Кружок московских патриотов, рассылавший воззвания и грамоты по городам и готовивший силы для выступления в столице, попал в трудное положение из-за того, что восстание вспыхнуло стихийно и преждевременно. Андрей Голицын и немало других лиц были убиты во время резни. Бутурлин, Пожарский, Колтовский возглавили сопротивление ротам Гонсевского в разных кварталах города. Когда Мстиславский с другими членами боярского правительства явился на площадь, чтобы уговорить москвичей сложить оружие, с ним не было патриарха, хотя в дни междоусобиц церковь всегда брала на себя роль миротворца. Патриоты по-прежнему считали, что сам «святейший Ермоген» благословил их на борьбу с иноземными захватчиками.
Гонсевский давно помышлял о том, чтобы низложить Гермогена, а на патриаршество возвести Игнатия Грека. В свое время Игнатий первым из церковных иерархов перешел на сторону Лжедмитрия I, за что и получил от него сан патриарха. После переворота 17 мая 1606 года он был низложен и заточен в Чудов монастырь, а с водворением в Кремле поляков освобожден. Однако никто из современников даже словом не обмолвился о возвращении Игнатию сана патриарха. Бояре и князья церкви не забыли, как этот чужеземец потворствовал прихотям Отрепьева и скрыл, что на троне сидит тайный католик. В 1611 году семибоярщина не склонна была видеть во главе церкви Игнатия. Готовя расправу над Гермогеном, власти нашли приспешников в высшей церковной иерархии. Главным из них стал грек Арсений, служивший при царских гробах в Архангельском соборе и потому носивший сан архангельского архиепископа. Грамоты к Сигизмунду, составленные осенью того же года, начинались словами: «Наияснейшему великому государю Жигимонту III и проч. великого московского государства ваши государские богомольца Арсений архиепископ Архангельский и весь освященный собор и ваши государские верные подданные бояре» и т. д. Арсений угодничал перед Гонсевским не меньше, чем Игнатий. Патриарх Гермоген никогда не подписал бы грамоту, в которой прирожденные великие бояре называли себя верноподданными короля.
Столичное духовенство в целом сохраняло лояльность по отношению к Гермогену. Но нашелся предатель, подавший обширный донос на патриарха. Позже Гонсевский предъявил «письмо руки священника вашого московского», из которого следовало, что глава церкви «священником в Москве повелевал, штоб (они. —
Официальная версия, изложенная в королевской грамоте в апреле 1611 года, сводилась к следующему: «По ссылке и по умышлению Ермогена патриарха московского с Прокофьем Ляпуновым почала на Москве во всяких людех быти великая смута». Следуя польским отпискам из Москвы, гетман Жолкевский писал, будто Гермоген признал свою вину. Однако в записках архиепископа Арсения, а также в «Летописце», составленном при дворе Филарета Романова, есть обратные свидетельства. «Некоторые говорили, — сообщает Арсений, — что восстание городов и народа произошло по совету патриарха Гермогена, хотя истину ведает господь, потому что сам он отрицал это».
При изгнании Гермогена с него содрали святительские одежды и в простом монашеском платье отвезли на подворье Кирилло-Белозерского монастыря в Китай-городе. К опальному патриарху приставили стражу из 30 стрельцов.