Со времени издания «Апостола» прошло почти полтора года, прежде чем Иван Федоров получил деньги на издание второй книги — «Часовника», которую ему пришлось публиковать без всякой правки рукописного текста, с сохранением всех его ошибок и промахов. Такое издание вполне удовлетворяло тех, кто считал ересью любое отступление от привычного текста, но оно ни в какой мере не могло удовлетворить самого Федорова, тотчас приступившего к подготовке второго, исправленного издания книги.
Третьей книгой московского Печатного двора должен был стать «Псалтырь». В послесловии значилось, что благословение на выход книги печатники получили от митрополита Афанасия. Произошло это, очевидно, до пострижения Афанасия в мае 1566 года. В то время Иван Федоров еще оставался во главе Печатного двора. Но осуществить план ему не довелось. Федоров был изгнан из России и уехал в Литву, а продолжатели его дела смогли возобновить работу на Печатном дворе лишь два года спустя, когда они издали ранее задуманный «Псалтырь», по-видимому не прибегая к сколько-нибудь существенной правке текста.
Некоторые историки считают, что гонения на печатника «не могли быть предприняты без ведома царя». Однако источники говорят о другом. По словам англичанина Д. Флетчера, посетившего Москву при царе Федоре, первые русские типографии были основаны «с позволения самого царя и к величайшему его удовольствию».
В послесловиях к своим книгам Иван Федоров неоднократно писал о том, с какой энергией и щедростью царь Иван поддерживал книгопечатание. Первопечатник составил послесловие к «Апостолу» 1564 года, следуя образцам (послесловиям различных славянских изданий) и используя довольно распространенную тогда фразеологию, типичную для официальных летописей. Однако такая манера была вообще характерна для средневековых писателей. Печатника можно было бы заподозрить в лицемерии, если бы не одно обстоятельство. Оказавшись за рубежом Российского государства, Иван Федоров воспользовался возможностью изложить обстоятельства своего вынужденного отъезда с родины без всякой оглядки на московские власти. В послесловии к львовскому «Апостолу» 1574 года Иван Федоров сделал такое знаменательное признание: «Сия же убо не туне начах поведати вам, — писал он, — но презелнаго ради озлобления, часто случающегося нам, не от самого того государя, но от многих начальник и священноначальник, и оучитель, которые на нас зависти ради многие ереси умышляли… сия убо нас от земля и отечества и от рода нашего изгна и в иные страны незнаемы пресели».
Итак, первопечатник четко и недвусмысленно указал на то, что подвергся гонениям «многих начальник и священноначальник», — иначе говоря, со стороны того самого руководства земщины, в ведении которого оставался Печатный двор. Похвальные слова о царе, его полной непричастности к травле печатников не были следствием лицемерия Федорова, привычки русского человека «обожествлять своего властелина», а вину за «дурные деяния» возлагать на злых советников. Иван Федоров искренне похвалил царя, нимало не заботясь о том, что его слова рассердят русских эмигрантов, чернивших Ивана Грозного.
Царь замыслил опричнину, чтобы покончить с опекой со стороны аристократической Боярской думы. Всесильная знать ограничивала власть самодержца, и Грозный сознательно пытался ослабить ее политическое влияние. С этой целью он сослал в ссылку на восточную окраину государства много опальных княжеских семей, а их родовые вотчины отписал в казну. Как антикняжеская мера опричнина просуществовала один год, после чего Иван IV вынужден был признать крушение своей опричной затеи. Весной 1566 года он объявил о прощении всех опальных, а затем созвал Земский собор в Москве. Вслед за тем разразился кризис, вызванный выступлением против опричнины земской оппозиции: царь оказался связан по рукам и ногам. Он не смог и не захотел оградить печатников от преследований со стороны земского духовенства и бояр в тот момент, когда всеми силами искал примирения с земщиной. Эпизод с печатниками как нельзя лучше характеризует взаимоотношения Ивана с иерархами церкви, всякого рода проповедниками, монахами и прочими лицами, которых печатник называл «оучителями».
Печатный двор в Москве возобновил деятельность в 1568 году изданием «Псалтыри», а в 1577 году он был переведен в Александровскую слободу, где Андроник Тимофеев подготовил второе издание «Псалтыри», обнаружившее черты возврата к стилю и традициям Ивана Федорова.
При каких обстоятельствах Иван Федоров покинул Россию? Послал ли его царь в целях укрепления православия в пределах Литвы, или же печатники уехали по собственной инициативе? Поскольку Иван Федоров и его помощник Петр Мстиславец не являлись собственниками увезенного ими типографского оборудования, они, конечно же, не могли выехать за рубеж без прямого указания московских властей.