Отойдя от служебных дел, он некоторое время жил в Санкт-Петербурге, продолжая покровительствовать племянникам, и готовился к переезду на постоянное и уже последнее место своей земной жизни. У него было несколько небольших деревень на родине в Ярославской губернии, был участок земли вблизи Севастополя… Душа адмирала, от младенчества взыскавшая Господа, просила покоя, уединения, молитвы. Он принял решение, исполненное глубокого смысла: он избрал для жительства тихую деревню Алексеевку, в Темниковском уезде, вблизи Санаксарского Рождество-Богородичного монастыря, где в годы его ратных подвигов молился о нем его родной дядя — преподобный Феодор.
Несомненно, что молитвенное их общение никогда не прерывалось. Потому и устремилась сюда, к святой обители душа адмирала, что здесь подвизался о Господе и упокоился самый духовно близкий ему человек на земле. Монах и моряк — они оба были воинами Христовыми, оба делали одно дело: ревностно служили Господу — на том поприще, на которое Он их призвал.
Перед тем, как окончательно в 1810 году покинуть столицу, Феодор Феодорович, «памятуя час смертный с каковою незапностью оный приключается», написал завещание. Никогда не имевший своей семьи и своих детей, он все небогатые владения передал в собственность племянникам, «которых почитаю я вместо детей моих и о благе их стараюсь как собственный их отец».
Сохранилось свидетельство тогдашнего настоятеля монастыря иеромонаха Нафанаила о завершающем периоде земной жизни Феодора Феодоровича: «Адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители, по прибытии своем из Санкт-Петербурга вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в деревне Алексеевке, расстоянием от монастыря через лес версты три, который по воскресным и праздничным дням приезжал для богомолья в монастырь к службам Божиим во всякое время. В Великий пост живал в монастыре, в келий, для своего лощения и приготовления к Св. Тайнам по целой седмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал не-опустительно и слушал благоговейно; по временам жертвовал от усердия своего обители значительные благотворения; так же бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния и вспоможения».
Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ. В Тамбовской губернии, как и по всей России, создавались ополчения для защиты Отечества. На губернском собрании дворянства, в котором Феодор Феодорович не смог принять участия по болезни, он был избран большинством голосов начальником внутреннего тамбовского ополчения. Предводитель дворянства писал ему: «Долговременная опытность службы Вашей и отличное усердие перед Престолом Российской державы, Вами доказанные, да подадут дворянству твердые способы к ревностным подвигам на пользу общую, да подвигнут всех к благодетельным пожертвованиям и да вдохнут готовность в сердце каждого принять участие к спасению Отечества…» «За благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность, — отвечал адмирал. — С отличным усердием и ревностию желал бы я принять на себя сию должность и служить Отечеству, но с крайним сожалением за болезнью и великой слабостью здоровья принять ее на себя и исполнить никак не в состоянии и не могу». Но, между тем, вместе с темниковским соборным протоиереем Асинкритом Ивановым он устроил госпиталь для раненых, дав деньги на его содержание. Две тысячи рублей им было внесено на формирование 1-го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он «на воспомоществование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага…» Еще в 1803 году им были внесены двадцать тысяч рублей в Опекунский совет Санкт-Петербургского воспитательного дома; теперь он всю сумму с причитающимися на нее процентами передал в пользу разоренных войной: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедствующим и странствующим, не имеющим жилищ, одежды и пропитания». Не только крестьяне окрестных деревень и жители города Темникова, но и из отдаленных мест приезжали к нему многие. С страдальцами, лишившимися имуществ, делился он тем, что имел; обремененных скорбию и унынием утешал непоколебимою надеждой на благость Небесного Промысла. «Не отчаивайтесь! — говорил он. — Сии грозные бури обратятся к славе России. Вера, любовь к Отечеству и приверженность к Престолу восторжествуют. Мне немного остается жить; не страшусь смерти, желаю только увидеть новую славу любезного Отечества!»
Остаток дней своих, по словам того же иеромонаха Нафанаила, адмирал провел «крайне воздержанно и окончил жизнь свою как следует истинному христианину и верному сыну Святой Церкви 1817 года октября 2-го дня и погребен по желанию его в монастыре подле сродника его из дворян, первоначальника обители сия иеромонаха Феодора по фамилии Ушакова же».