С митрополита Макария (1542-1563) канонизация как общечтимых, так и местных святых становится делом соборов при митрополите, впоследствии патриархе московском. Время Макария – юность Грозного – вообще означает новую эпоху в русской канонизации. Объединение всей Руси под скипетром князей московских, венчание Ивана IV на царство, то есть вступление его в преемство власти византийских "вселенских", по идее православных царей необычайно окрылило московское национально-церковное самосознание. Выражением "святости", высокого призвания русской земли были ее святые. Отсюда потребность в канонизации новых угодников, в более торжественном прославлении старых. После Макарьевских Соборов 1547-1549 гг. число русских святых почти удвоилось. Повсюду по епархиям было предписано производить "обыск" о новых чудотворцах: "Где которые чудотворцы прославились великими чудесы и знамении, из коликих времен и в каковы лета". В окружении митрополита и по епархиям работала целая школа агиографов, которая спешно составляла жития новых чудотворцев, переделывала старые в торжественном стиле, соответствующем новым литературным вкусам. Четьи Минеи митрополита Макария и его канонизационные соборы представляют две стороны одного и того же церковпо-национального движения.
Соборная, а с XVII века патриаршая власть сохранила за собой право канонизации (исключения встречаются для некоторых местных святых) до времени Святейшего Синода, который с XVIII века сделался единственной канонизационной инстанцией. Петровское законодательство (Духовный регламент) относится более чем сдержанно к новым канонизациям, – хотя сам Петр канонизовал св. Вассиана и Иону Пертоминских в благодарность за спасение от бури на Белом море. Два последних синодальных столетия отмечены чрезвычайно ограничительной канонизационной практикой. До императора Николая II были причислены к лику общечтимых святых всего четыре угодника. В XVIII веке нередки случаи, когда епархиальные архиереи собственной властью прекращали почитание местных святых, даже церковно канонизованных. Лишь при императоре Николае II, в соответствии с направлением его личного благочестия, канонизации следуют одна за другой: семь новых святых за одно царствование.
Основаниями для церковной канонизации были и остаются: 1) жизнь и подвиг святого, 2) чудеса и 3) в некоторых случаях нетление его мощей.
Отсутствие сведений о жизни святых было препятствием, затруднявшим канонизацию святых Иакова Боровицкого и Андрея Смоленского в XVI веке. Но чудеса восторжествовали над сомнениями московских митрополитов и их следователей. Чудеса вообще являются главным основанием для канонизации – хотя и не исключительным. Голубинский, который вообще склонен приписывать этому второму моменту решающее значение, указывает, что церковное предание не сохранило сведений о чудесах св. князя Владимира, Антония Печерского и множества святых новгородских епископов. Что касается нетления мощей, то по этому вопросу у нас в последнее время господствовали совершенно неправильные представления. Церковь чтит как кости, так и нетленные (мумифицированные) тела святых, ныне одинаково именуемые мощами. На основании большого материала летописей, актов обследования святых мощей в старое и новое время Голубинский мог привести примеры нетленных (кн. Ольга, кн. Анддрей Боголюбский и сын его Глеб, киевские печерские святые), тленных (св. Феодосии Черниговский, Серафим Саровский и др.) и частично нетленных (св. Димитрий Ростовский, Феодосии Тотемский) мощей. Относительно некоторых свидетельства двоятся или даже позволяют предполагать позднейшую тленность некогда нетленных мощей.
Самое слово "мощи" в древнерусском и славянском языке означало кости и иногда противополагалось телу. Об одних святых говорилось: "Лежит мощьми", а о других: "Лежит в теле". На древнем языке "нетленные мощи" означали "нетленные", то есть не распавшиеся кости. Известны не очень редкие случаи естественного нетления, то есть мумификации тел, ничего общего со святыми не имеющих: массовая мумификация на некоторых кладбищах Сибири, Кавказа, во Франции – в Бордо и Тулузе и т. д. Хотя Церковь всегда видела в нетлении святых особый дар Божий и видимое свидетельство их славы, в Древней Руси не требовали этого чудесного дара от всякого святого.