
Его крестный путь вскоре продолжился. 23 июля 1937 года «черный воронок» увез владыку Луку в тюрьму. Ему был уже 61 год. Обвинение было смехотворным, но разбиралось всерьез. Архиепископ Борис (Шипулин), известный провокатор в среде священнослужителей, показал, что В.Ф. Войно-Ясенецкий вел шпионскую работу в пользу английской разведки. 18 ноября 1937 года епископ Лука начал голодовку, а на третий день написал в НКВД УзССР: «Следователями по моему делу мне предъявлены тягчайшие и крайне позорные обвинения, лишающие меня доброго имени и чести… Я лишен всех прав и всякой цели жизни, т. к. для меня невозможно ни священнослужение, ни работа по хирургии, ни очень важная для меня научная работа, я лишен семьи, свободы и чести…» Реакция власти – допрос конвейером в течение 16 суток.
Это не сломило епископа Луку, и он отвечал следователю на допросах:
23 февраля, в День Красной армии, чекисты возобновили издевательства… В подвале, в карцере меня мучили несколько дней в очень тяжелых условиях».
Дело Войно-Ясенецкого скоро отправили в Москву, а личные вещи святителя сожгли, устроив большой костер. Настоящие бесовские игрища… Других привлеченных по этой статье расстреляли в 1937 году. Такой же была судьба «предателей» в 1938 году.
В 1943 году епископ Лука работал в госпитале в Красноярске, куда его доставили с места ссылки. В этот год исполнилось 20 лет, как он принял священный сан, столько же лет он провел в тюрьмах и ссылках. Никогда не допуская сомнений в правильности выбранного жизненного пути, святитель объяснял в письме к старшему сыну: «Это было начало того тернистого пути, который мне надлежало пройти. Но зато это был и путь славы у Бога».
После войны, в декабре 1945 года, председатель Тамбовского облисполкома вручил архипастырю-хирургу медаль «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов». На что святитель публично заявил, что «помог тысячам раненых… наверняка помог бы еще многим, если бы вы не схватили меня ни за что ни про что… и не таскали бы одиннадцать лет по острогам и ссылкам. Вот сколько времени потеряно и сколько людей не спасено отнюдь не по моей воле». Растерявшийся председатель забормотал, что прошлое пора забыть, а жить надо настоящим и будущим. Его перебил басовитый голос владыки Луки: «Ну, нет уж, извините, не забуду никогда!» Это не означало, что он не может простить – конечно, по-христиански прощал он и врагов. Но забывать такие вещи считал безнравственным.
Почему же в 1946 году владыка принял Сталинскую премию, послал телеграмму Сталину со словом «высокочтимый», носил на рясе значок сталинского лауреата?
Хотя большую часть премии он вернул главе государства с просьбой отдать обездоленным войной детям, а остальное раздал нуждающимся священникам, можно подумать, что он изменил свое отношение к советской власти. Ведь произошли положительные перемены: во время войны был собран Священный Синод, членом которого святитель был избран, стали открывать церкви, возвращать из ссылки уцелевших священников.
Марк Поповский считает, что святителя Луку обольстили, обманули, что он не выдержал своей высокой борьбы до конца.