Каждая година бедствий земли русской вызывала в народе все новые проявления усердия и благоговения к Чудотворцу, являлась годиной все новых милостей святителя православным и простирала славу Угодника все шире, все дальше во все пределы нашего отечества. Неистовства врагов, их грабежи, пожары и опустошения не только не уменьшили числа обителей и храмов Чудотворцу, напротив, умножили их. Новые чудеса, новое усердие и признательность к Угоднику Божию сооружали, как мы видели, новые престолы Вседержителю во имя Его милостивого Чудотворца, а прежние разрушенные, разграбленные, сожженные возобновлялись и воскресали еще в большей славе. Припомним историю Угрешской обители или Теребеньской пустыни. Временное запустение этих обителей не истощило чудной славы их живоносных источников, напротив, возбудило в них новое обилие чудес, и мы получаем от их чудотворных образов утешение в наших немощах доселе. Эти примеры неувядаемой славы и неистощимой милости Чудотворца той эпохи польского нашествия, однако, не последние, как и не первые. Нам известны еще следующие.
Во Владимирской епархии существовала Пищуговская Николаевская пустынь, а в ней явленная чудотворная икона святителя Мирликийского. О возникновении этой обители и прославлении ее образа сохранилось такое предание. До времени основания пустыни на месте ее, на берегу озера Пищугова, находилось село Никола-Лекадомы. Во время литовского разорения, когда шайки Лисовского шатались по этим окрестностям, они разграбили и сожгли и это селение с его церковью. Однако месту этому не суждено было заглохнуть. Скоро после того возникает здесь Никольская обитель. По преданию, это произошло еще в те же времена междуцарствия. При Михаиле Феодоровиче, в первые годы его царствования, здесь уже была деревянная церковь во имя Чудотворца с небольшим количеством братии. И церковь была построена, и братия сюда собралась по следующему случаю. В прежней сгоревшей церкви села Никола-Лекадомы находилась местночтимая чудотворная икона святителя Николая. После пожара она чудным образом сохранилась от огня и явилась невредимой на пустынном полуострове среди леса. Когда изумленные и обрадованные этим жители села Лекадомы с благоговением после того перенесли ее к себе, она невидимо скрылась от них и снова оказалась на том же месте в лесу, почти в непроходимой чаще, и так чудесно переносилась она от настойчиво желавших иметь ее у себя лекадомцев на место своего явления три раза. Тогда-то окрестные поселяне, уступая воле Угодника, построили на том месте храм во имя его.
Описываемым временем борьба с поляками, однако, не окончилась. Выгнанные русским народом в свои прежние пределы, бессильные в осуществлении своих замыслов, они, как бы в отместку, всю свою ненависть к русским, усилившуюся от новых неудач, обратили на православных подчиненных им малорусских, белорусских и литовских земель. Насильственно введенное соединение церкви Православной с Римскою в Бресте в 1596 году давало им в руки прекрасный повод для всяческого притеснения православных, не принимавших этой унии. Гонения на русских шли со стороны католиков и со стороны униатов, и лишали большинство русского народа, стойкого в православии, всех прав церковных и государственных. Православные не выносили этого ига и часто восставали против поляков под предводительством отважных казаков. Шляхта платила в ответ русским еще большими жестокостями и притеснениями и вызывала ими новые восстания казаков. Так дело продолжалось до половины XVII века, когда, по предложению Богдана Хмельницкого, лучшая часть русских земель, степная Украина, ушла из-под власти Польши под власть московского государя, царя Алексея Михайловича. Это было в 1654 году. Польша, конечно, не могла равнодушно отнестись к этому желанию малорусского народа и вступила в новую борьбу с Московским государством. Война эта кончилась для нее еще более печально: кроме Малороссии с Киевом она лишилась и Белоруссии, и, таким образом, должна была примириться с новым порядком вещей. С этих пор исчезло навсегда угрожающее значение поляков для Московского государства. В оставшихся еще под их властью землях они усиливали гонения на православных еще больше, но в ответ на это со стороны Москвы начинается вместо всего другого мирное, но чрезвычайно могущественное влияние Руси на Польшу. Оно окончилось почти беспрекословным разделением Польского королевства при Екатерине Великой и возвращением Руси почти всех ее древних владений.
К периоду последних вооруженных столкновений Московского государства с поляками в царствование Алексея Михайловича, судя по сохранившимся местным записям, относится явление новых знамений покровительства святителя православным от его явленных чудотворных икон в селах Паниковец Орловской епархии и Темирево Тамбовской епархии.