За два года до новгородского разгрома литовцы обратились с тайными грамотами к конюшему Федорову и другим руководителям земщины, предлагая им перейти на королевскую службу. В то время литовская тайная дипломатия добилась бесспорного успеха, скомпрометировав конюшего тайным обращением к нему. Теперь литовская интрига получила свое продолжение в «новгородском деле». «Польская память», найденная у лазутчика в Новгороде, стала в глазах опричников главной уликой против новгородских властей.
После новгородского разгрома царские послы объявили, что «царь и великий князь для земских расправ был в своей вотчине в Великом Новгороде и Пскове». На вопрос: «То ли управа государь ваш в Новгороде и во Пскове и на Москве многих казнил?» — послы должны были отвечать: «Али вам то ведомо? Коли вам то ведомо, а нам вам что и сказывати? О котором есте лихом деле з государьскими изменники лазучьством ссылались и бог тое измену государю нашему объявил; и потому над теми изменники так и сталось… а безлеп было то, пане и затевати: коли князь Семен Лугвень и князь Михайло Олелкович в Новегороде был, ино и тогда Литва Новагорода не умели удержати, и чего удержати не умели, и на то что посягати? А государь наш… свое царство держит от божии десницы, и чего кому бог не даст, и тому того собою как взяти?»
Официальные разъяснения в Литве показывают всю степень ослепления опричного руководства, ставшего жертвой мистификации королевской секретной службы. Для мнительного царя найденная в Новгороде «польская память» послужила бесспорным доказательством сговора между литовцами и новгородскими «изменниками», свидетельством «безлепной затеи литовских панов», их посягательства на новгородскую отчину царя. Грозный не сомневался, что нити новой интриги тянутся к его давнему врагу боярину Курбскому. Русские послы должны были объявить в Литве о последних преступлениях Курбского: «А ныне его многая измена тайно лазучьством со государьскими изменники ссылаетца на государьское лихо и на крестьянское кровопролитие».
Суд на Городище завершился казнями боярина Данилова, многих новгородских дворян, дьяков и подьячих. После изобличения главных «заговорщиков» опричники взялись за монастыри. Местный летописец, рассказав о расправе на Городище, замечает: «И по скончании того государь с своими воинскими людми начат ездити около Великого Новагорода по монастырям». По словам опричника Штадена, царь Иван самолично руководил изъятием сокровищ у монастырей: «Каждый день он поднимался и переезжал в другой монастырь, где давал простор своему озорству». Опричники забирай из монастырской казны деньги, грабили кельи, снимали колокола, громили монастырское хозяйство. В Вишерском монастыре они в поисках сокровищ разломали раку местного святого Саввы.
Опричное правительство наложило на новгородское черное духовенство громадную денежную контрибуцию. Архимандриты должны были внести в опричную казну по 2 тысячи золотых, настоятели по тысяче, соборные старцы — по 300–500 золотых. Менее состоятельное белое духовенство, городские попы платили по 40 рублей с человека. С начала января опричники держали настоятелей и соборных старцев под стражей. Затем царь распорядился передать старцев приставам и «бити их… из утра и до вечера на правежи до искупа безщадно». Во время экзекуций погиб игумен крупнейшего Антониева монастыря Гелвасий, а также записанные я синодик старец Нередицкого монастыря и старица Гобуша. «Государев» разгром явился подлинной катастрофой Для крупнейших новгородских монастырей. Черное духовенство было ограблено до нитки. В опричную казну перешли колоссальные денежные богатства, накопленные монастырями и Софийским домом в течение столетий.
Когда-то Иван III отобрал у новгородских монастырей большую часть их земельных богатств, но не тронул сокровищ и денежной казны. Царь Иван IV помнил, какое негодование Духовенства вызвали проекты секуляризации на Стоглавом соборе, и даже в дни новгородского разгрома не пытался вернуться к отставленным проектам. Помимо всего прочего, Грозный был озабочен тем, чтобы пополнить казну. Розыск об измене руководителей земщины вкупе с одним из высших иерархов церкви внушил Грозному чувство ужаса. Готовясь к войне с подданными, царь пытался ускорить строительство грандиозной крепости в Вологде, которую он предполагал превратить в свою опричную столицу. Строительство требовало значительных средств. Иван не отказался от планов бегства в Англию и рассчитывал покинуть царство не с пустыми руками.