После смерти архиепископа Гурия Герман в марте 1564 года был избран архиепископом Казанским. Согласно житию Варсонофия Тверского, Герман «пас Церковь Божию три лета и восемь месяцев». Впрочем, в Казани он провел не более двух лет. В конце весны 1566 года он выехал в Москву для участия в земском и церковном соборах. В Казань, как известно, Герман уже не вернулся.
Трудно сказать, когда именно Иван Грозный выбрал Германа для избрания в митрополиты. Вполне возможно, что Герман действительно выехал в Москву, уже зная об этом. Однако не менее возможно, что он узнал об этом уже в Москве. Так или иначе, но церковному собору предстояло избрать нового митрополита Московского – 19 мая митрополит Афанасий (избранный всего-то в феврале 1564 года) оставил кафедру. Официально – «по состоянию здоровья», но, скорее всего, из-за конфликта с опричниками.
Архивные документы говорят, что 9 июня 1566 года, в воскресенье, архиепископ Казанский Герман, архиепископ Новгородский Пимен и епископ Ростовский Никандр служили литургию в московском Успенском соборе.
Учитывая расстояние от Казани до Москвы и состояние дорог, а также время, требуемое на сборы в дорогу и на последующее размещение в Москве, все же, думаю, можно предположить, что Герман начал собираться в дорогу еще до изгнания Афанасия.
Подпись Германа стоит на приговорной грамоте Земского собора о продолжении войны с Литвой (впрочем, графологи обращают внимание на то, что подпись Германа по почерку очень схожа с подписью Пимена), датированной 2 июля того же года. В Никоновской летописи под 25 июля имя Германа названо среди участников освященного собора, который избрал митрополитом Филиппа (хотя подписи Германа и суздальского епископа Елевферия на «приговоре» об избрании митрополита отсутствуют). По всей видимости, имевший столь печальные последствия разговор «почти митрополита» с царем состоялся в конце июня – начале июля, раз уж собор избирал не Германа, к кандидатуре которого царь склонялся изначально. Все же в писцовой книге Казани – в записи, сделанной в начале 1567 года – при описании архиерейского дома Герман упоминается все еще как архиепископ.
Обстоятельства же кончины Германа покрыты мраком. Князь Андрей Курбский в своей «Истории о великом князе Московском» описывал это следующим образом (в переложении на современный русский язык):
«…Еще до возведения на митрополию Филиппа великий князь умолил занять митрополичий престол казанского епископа Германа. Герман возражал, но принужден был стать митрополитом решением Освященного собора. И говорят, что уже в первые два дня пребывания на митрополичьем дворе он тяготился своим великим саном, так как не хотел нести свою службу под таким лютым и безрассудным царем. Он начал с ним беседу, напоминая тихими и кроткими словами о Страшном суде Божьем и нелицеприятном наказании каждого человека за дела его, будь он царем или простым человеком.
После этой беседы царь отправился в свои палаты и рассказал своим любимым льстецам-ласкателям о совете митрополита. К нему тогда слетались отовсюду вместо добрых и избранных людей не только паразиты злые, прелукавые соблазнители, но и всякие воры (тати) и воистину разбойники и другие нечестивые люди.
Они испугались, что царь послушает совета епископа и тогда всех их прогонит от лица своего и им придется отправиться в свои пропасти и норы. Как только они услышали от царя эти речи, то единым словом отвечали ему: «Боже сохрани тебя от такого совета. Разве хочешь, о царь, быть у того епископа в неволе еще горшей, нежели пребывал у Алексея и Сильвестра перед этим несколько лет?» И молили его коленопреклоненно со слезами, особенно же один из них – Алексей Басманов с сыном своим. Он послушал их и приказал епископа из церковных палат изгнать, говоря: «Еще и на митрополию не возведен, а уже меня обязуешь неволей». И дня через два был найден мертвым в своем дворе епископ Казанский. Говорят, удушен был тайно, по цареву повелению, или ядом смертоносным уморен…»
Курбский излагал дело таким образом, что Герман был убит (удушен или отравлен) до поставления Филиппа в митрополиты, то есть не позднее 25 июля 1566 года. Однако помимо жития, относящего кончину архиепископа Казанского на ноябрь 1567 года, существуют и другие документы, подтверждающие, что тот был жив и не лишен сана в первой половине того же года. Напомню еще, что Курбский писал об этом, находясь за пределами Московской державы и опираясь лишь на слухи, доходившие до него из Москвы.