В грамотах конца января 1611 года Прокопий Ляпунов писал, что идет на очищение Москвы «по благословению святейшего Ермогена», но ни разу не упомянул о получении от него каких бы то ни было грамот. Факты свидетельствуют, что в момент зарождения земского движения Гермоген еще сохранял иллюзии насчет возможного соглашения с королем, а потому не хотел рвать с боярским правительством. Сказалось и то, что патриарх не питал особого доверия к Ляпунову. Он не забыл, что именно Ляпунов возглавил мятеж под Кромами, проложив «еретику» Отрепьеву путь к трону. К тому же год спустя Ляпунов помог Болотникову и его «злодейственным гадам» осадить Москву, отчего царь с патриархом попали в самое бедственное положение. В разгар борьбы с иноземными завоевателями и тушинцами Прокопий Ляпунов затеял новую смуту, предложив корону родственнику царя Василия Скопину-Шуйскому. Наконец, Ляпуновы сыграли важнейшую роль при свержении Василия Шуйского, когда Гермоген подвергся неслыханным унижениям.
Наметившийся союз Ляпунова с Заруцким и его казаками лишь усилил недоверие Гермогена. На протяжении нескольких лет все помыслы патриарха были сосредоточены на борьбе с самозванцем и стоявшей за ею спиной чернью. Все это мешало главе церкви увидеть и оценить перемены, которые произошли в калужском лагере после смерти Лжедмитрия II. Казаки и беглые холопы, некогда объединившиеся под знаменами Болотникова, а затем собравшиеся в Тушине и Калуге у Лжедмитрия II, уже давно вели вооруженную борьбу против захватчиков. Но патриарх не желал иметь с ними дела. Недоверие патриарха к земскому ополчению было столь велико, что однажды он сказал молодому князю Ивану Хворостинину: «Говорят на меня враждотворцы наши, будто я поднимаю ратных и вооружаю ополчение странного сего и неединоверного воинства. Одна у меня ко всем речь: облекайтесь в пост и молитву!»
На вольных окраинах казаки не имели церквей и молились без священников. С начала гражданской войны Гермоген многократно проклинал их за поддержку еретиков-самозванцев. Кроме того, в земских отрядах было немало татар, чувашей, мордвы. Вот это и имел в виду Гермоген, когда называл земских ратников «странным и неединоверным воинством». Престарелый патриарх не верил, что такое воинство может стать спасителем православия. Опыт гражданской войны был у всех перед глазами. Святитель помнил, как тушинцы «соблазнили» москвичей, призывая их свергнуть Шуйского и обещая сделать то же самое со своим «царьком». Лжедмитрий II был мертв, но казаки продолжали держать в чести его вдову «царицу» Марину и сына — «царевича» Ивана Дмитриевича. Гермоген сам происходил из донских казаков и нисколько не сомневался в том, что, очистив Москву, атаманы постараются посадить на трон «воренка», который в глазах власть имущих был в тысячу раз хуже Владислава.
Гермоген яростно противился вступлению иноземных войск в Москву. Инспирированный Гонсевским суд лишь укрепил его репутацию патриота и страдальца за родную землю. Последующие притеснения окружили его имя ореолом мученичества. При таких обстоятельствах патриарх, независимо от своей воли, стал знаменем земского освободительного движения.
Подготовляя восстание против семибоярщины, московские патриоты составили и распространили по всей столице воззвание, озаглавленное: «Новая повесть о славном Российском царстве, о страданиях святейшего Гермогена и новых изменниках». Враги все более беззастенчиво хозяйничали в Москве, и авторы воззвания возлагали вину за это на бояр. «Из держацев земли, — писали они, — бояре стали ее губителями, променяли свое государское прирождение на худое рабское служение врагу; совсем наши благородные оглупели, а вас всех выдали». Изменникам-боярам воззвание противопоставляло праведного патриарха, выступавшего против предательства бояр. Патриоты обещали патриаршее благословение всем, кто станет на защиту родины. «Мужайтесь и вооружайтесь, — писали они, — и совет между собой чините: как бы нам от всех врагов избыти. Время подвига пришло!» Призывая народ к оружию, авторы «Новой повести» предупреждали, что не следует ждать от патриарха прямого наказа о выступлении. «Что стали, что оплошали? — писали они. — Али того ждете, чтобы вам сам великий тот столп (Гермоген. —