Как известно, отец Иоанн еще в 1904 г. через ходатайство к митрополиту Антонию (Вадковскому) получил разрешение быть погребенным в крипте Свято-Иоанновского монастыря – в порядке исключения из существовавшего законодательства. 23 декабря 1908 г. Кронштадтский пастырь нашел упокоение перед правым клиросом церкви-усыпальницы во имя святых пророка Илии и Царицы Феодоры. Над его могилой, находившейся, что важно отметить, на очень небольшой глубине, была положена массивная мраморная плита с изображением Креста, Святого Евангелия и резной митры из мрамора. В 1911 г. на гробнице был помещен образ преп. Иоанна Рыльского работы академика живописи Н. П. Шаховского. Перед ним горела неугасимая лампада. Могила пользовалась всеобщим почитанием – у нее молились члены Царствующего Дома, более восьмидесяти архиереев (только в 1909 г.), многие тысячи богомольцев со всех концов России. Кроме того, у мощей о. Иоанна происходили исцеления (в 1909 г. отмечено 12 исцелений).
15 августа 1919 г. Петроградским райсоветом было выдано временное свидетельство о регистрации приходской общины Иоанновского монастыря. После кончины 13 июня 1921 г. прот. Димитрия Федорова, настоятелем монастырских церквей стал муж племянницы отца Иоанна Кронштадтского, протоиерей Иоанн Николаевич Орнатский, председатель приходского совета с июля 1920 г. В августе 1922 г. приход примкнул к Петроградской автокефалии, противодействовавшей распространению в епархии обновленчества. Возможно, в связи с этим 10 апреля 1923 г. отдел управления Петроградского райсовета сообщил в приходской совет о немедленном расторжении договора с «двадцаткой» как «нарушающей общественный порядок». 12 мая дела были переданы новой, более близкой властям общине во главе с прот. Иаковом Журавским. Она принадлежала радикальной обновленческой группировке «Петроградский епархиальный комитет группы православного белого духовенства «Живая Церковь». Монастырь, сохранивший верность «старо-церковникам», оказался в положении самоуправляемого, новая «двадцатка» впоследствии даже просила замуровать проход между церковью и обителью. Ключи от усыпальницы находились у старосты А. Г. Тимофеева.
Согласно секретному постановлению Петрогуб-исполкома (ПГИ) от 19–25 мая 1923 г., монастырь надлежало закрыть и использовать его строения «под общественные нужды». В это время власти еще не определили свою политику относительно захоронения отца Иоанна Кронштадтского: видимо, в связи с предстоящим закрытием обители Петроградский райисполком предлагал перезахоронить останки в Новодевичий монастырь, против чего выступили живоцерковники. Особый представитель комитета «Живая Церковь» – сам прот. И. Журавский – был командирован для «решения этого вопроса» «в высшие правительственные инстанции г. Москвы».
Обновленческое Петроградское Епархиальное управление (ПЕУ) в лице прот. А. Боярского занимало не столь однозначную позицию. Губисполком стремился подчеркнуть разногласия среди обновленцев и указывал, что ПЕУ, напротив, «всецело пошло навстречу Губисполкому в вопросе о раскассировании реакционно настроенных против церковного обновления монахинь, свивших себе в стенах Иоанновского монастыря достаточно крепкое гнездо т. н. автокефального движения». По словам Председателя Петрогубисполкома, ПЕУ «также предложило свои услуги» «в вопросе о перенесении праха протоиерея Сергиева, наметив место для захоронения» теперь уже «на кладбище б. Александро-Невской лавры». Прот. Журавский же, «захватив недавно в свои руки эксплуатацию Иоанновского монастыря в смысле обслуживания религиозных потребностей верующих», почувствовал, «что с его ликвидацией уплывают из рук колоссальные доходы… идя в разрез желаниям Петрогр. Епархиального Управления, начал искусственно подбивать верующих к выражению недовольства решением Петрогубисполкома». Однако и прот. А. Боярский 4 июня ходатайствовал в высший Церковный Совет об оставлении монастыря действующим, указывая, что «обновленческое движение должно будет перенести громадные нарекания со стороны многочисленных почитателей почившего пастыря». Мощи остались на месте, но заявления о приостановке решения ПГИ «в интересах обновленческого движения» не возымели эффекта. Как предполагает М. В. Шкаровский, сказалось и «усиление в 1923 г. влияния возглавлявшего петроградские власти председателя Коминтерна Г. Е. Зиновьева, который со своим ближайшим сподвижником Г. Евдокимовым лично выступал за закрытие Иоанновского монастыря». 31 июля Президиум ВЦИК постановил утвердить решение ПГИ. 14 ноября, по словам верующих, «по неизвестным причинам храмы были закрыты и на все попытки узнать о причинах был один ответ – «по распоряжению Исполкома».