27 января (9 февраля) 1904 года Япония начала войну нападением японского флота на русскую эскадру на внешнем рейде Порт-Арту-ра. Подданные России должны были покинуть Японию; в их числе был и равноапостольный Николай. Но православные японцы не хотели лишиться своего духовного отца — они просили святого остаться в Японии. И, несмотря на свою горячую любовь к России, епископ Николай принимает решение остаться со своей паствой. Посол России в Японии, барон Розен, уговаривал владыку вернуться на Родину, но святитель был непреклонен; он просил содействия, дабы ему было разрешено не покидать своей паствы.
Вот его собственные слова, обращенные к пасомым: «Я надеюсь, что объявление военных действий не принесет с собою никакой перемены в деятельности нашей церкви. Катехизаторы будут продолжать проповедовать Евангелие Спасителя, ученики — посещать школу миссии, а я сам отдамся всецело переводу наших богослужебных книг… Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных богослужениях нашей церкви… Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным Отечеством. Я также имею обязательства к своей Родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране». [1, с. 54–55]
Кроме того, святителем было составлено Окружное послание, обращенное ко всей Японской Церкви: «Благочестивым христианам Святой Православной Церкви великой Японии.
Возлюбленные о Господе братия и сестры! Господу угодно было допустить разрыв между Россией и Японией. Да будет Его святая воля! Будем верить, что это допущено для благих целей и приведет к благому концу, потому что воля Божия всегда благая и премудрая. Итак, братия и сестры, исполните все, что требует от вас в этих обстоятельствах долг верноподданных. Молите Бога, чтобы Он даровал победу вашему императорскому войску, благодарите Бога за дарованные победы, жертвуйте на военные нужды; кому придется идти в сражения, не щадя своей жизни, сражайтесь не из ненависти к врагу, а из любви к вашим соотечественникам, помня слова Спасителя:
Владыка Николай сдержал свое слово. Как ни прискорбно ему было, он отказался от участия в богослужении. Кроме того он прекратил всяческую переписку с Россией и всецело посвятил себя переводческой работе.
Святой Николай горячо любил свою Родину — ее неудачи и поражения жгучей болью отзывались в его сердце. Впоследствии он рассказывал, что в период войны он совсем не читал газет, потому что они полны были ликованиями победителей и насмешками над Россией.