Несмотря на то что ходатайство земских бояр и членов собора носило верноподданнический характер, царь искал выход из кризиса в новых репрессиях. Все челобитчики, составлявшие цвет земского дворянства, были взяты под стражу.
В документальных источниках отсутствуют сведения об участии священного собора в выступлениях земских людей. Высшее духовенство оказалось разобщенным из-за отсутствия митрополита. Второй после митрополита иерарх архиепископ Пимен Новгородский был ревностным помощником опричной думы. Герман Казанский едва ли бы посмел взять на себя почин открытого выступления против опричнины после позорного изгнания с митрополичьего двора.
Попав в Москву в самый неподходящий момент, Филипп столкнулся с множеством затруднений. Он помышлял о том, чтобы избежать раздора с Пименом и другими царскими «ласкателями» и одновременно четко выразить свое отношение к выступлению земского руководства против опричнины. Филипп Колычев обладал суровым и непреклонным характером и проявил выдержку в ситуации, в которой растерялся бы любой человек. Не считаясь с мнением Пимена и его друзей, Колычев твердо осудил царскую опричнину. Вместе с тем он выступил от лица всего священного собора, добиваясь помилования для арестованных земских бояр и прочих челобитчиков.
Царь сменил гнев на милость после того, как Колычев согласился с его главным условием, чтобы после избрания в митрополиты Филипп «в опришнину и в царский домовный обиход не вступался», «а митропольи бы не оставлял». 20 июля 1566 года игумен подписал запись, подтверждающую указанные ограничения, через четыре дня переехал на митрополичий двор, а затем был посвящен в сан митрополита.
Благодаря вмешательству Колычева инициаторов антиопричного выступления освободили из-под стражи и они избежали пыточного двора и плахи. И. П. Федорова постигло сравнительно мягкое наказание. Его отослали из столицы на воеводство в Полоцк, на литовскую границу. Вскоре литовские власти тайно предложили конюшему убежище в Литве, указывая на то, что царь желал над ним «кровопролитство вчинити». Федоров отверг их предложение и арестовал королевского гонца.
Гонения не затронули таких членов Земской думы, как боярин И. И. Пронский и окольничий М. И. Колычев. Зато лишились голов некоторые второстепенные участники земского челобитья — князь В. Рыбин-Пронский, дворяне И. Карамышев и К. Буднов. Характерно, что Буднов служил под начальством Федорова в Конюшенном приказе. Пятьдесят рядовых дворян, подписавших челобитную грамоту, Подверглись торговой казни. Опричники водили их по улицам и били палками по икрам. Прочие челобитчики, не менее двухсот пятидесяти человек, после пятидневного тюремного заключения были отпущены из тюрьмы без наказания. Вмешательство нового митрополита достигло цели.
Правительство было поражено как масштабами земской оппозиции, так и тем, что протест исходил со стороны старомосковской знати, которой Грозный передал управление земщиной после разрыва с князьями и провозглашения опричнины.
Пока во главе церкви стоял митрополит Афанасий — человек слабый и зависевший во всех своих поступках от царя, — высшее духовенство выступало фактически в роли пособника опричных репрессий. Положение переменилось после того, как на митрополию были приглашены сначала Герман Полев, а затем Филипп Колычев. Обладая достаточным авторитетом и независимостью суждений, Филипп не желал мириться с царскими репрессиями. Посредничество церкви, позволившее Грозному ввести в государстве чрезвычайное положение, на этот раз связывало опричному правительству руки. Оно ограничило масштабы репрессий, предотвратив массовые казни.
Напуганный выступлением Земского боярского правительства, Иван стал лихорадочно укреплять опричнину. В ее владения были включены Кострома и удельная столица Старица, отобранная у князя Владимира Андреевича. Опасаясь мятежа своих вассалов, царь приказал поспешить с сооружением мощной крепости в Вологде, затерянной среди лесов и озер на наибольшем удалении от границ. Трепеща за свое будущее, Грозный тайно сообщил монахам Кирилло-Белозерского монастыря о своем желании покинуть мир и постричься в монахи. «Помните, отцы святии, — писал Иван в послании кирилловским старцам, — егда некогда прилучился некоим нашим приходом к вам в пречестную обитель… от темныя ми мрачности малу зарю света Божия в помысле моем восприях, и повелех тогда сущему преподобному вашему игумену Кириллу с некоими от вас братии негде в келии сокровене быти… и аз грешный вам известих желание свое о пострижении… ту абие возрадовася скверное мое сердце со окаянною моею душою, яко обретох… пристанище спасения».