Грозный следовал примеру своего знаменитого деда — великого государя Ивана III, но действия опричников в отношении церкви отличались еще большим варварством и жестокостью. По приказу Грозного опричники ограбили архиепископский двор и храм Софии, забрали драгоценную утварь и иконы, выломали из алтаря древние Корсунские ворота. Царский духовник Евстафий и дворецкий Л. А. Салтыков лично руководили изъятием богатейшей сокровищницы Софийского дома.
На другой день начался суд в царском лагере на Городище. Дознание велось с применением самых жестоких пыток. Опальных жгли на огне «некою составною мукою огненною». Затем их привязывали к саням длинной веревкой, волокли две версты до Новгорода и сбрасывали с волховского моста в реку. Избивали не только изменников, но и всех членов их семей. По словам новгородского летописца, на волховском мосту был устроен высокий помост, с которого бросали в реку связанных по рукам и ногам женщин и детей. Опричники разъезжали по реке на лодках и с помощью рогатин и топоров топили тех, кому удавалось всплыть.
В свое время Иван III, назначив Макария архиепископом в Новгород, «бояр ему своих дал». В услужение Софийскому дому были определены лица из московской служилой знати — князья Тулуповы-Стародубские, Шаховские-Ярославские, дворяне из числа новгородских помещиков.
По приказу Грозного на Городище были доставлены архиепископские бояре князь А. Тулупов и князь В. Шаховской, владычный дворецкий Н. Цыплятев, Т. Пешков, конюший И. Милославский и сотни других дворян, служивших в архиепископском полку. Самые видные из архиепископских вассалов были увезены в Москву. Царь не желал казнить их до соборного суда над Пименом. Некоторые архиепископские слуги были казнены в Новгороде. В новгородских списках синодика записаны имена Т. Пешкова, И. Милославского с братьями, многих Цыплятевых и их родственников Мусоргских.
Глава новгородской церкви — недавний любимец царя и пособник опричного правительства — подвергся неслыханным унижениям и издевательствам. Опричники начали с того, что сорвали с Пимена белый клобук, после чего Иван IV обратился к нему с шутовской речью. «Тебе не подобает быть епископов а скорее скоморохом, — объявил царь, — поэтому я хочу дать тебе в супружество жену». Присутствующим настоятелям он тут же велел внести большие суммы на шутовскую свадьбу. Главные унижения для новгородского владыки были еще впереди. Вместо невесты монарх велел привести епископу кобылу. «Получи вот эту жену, — произнес самодержец, — влезай на нее сейчас, оседлай, отправляйся в Московию и запиши свое имя в списке скоморохов». Издевательствам не было предела. Престарелый пастырь, почти тридцать лет возглавлявший новгородскую церковь, покинул город, крепко привязанный к лошади, держа в руках то ли волынку, то ли гусли. Опричники старались не только покончить с авторитетом князя церкви, занимавшего второе после митрополита место в церковной иерархии, но и выставить его на всеобщее посмешище.
Архиепископа Пимена обвинили в заговоре со знатным земским боярином Василием Даниловым. Вместе с конюшим Федоровым Данилов возглавил московскую боярскую комиссию, которой Грозный поручил управлять столицей после учреждения опричнины. В то время преданность Федорова и Данилова не вызывала у монарха сомнений.
Под пытками Малюта Скуратов добился от боярина Данилова признания, будто в заговоре с ним состояли новгородские власти и все жители Новгородско-Псковской земли. И новгородцам и Данилову предъявлялось одно и то же обвинение — намерение «предаться» польскому королю. Важные сведения об обстоятельствах раскрытия «заговора» сообщает венецианский дипломат Джерио, побывавший в Москве после новгородского разгрома. Царь, писал он, «разорил Новгород вследствие поимки гонца с изменническим письмом».
Позднее новгородские предания, старавшиеся отвести от Новгорода всякие подозрения в измене, утверждали, будто изменную грамоту составил некий бродяга-волынец Петр, желавший отомстить Новгороду. Он якобы подделал челобитную от всего Новгорода «о предании польскому королю», запрятал ее в Софийском соборе, а затем послал донос царю. Может быть, бродяга Петр Волынец и был тем гонцом, который подбросил в Новгород «изменническое письмо», но инициатива сочинения письма, или «памяти», принадлежала, конечно, не ему.
Расшифровать сообщение Джерио помогает документальная опись царского архива. Вместе с «новгородским делом» Свиязева и отпиской о «деле» Данилова в архиве хранилась «отписка из Новгорода от дьяков Ондрея Безносова да от Кузьмы Румянцева о польской памяти». Дьяки А. Безносов и К. Румянцев возглавляли новгородскую приказную администрацию в 1568–1569 годах. Когда в городе был пойман лазутчик с «памятью» (письмом), они тотчас уведомили об этом царя.