Поездки по Японии святитель Николай предпринимал ежегодно. Обычно он объезжал общины со священником, в ведении которого они находятся. Местные христиане задолго до приезда владыки готовились ко встрече своего любимого «дайсимпы» (епископа) и устраивали ему по возможности торжественный прием. После первых приветствий вся процессия — прибывшие и встречающие — направлялась в заранее отведенное помещение, где после краткого молебствия святитель произносил поучение.
Затем он просматривал списки крещеных, вступивших в брак и умерших данной общины. Местные христиане беседовали с епископом: высказывали ему свои предложения, спрашивали его советов и указаний по разным недоуменным вопросам. Иногда к приезду святителя приурочивалась проповедь для язычников. В таких случаях заранее вывешивалось объявление о прибытии в общину «известного проповедника» — епископа Николая. В назначенный час собиралась публика и проповедь начиналась. Сначала проповедовал катехизатор, священник и, наконец, епископ. Речь владыки обыкновенно длилась не менее часа и всегда производила сильное впечатление. Очевидцы вспоминали, что, поучая, он весь горел и зажигал сердца слушателей. Говорил он просто и понятно для самого простого человека — о начальных словах молитвы Господней, о радости, что у нас есть небесный Отец, о молитве за еще непросвещенных христианством братьев.
Иногда речь епископа прерывалась возражениями. Если можно было ответить на вопрос, не нарушая хода мысли, то, обычно, святитель так и делал. Если же нет, то вопрошающего просили подождать до конца проповеди. По окончании проповеди святитель всегда спрашивал, не хочет ли кто-либо из слушателей возразить или задать вопрос. Иногда завязывался целый диспут.
В каждой общине владыка Николай проводил по несколько дней. Он обходил все христианские дома и присутствовал на богослужении. При посещении святителем каждого прихода община собирала совет и здесь вместе с владыкой решали свои дела. По вечерам он записывал все впечатления прошедшего дня.
Для всех христианских общин посещения любимого архипастыря были праздником — радостной встречей с любящим отцом. Причем любовь владыки Николая не ограничивалась кругом его паствы — она простиралась и на язычников. Так, когда в 1891 году было большое землетрясение в трех провинциях (Тифу, Айчи и Мие), он собирал пожертвования от христиан других провинций, приезжих русских туристов и через своих помощников-японцев раздавал их всему пострадавшему населению.
Благодаря самоотверженным трудам святителя, с каждым годом все успешнее развивалось миссионерское дело в Японии, строились новые храмы, ежегодно присоединялось к Церкви до тысячи человек, но разразившаяся в 1904 году Русско-японская война поставила под удар само существование Японской Церкви.
Русско-японская война
Отношения России и Японии можно проследить с XVIII века — они никогда не были безоблачными. Первоначальные попытки России при Петре I, а затем при Екатерине II установить дипломатические отношения с Японией успехом не увенчались.
Следующая попытка, предпринятая при Александре I, закончилась серьезным конфликтом. Посланный в Японию камергер Николай Резанов вел себя достаточно вызывающе — он был грубо выдворен из Японии. После этого, он, обладая значительным влиянием и властью, решил мстить Японии, тем паче, что взаимные территориальные претензии относительно Курильских островов и острова Сахалина имели место быть уже тогда. Резанов приказал морским офицерам, служащим на его собственных кораблях, заняться каперством в отношении сахалинских японцев — в то время часть острова Сахалин принадлежала Японии. Приказ Резанова был исполнен командиром фрегата «Юнона» Хвостовым — он в 1806 году сжег японские хлебные склады у губы Анива. На следующий год каперская эпопея была Хвостовым продолжена. Он, по-прежнему командуя судном «Юнона», в сопровождении тендера «Авось» под начальством мичмана Давыдова отправился к острову Итуруп, где сжег два японских селения — Найбо и Сяна. Оттуда он направился к острову Матсмая, где захватил японские грузовые суда, которые были отведены в Охотск. На этом каперская эпопея была окончена — Хвостова и Давыдова отозвали в Санкт-Петербург, где отдали под суд за самовольные действия. Главный виновник — Резанов — к тому времени скончался.