Двое из учеников Нила были канонизованы: Кассиан Учемский и Иннокентий Комельский. Первый был родом грек, в мире князь Манкупский, который, постригшись в Ферапоптовом монастыре на Белоозере, основал свой собственный Учемский монастырь в пятнадцати верстах от Углича (1504 или 1509). Иннокентий Охлябинин был любимым учеником Нила, спутником его странствий но святым местам Греции. Оставив скит преподобного Нила, он ушел в Комельский лес (Вологодской губернии), где, после долгого пустынножительства, основал скит для своих учеников. Своею рукою он переписал Нилов "Устав", снабдив его своим "Надсловием" и "Пристежением". Скончался он задолго до смерти своего учителя, в 1491 г. Подробное житие его погибло вместе с житием Нила от татарского разорения в 1538 г. Но и в его краткой редакции видим истинного ученика Нилова: "Нравом смирен и образом кроток, и в божественных писаниях трудолюбие поучашеся и всем умом испытуяще".
Другой великий Комельский подвижник Корнилий († 1537) в своем "Уставе" и в своей жизни сочетал черты Нилова и Иосифова благочестия, с преобладающим влиянием Нила. Можно было бы говорить об эклектизме его направления, если бы житие его не давало образ большой цельности и самобытности. Ростовец родом, он вместе со своим дядей двенадцати лет ушел в Кириллов монастырь, где и постригся. Вериги и тяжелые труды – "кто не знает Кирилловские хлебни?" – не мешали ему заниматься списыванием книг. К преподобному Кириллу и его обители он относился всю жизнь с благоговейным уважением.