Вторжение Орды в 1480 году на время приглушило распри. Но едва опасность миновала, конфликт вспыхнул с новой силой. Из-за запрета Ивана III вновь построенные в столице церкви оставались неосвященными более года. Недовольные этим священники и миряне склонны были поддержать митрополита, по мнению которого крестный ход следовало вести против солнца. Потеряв надежду переубедить Ивана III, Геронтий съехал с митрополичьего двора за город — в Симонов монастырь и пригрозил сложить с себя сан, если государь будет настаивать на своем и не побьет ему челом. Угроза главы церкви возымела действие. Великий князь вынужден был уступить. Он послал к митрополиту своего сына, а сам отправился в Симонов монастырь на поклон, обещая во всем слушаться святителя, а относительно хождения с крестами положился на его волю и старину.
Мир между светской и духовной властью оказался недолгим. Автор неофициальной московской летописи отметил, что в ноябре 1483 года митрополит Геронтий хотел оставить митрополию и «съеха в монастырь на Симоново и с собою ризницу и посох взя, понеже болен». Причины отъезда владыки из Кремля за город не вполне понятны. Святитель мог болеть и на своем митрополичьем дворе. Поведение Геронтия доказывало, что он не желал расстаться со святительским саном. Иначе невозможно объяснить, почему он забрал с собой в монастырь символ власти — митрополичий посох (при первом отъезде Геронтий оставил посох в Успенском соборе). Вместе с посохом глава церкви забрал ризницу с хранившимися в ней митрополичьими одеждами, церковной утварью и драгоценностями. Без «митрополичьего сана» ни один святитель не мог занять стол и служить митрополичью службу.
Глава церкви рассчитывал на то, что великий князь вновь, как и два года назад, посетит Симоновский монастырь и заявит о своем послушании духовному пастырю. Однако он просчитался. Иван III попытался избавиться от строптивого владыки. Как повествует ростовская летопись, митрополит «оздраве и хоте опять на митрополию; князь же великий не восхоте его (Геронтия. —
Для переговоров с Геронтием Иван III неоднократно посылал к нему в Симоновский монастырь Паисия. Переговоры не имели успеха, и тогда государь прямо предложил старцу занять митрополичью кафедру. «Князь же великий, — повествует церковный писатель, — поча думати с Паисеею, пригоже ли его (Геронтия. —
Геронтий пережил неслыханное унижение. Иван III добился послушания от главы церкви, но низложить неугодного ему святителя он не смог. Первосвященник пробыл в Симонове целый год, пока в 1484 году «в тот же день по Кузьме Демьянове дни по осеннем возведе князь великий того же митрополита Геронтия на стол».
Прошло столетие с того времени, как Сергий Радонежский основал Троицкий монастырь, дав импульс московскому благочестию и духовности. За это время многое переменилось в жизни России и в жизни основанных Сергием и его учениками монастырей. Предпринятый им опыт организации общины (коммуны, киновия) потерпел крушение. Попытки воплотить в жизнь принципы равенства, обязательного труда, самоотречения не привели к успеху. Князья и бояре, постригшиеся в Троице и пожертвовавшие села и деньги в монастырь, пользовались в общине такими же привилегиями, как и в миру. Когда Паисий попытался вернуть Троицкой общине ее первоначальный строй и порядок, он лишь навлек на свою голову озлобление знатных постриженников. В 1482 году дело дошло до того, что Ярославов заявил о сложении сана. Сообщая о решении Паисия, церковный писатель подчеркнул: «Принуди его, князь великий, у Троицы в Сергееве монастыре игуменом быти, и не може чернцов превратити на божий путь — на молитву, и на пост, и на воздержание, и хотеша его убити, бяху бо тамо бояре и князи постригшейся не хотяху повинутися, и остави игуменство». Утратив чин игумена, Паисий не потерял влияния при дворе, но не пожелал оставаться в столице.
Тем временем на Русь вернулся самый выдающийся из учеников Паисия — Нил. Во время странствий на Балканах он видел бедствия порабощенного турками тысячелетнего византийского царства и унижения православной церкви. В вековой борьбе с вторжением турок светская власть не раз в поисках средств для войны изымала сокровища у византийской церкви. После утверждения в стране власти иноплеменных завоевателей давние секуляризации уже не казались худшим злом православному духовенству Востока.