Предвидя скорое разорение, прот. Иоанн Орнатский, отставной поручик Е.В.Фиделин (племянник св. Иоанна) и другие его родственники – Гартц и Озерова – 20 ноября обратились с ходатайством «выдать им гроб покойного отца Иоанна для перевезения и погребения на одном из кладбищ г. Петрограда или его пригородов, в ряду других умерших граждан; а также указать, как это сделать: тайно, без оглашения, или открыто». В повторном прошении «вывезти тело умершего пастыря из Иоанновского храма», которое датируется буквально тем же днем, уже фигурирует Смоленское кладбище «или куда пожелают родственники, близкие»: «Остаемся в надежде, что Губернский исполнительный Петроградский комитет отнесется к нашей покорнейшей просьбе благосклонно и разрешит вывезти тело Гражданина РСФСР И. И. Сергиева». Община просит также оставить им в монастыре усыпальницу и храм во имя преп. Иоанна Рыльского.
Стали собирать деньги «на вывоз Батюшки». Мария Трынкина пожертвовала 10000 руб., «Биржевая церковь» – 3050 руб. 26 ноября отец И. Орнатский описывает предполагаемый порядок перенесения останков, назначенного уже на 1 декабря: «Все работы по снятию мраморной плиты и изъятию наверх оцинкованного гроба будут произведены в присутствии представителей власти, родных и друзей покойного накануне в 8 ч. вечера… Официально… не будет сообщаться о дне перенесения тела… Процессия двинется в следующем порядке: впереди крест и фонарь, затем одни священники в облачении (каковым буду я…) затем колесница с гробом. Очень желательно, чтобы в 8 ч. утра… был командирован в бывший монастырь небольшой наряд милиции во избежание могущих произойти каких-либо нежелательных эксцессов. Процессия пройдет по самым малолюдным улицам: Геслеровский пер., Малый пр. П. С., 8-я линия, Камская ул. Тело почившего отца Иоанна будет предано земле в ряду общих могил… будет перенесена с бывшей могилы надгробная мраморная плита вместе с мраморным памятником, в который вставлена икона Преподобного Иоанна Рыльского…» Отдел управления ПГИ выдал отцу Иоанну Орнатскому бумагу с разрешением на перезахоронение. Перенесение останков, однако, было отложено до 8 декабря («Провожающих будет не более 100 человек» – вновь пытаясь успокоить власти, пишет отец Иоанн Орнатский), потом до 28 марта. В марте вместо зачеркнутого «Смоленское кладбище» на разрешительном мандате надписывают «Богословское». Под личную ответственность отца Иоанна Орнатского ему – единственному священнослужителю – 24 марта разрешили сопровождать процессию через Гренадерский мост по ул. Братства, пр. Карла Маркса, Бабурину пер., Лесной ул., Муринскому пр., Алексеевской и Иоанно-Богословской ул. до Богословского кладбища. Власти, кажется, чрезвычайно опасались огласки и скопления почитателей Батюшки: Адмотдел Ленгубисполкома в лице начальника подотдела Ильина опять предложил «сделать распоряжение о принятии решительных мер к недопущению провожающих более указанных 100 человек».
Однако перезахоронения так и не произошло. 27 марта, накануне предполагаемой даты, Ильин сообщил в Петроградский и Выборгский райисполкомы, что «захоронение трупа Иоанна Кронштадтского не состоится ввиду поступившего 26/III заявления родственников последнего, в коем по не зависящим от них причинам отказываются от получения трупа и его захоронения на указанном в отношении кладбище». Перезахоронению препятствовали, вероятно, и сестры монастыря (судя по их позиции в дальнейшем), и обновленческая бывшая «двадцатка», которая уверяла в письмах Смольный, что «на Ленинградской стороне Тихоновская поповщина соединилась с белогвардейцами деникинского и колчаковского режима церковниками» (имелась в виду община отца Иоанна Орнатского) и на деньги от продажи монастырского имущества «хочет… батюшку отца Иоанна перетащить на Смоленское, что делать не полагается и против чего рабочие протестуют. Насупротив вывоза батюшки с его места на Смоленское будут идти и путиловцы и все рабочие и на других заводах. И будут тоже писать в Смольный…»
Возможно также, что здесь не обошлось без поддержки властей, к тому времени осознавших, что перенесение сделает святыню доступной людям. По словам И. К. Сурского, «слуги антихристовы поняли, что на кладбище паломничество к могиле великого праведника и чудотворца нельзя будет удержать и предпочли закрыть доступ в усыпальницу отца Иоанна. Тогда паломники стали класть земные поклоны у переднего угла здания Иоанновского монастыря».