Игумен Афанасий вернулся в Брест, создает здесь православное братство Рождества Пресвятой Богородицы, полемизирует с унией и срывает подготовку нового похода на Москву. Филиппович обратился к московскому послу князю Львову, который расследовал дела о самозванцах, в немалой степени — по результатам поездки игумена Афанасия в Москву. Во время встречи Афанасий рассказал послу о серьезных разоблачающих фактах из жизни Яна Фаустина Лубы (сына Лжедмитрия), передав, среди прочего, одно из последних его посланий, предоставив тем самым русскому послу необходимые для предъявления Речи Посполитой «вещдоки». Игумен Афанасий арестовывается и подвергается жестоким пыткам за исповедание Православия. В заключении пишет он свои основные антиуниатские тексты: «Новины» (с духовными песнопениями — стихами, положенными на собственную музыку), «Фундамент непорядку костела рымского», «Приготоване на суд», «Порада побожная». Прямо из заключения Афанасий пишет письма королю Владиславу, в которых обосновывает антигосударственный характер унии и прямо призывает к союзу с Россией. Митрополит Петр Могила добивается временного освобождения Афанасия из тюрьмы под собственный надзор в Киево-Печерской лавре, где Афанасий собирает все свои антиуниатские трактаты в единый том: «Диариуш». Могила ранее спас Афанасия, восстановив его в священном сане, которого он был неканонично лишен под давлением Речи Посполитой. Затем Афанасий прикидывается юродивым, что позволяет Луцкому православному епископу Афанасию Пузыне вернуть Афанасия Филипповича в Брест. Игумен был идейным вдохновителем православного русского восстания Богдана Хмельницкого, ревностным сторонником воссоединения Великой, Малой и Белой Руси. Но то, что он не поставлял порох восставшим в битве под Берестечком, он доказал в суде по обвинению в поставках пороха восставшим. Это, однако, не спасло его от третьего и последнего ареста и новых «пыток огнем», во время которых он проповедовал: «…Чтобы настоящая греческая вера всемерно почиталась, проклятая же уния была унижена и обращена в ничто», «Проклята теперешняя ваша уния. И знайте о том наверняка, если ее из панства своего не выкорчуете, а Православную Церковь Восточную не успокоите, гнев Божий над собой наживете».
3.8 сентября 1648 года после пыток св. Афанасий был расстрелян «латино-польскими оккупантами». Он проклинал унию, даже стоя над своей могилой.
Знамя св. Афанасия, несмотря ни на какие гонения, народ Белой Руси нес до победы — воссоединения с остальной Россией. Это знамя несли такие выдающиеся православные иерархи, как Климент Тризна, Сильвестр Волчанский, Гедеон и Сильвестр Четвертинские, Арсений Берло, епископ Виктор Садковский, проведший годы в польских застенках и освобожденный только под давлением России, святитель Георгий Конисский (уже канонизированный Русской Православной Церковью). Но наиболее выдающимся борцом за Православие на Западе Руси был архиепископ Иосиф Семашко. Этот человек, по сути, равен святому равноапостольному князю Владимиру, и мы, православные христиане, просто обязаны ходатайствовать о его канонизации.
«Неполиткорректный» русский святой Иоанн Вишенский
Невозможно также пройти мимо Иоанна Вишенского (1550–1623), афонского инока, ревнителя веры Православной, прославленного УПЦ МП в 2016 году. На Афоне Иоанн Вишенский велел заживо «похоронить» себя в пещере у Эгейского моря, откуда беспощадно порицал отступников: Михаила Рагозу, Ипатия Потея, епископа Брестского. Иоанн Вишенский написал множество ярких посланий, в которых прямо называет латинян не просто еретиками, а слугами дьявола (в своей знаменитой «книжке»). Отступников от веры он беспощадно бичует в «Послании к митрополиту и епископам, принявшим унию». Очень интересна и актуальна полемика Иоанна Вишенского с иезуитом Петром Скаргой. Оба придают церковнославянскому языку принципиальное значение. Для Иоанна Вишенского церковнославянский язык богодуховней, «его же дьявол ненавидит», Скарга же в своей борьбе с Православием дискриминацию и уничтожение церковно-славянского языка рассматривает как одну из важнейших задач.
Из всех произведений, несомненно написанных Иоанном Вишенским, до нас дошло 17: «Книжка» («Термин о лжи»), сборник о десяти главах с вступлением и двумя предисловиями; послания львовскому братству, Домникии, Иову Княгинскому, Михаилу Вишневецкому, знаменитая «Зачапка мудрого латынника с глупым русином» — полемика со Скаргой, вышеупомянутый «Краткословный ответ Петру Скарге», «Позорище мысленное».
«Книжка» была составлена Иоанном Вишенским в 1599–1600 гг.