Судьба Филиппа была тесно связана с опричной трагедией. Происходил Филипп из младшей ветви боярского рода Колычевых. Растеряв родовые вотчины в Замосковье, члены этой семьи перешли на поместья в Новгород. Степан Колычев получил землю в Деревской пятине, и там в помещичьем усадище 11 февраля 1507 года у него родился сын Федор — будущий митрополит. По достижении тридцати лет Федор неожиданно покинул службу и некоторое время скрывался в пастухах у крестьянина Субботы в Киже на Онежском озере. Бегство дворянина было скорее всего вынужденным. Как раз в 1537 году над головой Колычевых грянула гроза. Дядя Федора Иван Умной-Колычев, служивший в думе у опального князя Андрея Старицкого, сохраняя ему верность, попал в тюрьму. Его троюродные братья Андрей Иванович и Гаврила Владимирович за отъезд к Старицкому были биты кнутом на Москве, после чего казнены.
С Онежского озера Федор перебрался на Соловецкие острова и там постригся в монастыре под именем Филиппа. Скудные северные почвы плохо кормили земледельцев. Недолгое лето сменялось длинной холодной зимой со снегопадами и метелями. Монахам приходилось трудиться в поте лица, чтобы выстоять в борьбе с природой. Будучи человеком деятельным и обладавшим практической хваткой, Филипп оценил значение солеварения для монастыря и, кажется, сумел почти вдвое увеличить производство соли. В те времена соль была более прибыльным товаром, чем вино. В ноябре 1547 года соловецкий игумен Филипп подал властям челобитье, что на Соловках «братии прибыло много и прокормитца им нечем». До подачи челобитной монахи имели право продавать беспошлинно лишь четыре тысячи пудов соли. По просьбе Колычева Иван IV разрешил увеличить беспошлинную продажу соли до десяти тысяч пудов.
В 1550 году Филипп выхлопотал у властей грамоту на восемь варниц в Выгозерской волости, а пять лет спустя получил от царя еще тридцать три соляные варницы в Сумской волости. Пожалование варниц вместе с деревнями сопровождалось ликвидацией права монастыря на беспошлинную торговлю солью. Но к тому времени монастырь успел пополнить казну серебром.
При игумене Филиппе Соловецкий монастырь следовал общежительному уставу. И сам Колычев, и другие знатные постриженники обители, отказываясь от владения личным имуществом, употребляли все свои средства на монастырское строение. Филипп всячески торопил строителей, никому не давая покоя, что вызывало неудовольствие старцев. Когда он задумал строить Преображенский собор, иноки подступили к нему со словами: «О отче, недостатком в киновии суще и оскудение велику, градовом не прилежащи, откуда имаше злато на воздвижение великия церкви?» Однако Филиппа нисколько не пугали трудности задуманного им дела. Он вел монастырское хозяйство расчетливо, твердой рукой. «Называл» крестьян на монастырские земли, давал им льготы и подмогу, а затем неукоснительно собирал оброки, держал лошадей, волов и оленей, неустанно расширял солеварение.
В 1552 году в монастыре начали строить каменный храм Успения богородицы, а затем трапезную. Под церковью была устроена хлебопекарня, над трапезной — звонница. Прошло всего шесть лет, и Филипп приступил к сооружению грандиозного Преображенского собора «на погребах». Со временем все главные здания монастыря были связаны между собой галереями и другими постройками. Монахи могли переходить из здания в здание, не покидая помещения.
Центральный собор монастыря по высоте значительно превосходил главный храм государства — Успенский собор Кремля. Одна его сторона была обращена к Святому озеру, другая — к заливу Благополучия. Стены собора как бы выступали из скал, сужаясь кверху.
На Соловецком острове было более пятидесяти озер. Монахи соединили их каналами в единую систему, главным резервуаром которой стало Святое озеро. Вода из него стекала в море по водостокам, проложенным под монастырем. На них были сооружены мельницы. В разных местах были устроены сенокосные пожни, сооружены кузницы, кирпичные заводы, «четыре избы великие новые и клети», скотный двор, обширный рыбный садок в перегороженной морской губе, каменная корабельная пристань. Монахи плавали по морю на ладьях. Их флотилия включала множество судов. Немало труда было затрачено, чтобы проложить среди валунов и болот дороги. К концу игуменства Филиппа в монастырских житницах хранилось более пяти тысяч четвертей ржи (пятьюдесятью годами ранее — всего тысяча четвертей). Теперь обитель могла прокормить не менее двухсот монахов.