Тверские князья сами своими междоусобиями вмешивали Москву в свои домашние дела, и Москва искусно покровительствовала слабой стороне, чтобы обессилить соперника. Михаила Александровича Тверского, заманив в Москву на третейский суд, вероломно арестовали, и он обвинял в этом не только князя, но и митрополита. Нижегородские (суздальские) князья во второй половине XIV века тоже вступили в борьбу с Москвой за великое княжение, и Алексий столь же искусно пользовался раздорами в нижегородской княжеской семье. Когда младший брат Борис не пожелал вернуть Нижний Дмитрию Константиновичу, отказавшемуся в пользу Москвы от великого княжения, Алексий послал св. Сергия Радонежского склонить Бориса к покорности. В то же время Нижний и Городец были отторгнуты от Суздальской епархии и присоединены к Владимиру. Таким образом, духовные мероприятия служили мирским целям. Но сама политическая линия была не узкой, а национальной. Куликовская победа через два года по смерти св. Алексия подвела итоги его государственному делу. Возвышение Москвы оказалось общерусским делом. Но с этим возвышением была связана ломка старого удельного княжеского права, и в использовании церковных средств для целей этой мудрой, но революционной политики трудно было соблюсти точную меру, должную границу. Для многих современников политическая деятельность св. Алексия должна была являться предметом соблазна. Но духовная дружба его с преподобным Сергием, сама неудачная попытка его сделать своим преемником на московской кафедре этого пустынника показывают, что государственный муж не заглушил в святителе Алексии инока и что в его глазах смиренная святость стояла выше политической мудрости и опыта.
Третьим и последним святителем из строителей московского царства был митрополит Иона († 1461). Впрочем, в его деятельности церковное опять преобладает над государственным. В его эпоху дом Калиты мог бы вообще обойтись без вмешательства церковной власти в суровую и не всегда безупречную сферу московской политики, если бы не тяжелая смута в великокняжеской семье. Иона еще в сане епископа Рязанского, московского ставленника на митрополию, должен был принять участие в борьбе Василия Темного с Дмитрием Шемякой. Сначала, после ослепления Василия и захвата Шемякой Москвы, он берет на себя посредничество между врагами. Доверившись обещанию Шемяки, он добивается выдачи "на свою епитрахиль" укрывшихся малолетних детей Василия. Но, видя, что Шемяка обманул его и не возвращает из ссылки отца, Иона начинает обличать его и добивается перевода сосланного князя из Углича на Вологодский удел. Впоследствии, когда Шемяка поднял вторичное восстание против уже возвратившегося Василия, Иона преследовал его церковным оружием, собрал против него Собор и подверг отлучению; Новгородскому епископу, св. Евфимию, укрывшему в своем городе беглеца, он писал обличительные послания, настаивая на законности церковного отлучения для нарушителя крестного целования.
В 1451 г., во время нашествия на Москву ногайского хана, св. Ионе пришлось молитвами и словом своим поддерживать мужество в осажденной Москве. Среди дыма горевших посадов святитель с крестным ходом обходил городские стены. Татары отступили, и эта победа, одержанная в день цареградского праздника Положения Риз Богоматери, была приписана Небесной Заступнице. Этот день был московским повторением новгородского Знамения. По преданию, подобно тезоименитому новгородскому святителю, митрополит Иона предсказал и скорое освобождение Руси от татарского ига.
Церковный труд св. Ионы был велик и по последствиям своим столь же значителен для Русской Церкви, как дело св. Алексия – для русского государства. Современник митрополита Исидора, пытавшегося вовлечь Русскую Церковь в унию с Римом, Иона вместе с великим князем Василием Темным должен был ликвидировать последствие Флорентийской унии. Нужно было, не раздражая греков, отстаивать православие и вместе с ним независимость Русской Церкви. И она был первым законным митрополитом, поставленным в России, при избрании которого обошлись без патриаршего утверждения. Это было фактическим установлением русской автокефалии. Иона много боролся и за единство русской митрополии против литовского митрополита Григория, преемника униата Исидора, но в этой борьбе литовско-русские епархии были потеряны для Москвы.
По отношению к великорусским епископам св. Иона, как никто до него, поднял авторитет митрополичьей власти. Он не колебался отрешать епископов даже за малые погрешности против церковных правил и сделал строгий выговор Полоцкому владыке, осмелившемуся назвать себя в послании его братом. Известна и строгость, с которой митрополит отнесся к св. Пафнутию Боровскому, который тоже ратовал за чистоту канонов. Этот игумен за отказ признать законным поставление митрополита без патриарха подвергся от него побоям и заключению.