Вернувшись на Русь, Алексий занялся внутренними делами Русской Церкви, хотя через год по возвращении ему пришлось еще раз отправиться в путешествие в Константинополь, потому что история с Романом еще давала о себе знать. На Руси Алексий прежде всего рукоположил новых епископов. В воспоминание о своем обете во время бури на обратном пути из Константинополя основать в случае спасения новый монастырь в Москве Алексий несколько позже исполняет свой обет. Ему обязан своим возникновением Спасский Андроников монастырь, о котором рассказано в «Житии» Сергия.
В 1357 году по вызову слепнувшей ханши Тайдулы Алексий побывал в Орде и успешно избавил Тайдулу от слепоты. Есть сведения (запись в одной рукописи XVI века), что в Орде Алексию пришлось участвовать в прении о вере перед царем (ханом) с некиим богатырем Мунзи. Сохранился ярлык, выданный тогда же Алексию ханом Бердибеком, согласно которому Русская Церковь как молящаяся за татар освобождает от дани, поборов и каких–либо насилий. В 1359 году Алексий поехал в Киев, очевидно, с далекоидущими планами. По византийским источникам, которым нет оснований не доверять, по приказу Альгирдаса (а Киев входил в состав Великого Княжества Литовского) Алексий в Киеве был заключен под стражу и у него была отобрана ценная утварь. Возможно, ему грозило и худшее, если бы не нашлись люди, благодаря которым Алексию удалось тайно покинуть узилище и в 1360 году снова оказаться в Москве. Тем не менее посягновение Алексия на Киев потерпело неудачу, и, более того, инициатива перешла в руки Романа, который — в обход Алексия — прибыл в Тверь. Сложившаяся ситуация была сложной, и тверской владыка Феодор избегал встреч с Романом. Из грамоты Алексия патриарху Каллисту (июль 1361 года) видно, что главным предметом беспокойства был Киев и Брянская епископия (следует напомнить, что в 1356 году Брянское княжество было захвачено Литвой). В 1362 году умирает Роман, и Каллист подтверждает право Алексия именоваться митрополитом всея Руси и оставляет за Алексием Брянскую епископию (новый малорусско–литовский митрополит поставлен не был) [460]
.В 1365 году в Кремле была заложена каменная церковь во имя архангела Михаила и за год была возведена. Предание говорит, что около этой церкви, на месте ханской конюшни, Алексием был основан Чудовский монастырь, варварски уничтоженный в советское лихолетье. На Остоженке тем же Алексием был основан первый в Москве женский монастырь — Алексеевский, во имя Алексия человека Божьего (так кроме римского святого называли нередко и самого митрополита Алексия). Предание же сообщает, что это было сделано Алексием для двух своих сестер. Воздвигались церкви или обновлялись, учреждались монастыри не только в Москве. По инициативе Алексия основан был Серпуховский Владычный монастырь, обновлен Царевоконстантиновский около Владимира и Благовещенский в Нижнем Новгороде. Ранее рассказывалось об истории 1365 года, когда Алексий отнял Нижний Новгород и Городец у суздальского владыки и вовлек в эту историю и Сергия.
Во второй половине 60–х годов XIV века Алексий последовательно выступает на стороне московского князя в его борьбе с Тверью. Вместе с тем он поддерживает контакты и с патриархом Филофеем, который полностью доверял Алексию и считал его «великим человеком» (РИБ № 16, стб. 97–104). Самому же Алексию он признавался: «сильно люблю тебя, считаю своим близким другом» (РИБ № 17, стб 103–110). Посылал патриарх грамоты и московским князьям, убеждая их повиноваться Алексию, и новгородскому владыке (тоже Алексию), которого убеждал повиноваться московскому князю. Более того, Филофей отлучил от Церкви князей, не хотевших вместе с Москвой воевать против Литвы, с любопытной аргументацией — как действовавших «против священного христианского общежития» (Слов. книжн. Др. Руси 1988, 29). Но Филофей был по–византийски изворотлив, и когда в 1371 году Альгирдас и Михаил Тверской стали жаловаться ему на Алексия (в частности, Альгирдас требовал особого митрополита для Киева, Смоленска, Малой Руси, Новгорода, Твери и Нижнего Новгорода) и польский король пригрозил обратить своих православных подданных в латинство, Филофей потребовал, чтобы Алексий или его люди в течение года явились в Константинополь для суда по жалобам князя Михаила Тверского. Вместе с тем суда этого Филофей не хотел, и эти требования его к Алексию, по сути дела, были лишь костью, брошенной его оппонентам. Патриарх, между прочим, побуждал Алексия посещать Киев и Литву [461]
.