Не в последний, однако, раз Псковскому краю и не одному ему была нужна тогда дивная помощь Чудотворца против западных врагов: скоро после того она снова потребовалась не только для него, но и для всей России. Ободренные предшествовавшими успехами, под покровительством особых исторических обстоятельств во внутренней жизни Руси: насильственного прекращения прямого царского рода — убийством невинного отрока-царевича Димитрия, народного нерасположения к Борису Годунову, виновнику этого преступления, разных физических бедствий — голода, мора, пожаров, усиливавших нависшее над Русью мрачное облако недавнего злодеяния — поляки пытались просто покорить себе Русь, подчинить ее себе насильственно. Это им не удавалось, и они более не надеялись достигнуть своего таким способом. Они замыслили достигнуть того же иначе, и с этою целью пытаются посадить на московский престол своего государя. Тень убиенного царевича, вопиявшая к небу об отмщении, послужила коварным полякам удобным орудием для осуществления их замыслов, и они, действительно, пользуясь услугами нескольких самозванцев, овладевают почти всем русским царством, и престолом, и столицей... Так, чаша гнева Божия была испита. Русь, возбуждаемая голосами верных сынов Церкви и отечества, мгновенно очнулась от своего усыпления и ослепления коварством врагов и покончила время междуцарствия приснопамятным событием единогласного народного избрания на царство новой отрасли царственного дома — Михаила Феодоровича Романова. Печальное то было время на Руси, одна из самых мрачных страниц во всей ее истории. Поляки и литовцы прошли ее со своими насилиями вдоль и поперек и проникали туда, куда татары не проникли за все время почти трехвекового своего владычества. За какие-нибудь десять лет междуцарствия поляки и литовцы наводнили всю Русь своими разбойническими воинскими шайками и так внедрились в нее, подобно какой-нибудь язве, что долго еще и после воцарения юного государя разные края русской земли изгоняли из себя этих хищников. Вот почему в самых разнообразных уголках нашего отечества осталась память о нашествии Литвы, о молитвах православных ко Господу и Его святым, о помощи и о дивных знамениях милости Чудотворца к русской земле в ее новом испытании.
Снова Псковская земля, как пограничная, подвергается нашествию этих хищников. Между прочим, опасность вражеского опустошения в 1606 году грозила и городу Торопцу. Летопись, однако, гласит, что предстательством святителя Николая и силою его чудотворного образа Угодника в местной приходской Николаевской церкви опасность была устранена.
Главной приманкой Литвы в это время был первопрестольный город и никакие другие города и окрестности не пострадали так от них в то лихолетье, как Москва и ее окрестности. Кто из русских людей не знает об осаде Троице-Сергиевой лавры литовцами в 1608(9) г. и о мужественном и успешном сопротивлении иноков врагам в течение полуторагодового времени? Только молитвы иноков ко Господу и Его святым угодникам дали обители силу выдержать все ужасы упорной осады и сослужить великую службу своему отечеству. По исконному обычаю с особенным усердием молитвы осажденных неслись и к древнему покровителю земли и веры русской, святителю Николаю и, как и всегда, и здесь он не оставил их неуслышанными. История записала нам следующее благодеяние Чудотворца обители в те тяжелые времена. От голода и истощения среди осажденных открылась сильная цинга, и началась большая смертность. Что было делать? Этот враг внутренний был опаснее внешнего и грозил обители беспомощностью в дальнейшем сопротивлении полякам. Тогда архимандрит и воевода решили обратиться с усердной мольбой о помощи к известному в бедах предстателю, Чудотворцу Мирликийскому, а 9 мая освятили придел имени Угодника в Успенском храме. С того же дня стала ослабевать в обители смертность, снова воскресла в осажденных бодрость, и помощь небесная явно помогала им.
Кроме этого придела, вечным памятником помощи Угодника Лавре остается еще образ его в главном Троицком соборе, пробитый неприятельским ядром. Ядро, пробив железные южные двери, ударилось в этот образ святителя и, пронизав доску его повыше плеча Угодника, исчезло за ним, не причинив больше никакого вреда. В советские годы он находился в Сергиево-Посадском историко-художественном музее.