Новая попытка основать на казенные средства типографию в Москве была предпринята накануне опричнины. На этот раз правительство обошлось без помощи «люторов». Итальянский купец Барберини, посетивший московскую типографию летом 1564 года, утверждает, что московиты закупили оборудование в Константинополе: «В прошлом (1563-м. —
Печатное дело не было новостью на Руси. Уже в середине 50-х годов XVI века книги в России печатал «мастер печатных книг» Маруша Нефедьев. Вероятно, в конце жизни митрополита Макария власти приступили к строительству Печатного двора в Москве. Дело было поручено духовному лицу — дьякону кремлевской церкви Николы Гостунского Ивану Федорову и его помощнику Петру Мстиславцу. Выбор был обусловлен тем, что оба уже имели какой-то опыт книгопечатания, «искусни бяху и смыслени к таковому хитрому делу; глаголют же нецыи о них, яко от самех фряг то учение прияста…» 19 апреля 1563 года московская типография приступила к работе над знаменитым «Апостолом». Издание первой книги растянулось на целый год. Вторую свою книгу — «Часослов» — печатники выпустили после введения опричнины двумя изданиями — с августа по октябрь 1565 года. На этом деятельность Печатного двора в Москве надолго прервалась. Первопечатник должен был покинуть Россию.
Еще в начале XIX века было высказано мнение, что Федоров вынужден был уехать из России из-за преследований со стороны православного духовенства, считавшего книгопечатание еретическим новшеством, грозившим подорвать Доходы переписчиков церковных книг. Это традиционное мнение было опровергнуто исследователями, доказавшими, что печатная книга в XVI–XVII веках не могла конкурировать с рукописной, так как стоила дороже. Некоторые историки полагают, что первопечатник вынужден был покинуть Россию из-за обвинений в ереси, связанных с отражением в печатных книгах западных реформационных веяний или же еретических идей, подобных идеям Матвея Башкина.
Причины гонений на Ивана Федорова получили более убедительную интерпретацию в исследованиях историка А. И. Рогова, который обратил внимание на то, что текст опубликованного Федоровым «Апостола» повторялся во всех последующих московских изданиях, то есть рассматривался как вполне ортодоксальный и после изгнания печатника. Будучи опытным книжным справщиком и образованным писателем, Иван Федоров старался упростить и уточнить перевод «Апостола», приблизить его к русскому языку и нормам русского правописания. Тем самым он продолжил традицию просвещенных деятелей круга митрополита Макария, совершенно так же правивших текст «Великих Миней Четий». Печатный двор был основан в Москве при жизни Макария и с его благословения. Однако в дни печатания «Апостола» митрополит умер, что привело к большим переменам. Макарий возглавлял русскую церковь более двадцати лет и пользовался огромным авторитетом. Ревнители старины не могли рассчитывать на успех, если бы вздумали критиковать его «Минеи Четьи», но они подвергли нападкам продолжателей его дел. Споры о том, как «справлять» (исправлять) переводы с греческого священных книг, неизбежно должны были прямо или косвенно повлиять на деятельность Печатного двора. Из-за недостатка источников мы не можем назвать имена ревнителей старины. Но лучшим источником по истории первой типографии служит его печатная продукция, в которой можно обнаружить следы разных подходов и принципов «справки» книг. Иван Федоров завершил печатание «Апостола» 1 марта 1564 года. Прошло полтора года, прежде чем печатник взялся за издание «Часовника». В первом его издании (оно печаталось с 7 августа по 29 сентября 1565 года) Федоров, казалось бы, полностью отказался от прежних приемов правки в пользу принципа старины. В неприкосновенности были оставлены даже явные описки и несообразности. Едва ли можно объяснить это спешкой. Не завершив работы над первым изданием, Иван Федоров уже 2 сентября приступил к работе над вторым изданием «Часослова», на этот раз следуя прежнему правилу серьезной правки традиционного текста.