В 1847 году ученик Тобольской семинарии, высшего отделения, впоследствии священник Томской епархии Александр Костылев сильно заболел лихорадкой. Сперва он обращался к семинарскому лекарю, а потом и к другим. От лекарств, какие ему прописали для употребления, помощи и облегчения в болезни ему не было. Напротив, болезнь все более и более усиливалась так, что он был доведен до крайнего изнеможения. Наконец Костылев решил обратиться к молитвенному ходатайству митрополита Иоанна. Он занял денег и пошел в собор к вечерне. В соборе он попросил очередного священника отслужить в Златоустовском приделе панихиду по митрополите Иоанне. На следующий день лихорадка ослабела, пароксизма не было. Прошло еще несколько дней, болезнь не возвращалась, и больной вскоре совсем поправился.
Живший вместе с Костылевым, впоследствии священник Томской епархии Иван Федоров в продолжение 10 лет обучения в училище и семинарии каждодневно подвергался жестокой головной боли на одни сутки. Будучи свидетелем благодатного исцеления своего товарища, после панихиды по митрополите Иоанне он дал обет всегда молиться, как во время домашней молитвы, так и во время церковной, о упокоении души раба Божия митрополита Иоанна. «И, вот, с тех самых пор как дал этот священный обет, — говорит священник Иоанн Федоров, — я уже 18 лет нахожусь в полном здравии, мучительная головная боль совершенно прекратилась».
Из всех приведенных случаев видно, как велика была вера народа в святость Иоанна, митрополита Тобольского. По одной только вере в его святость больные получали исцеление и скорбящие утешение. Отрадно видеть, что и ныне, после десятилетий гонений на Церковь, когда вытаптывалась вера русских людей, искоренялась православная культура и традиции русского человека и вновь насаждалось язычество, любовь к сибирскому чудотворцу святителю Иоанну не умаляется. Тысячи людей притекают к раке мощей святителя Иоанна и находят здесь духовную отраду и помощь в своих недугах и скорбях.
Тропарь святителю Иоанну, митрополиту Тобольскому, глас 8.
Наставниче благочестия, / сиротствующих питателю, / скорбящих утешителю, недугующих врачу безмездный, / душею страждущих скорый помощниче, / теплый молитвенниче о всех ко Господу, / святителю отче Иоанне, // моли Христа Бога спастися душам нашим.
Кондак святителю Иоанну, митрополиту Тобольскому, глас 2.
Явился еси во тьме неведения пребывающим просветитель, / вдов и сирот утешитель, / дивный врач немощствующих, / младенцев и отроков наставник, / родителем же пресветлое радование, / святителю отче Иоанне, / моли Христа Бога / подати стране нашей в вере утверждение, / воинству нашему на враги победу и одоление, // людем же своим велию милость.
Молитва святителю Иоанну (Максимовичу), митрополиту Тобольскому.
О святителю Христов Иоанне, Божию Престолу со святыми предстояй! Ты еси отец наш любвеобильный и молитвенник наш теплый. Умоли Господа Бога, да подаст нам коегождо потребно полезная: скорбящим утешение, немощным здравие, заблуждшия да наставит и обратит на путь покаяния, распри и раздоры умирит, неведущия Христа люди на путь спасения да обратит и всех нас единением духа и любве в Единей Святей Своей Церкви соединит, да сохранит нас от глада, града, труса, потопа, огня, меча, междоусобныя брани и напрасныя смерти, наипаче же от искушений, облежащих нас в жизни сей, да дарует нам мирное пожити зде житие и веру свою Православную невредиму соблюсти. О святый угодниче Христов, архипастырю, преподобный, молитвенниче наш неусыпный! От юности всего себе Богу посвятив, равноангельное житие стяжал еси, исполнен бе радости духовныя, яже озаряше светлость лика твоего и сердца верных утешаше, поистине бе светильник горяй и светяй, святолепно пожив, от Господа сподоблен бе дара прозрения, время кончины своея предуведа, моляся пред образом Пречистыя Богородицы, коленопреклонение преставися; ныне проси Ю о нас, да будет нам Покровительница в сей многотрудней жизни и в час кончины нашея да умолит Всеблагаго Господа сподобитися нам в лице благоугодивших предстати Престолу Его и восхвалити в Троице славимаго Бога, Отца и Сына, и Святаго Духа, во веки веков. Аминь.
Иулиан Кеноманийский, святитель