Летописи повествуют: «В царствование Иоанна Васильевича Грозного в 1553 году, когда объявилась на Москве ересь Матюшки Семенова, сына Башкина, и его единоплеменников, бывшего игумена Троицкого Артемия и Перфила Малого в Саватах и иных. Царь же, великий князь и митрополит сыскали про них и из их уст слышали, что всех чудотворцев, верующих во Христа и чудеса творящих, похулили, а правила все церковные и соборы в басни вменяли, и осудиша их неисходимыми быти, да не сеют злобы своею роду человеческому, и утвердиша истинный закон христианский, изъясняя св. Евангелием и Апостолом правилы св. Апостол, а прелестных посрамиша. И в которое время у митрополита (Макария) истязалися с Перфилом о чудотворцах, еже глаголют святого Николу проста мужа, и в то время Никола, Гостунский чудотворец, в храме своем у своего образа простил (т.е. исцелил) сына боярского, расслабленного руками и ногами, тулянина, Григория Сухотина, на молебне: во един час стал здрав, якоже ничим вредим, и прииде протопоп Никольский Аммос и того Григория прощенного привел к митрополиту на сбор, и увидав все от самого прощенного, чудо, сбывшееся Богом и Его Угодником, и прославиша Бога, истинного Христа нашего, и угодника Его Николу, иже не оставляет рабов своих, уповающих на Бога, и богохульных еретиков зле посрамиша». Это в 1553 году, а «в 1555 году, — записано там же, — месяца сентября в 7 день, после возвращения из Казанского похода, священа бысть церковь великого чудотворца Николая Гостунского; того же ради, что подписаша и украсиша всякими потребами церковными, а священа бысть Макарием, митрополитом всея России. Бе же на освящении ту благоверный царь великий князь Иван Васильевич всея Руси и с братом своим, с князем Юрием, и с боляры и множеством народа».
Новое доказательство того, что ни одно великое событие в истории нашей не совершалось и никакое важное дело не предпринималось ни народом, ни государями его, без обращения к помощи Чудотворца, без признательности святителю по окончании этих дел. Этот-то подновленный и украшенный храм существовал до 1816 года. В этом же году, ввиду своей трехвековой древности, он был снесен, а престол его перенесен в храм колокольни Ивана Великого, переименованный в Николо-Гостунский собор из прежнего Рождество — Богородицкого.
Несомненно, святитель явил немало дивных знамений от Гостунского своего образа. Об этом свидетельствует обыкновение, долго хранившееся среди благочестивых москвичей, прибегать к Чудотворцу не только в болезнях и скорбях, но и в радостях своих с ходатайством о небесном его благословении. Так, в старину родители московские имели обыкновение молиться пред ним за помолвленных сыновей и дочерей своих.
Икона была утрачена во время революционной смуты. Сейчас в Ризоположенской церкви Московского Кремля находится лишь деревянная фигура святителя Николая Можайского, вырезанная знаменитым резчиком старцем Ипполитом
Особенно чтимый образ Угодника хранился в ныне не существующем Чудовом монастыре (в трапезной Благовещенской церкви). По преданию народному, «из прибегающих к нему с верой в разных нуждах своих, молитвами святителя получают благодатную помощь особенно страдающие неудержимою страстью к пьянству». Основой для этого предания послужило, вероятно, то, что икона эта первоначально находилась в одном питейном доме. Отсюда, уже начиная с 1840 года, слух о ней стал распространяться по всей Москве. К ней начало стекаться много народа и служить пред ней молебны святителю. Об этом донесено было святителю Филарету Московскому, и тогда, по его приказанию (1 октября 1846 года), образ был перенесен в Чудов монастырь. Здесь «для служения молебнов пред иконой всегда находился особый монах».