В 1915 году сын проживающего в г. Тобольске отставного капитана Семена Васильевича Черкашина — Михаил заболел кровью. Болезнь протекала в тяжелой форме и осложнилась дизентерией. Больной ребенок был уже приговорен к смерти. Агрипина Михайловна, бабушка Михаила, утром 29 мая решилась обратиться за помощью к святителю Иоанну, к предстательству которого, как она часто слышала, обращаются тоболяки в затруднительных случаях своей жизни. Уходя в собор, где покоились мощи святителя Иоанна, бабушка опасалась, что внук в ее отсутствие скончается, так как с ним началась уже агония, конечности посинели и ребенок подавал слабые признаки жизни. Придя в собор, она заказала панихиду по святителю Иоанну с присоединением в ектении прошений об исцелении умиравшего внука. Возвратившись домой, она воочию убедилась в предстательстве пред Господом святителя Иоанна: увидя бабушку, Михаил поднялся с постели и попросил дать ему просфоры, которую бабушка принесла с собой из собора. На следующий день Михаила, совершенно здорового, мать и бабушка возили в собор приложить к раке святителя Иоанна, благодаря со слезами святителя за дарование исцеления мальчику.
В «Тобольских Епархиальных ведомостях» за 1 января 1917 года мы находим следующие свидетельства о чудесах и предстательстве святителя Иоанна Тобольского.
16 декабря 1916 года на имя причта Тобольского кафедрального собора было получено от крестьянки Елизаветы Маклаковой письмо следующего содержания: «Извещаю притч кафедрального собора 1916 года: крестьянка Елизавета Маклакова, жительница села Новозаимского, Ялуторовского уезда, Тобольской губернии, долгое время страдала ревматизмом, много испытала лекарств и докторов, а болезнь все усиливалась. Не могла я встать на ноги и опереться руками. Но по молитвам и ходатайству святителя и чудотворца Иоанна получила исцеление 19 июня 1916 года. Благодарю Святителя Христова, хвалю и прославляю имя его и славлю Господа! По получение мною этой милости я приехала домой и отслужила Святителю благодарственный молебен, а не уведомляла об этом по своему неверию. До сего времени — слава Богу! — я здорова. Слава Тебе, Боже! Слава чудотворцу Христову Иоанну! — как получите, прошу описать.
В Тобольск я приехала 18 июня и простояла всенощную, отстояла молебен и приложилась к святому угоднику. На другой день была причастницей и после службы снова приложилась и время от времени мне лучше. Слава тебе, Боже!»
Особое внимание паломников привлекла одна женщина, привезшая 4 июня к кафедральному собору из странноприимного дома на тележке своего сына Петра, не владевшего ногами. Эта женщина была крестьянкой Верхотурского уезда, Пермской губернии, Верхне- Туринского завода Пелагия Николаевна Казакова. По ее словам, Петр, будучи 10 лет, был испуган. С ним начались припадки, а с 14 лет перестал владеть ногами. В таком состоянии он находился 3 года. Муж Казаковой — Пимен Харитонович, узнав из газет об открытии святых мощей святителя Иоанна, отправил ее с сыном-калекой в Тобольск, чтобы приложить его к раке мощей Святителя и помолиться о даровании ему облегчения в болезни. При помощи богомольцев Казакова внесла сына в собор, приложила к раке мощей Святителя и посадила его близ раки, накрыв покровом от гробницы Святителя. Через полчаса она вынесла Петра из собора, посадила на поляну около соборного крыльца, а сама возвратилась в собор помолиться. Выйдя из собора, она не нашла Петра на том месте где он был оставлен. Стала спрашивать богомольцев, не видели ли «убогого». Ей ответили, что ее сын пошел домой. В саженях 25–30 она увидела, что Петр действительно идет без сторонней помощи. Трудно описать ту радость, какую испытала мать при виде своего сына, так чудесно, по молитвам святителя Иоанна, получившего исцеление. Сопровождаемые толпой, мать и сын пошли до странноприимного дома, десятки раз со слезами рассказывая случившееся с ними по милости Божией.
В городе Челябинске жена мещанина Николая Ивановича Шапошникова Акулина Христофоровна, 30 лет, от рождения страдала сильным заиканием. Акулина, находясь в Тобольске, дала обещание, что 13 июня, в день своих именин, отслужит молебен святителю Иоанну. И что же? 10 июня, когда она давала обещание, болезнь ее совершенно оставила.
Рясофорная послушница Богородице-Михайло-Архангельского женского монастыря Омской епархии Ксения Поспелова, страдала болью в животе, не могла ни пить, ни есть. В последние три месяца за сутки она могла употребить не более одной чайной чашки воды. Лечилась она в течение последних 3 месяцев в городе Омске, но никакого облегчения не получала. Дав обещание помолиться при раке мощей святителя Иоанна, она поехала в Тобольск. Со слезами она просила помощи у святителя Иоанна. Когда она прикладывалась к мощам, то почувствовала острую сильную боль в животе, как бы от удара. Боль продолжалась недолго. Прийдя в квартиру, она уже свободно могла пить и есть. «Вот прошло уже три дня с тех пор, никакой боли в животе не чувствую: исцелил меня батюшка Иоанн». Так закончила свое заявление Поспелова.