Москву блаженная очень любила, говорила, что «это святой город, сердце России». Оба брата Матроны, Михаил и Иван, вступили в партию, Михаил стал сельским активистом. Понятно, что присутствие в их доме блаженной, которая целыми днями принимала народ, делом и примером учила хранить веру православную, становилось для братьев невыносимым. Они опасались репрессий. Жалея их, а также стариков родителей (мать Матроны скончалась в 1945 году), матушка и переехала в Москву. Начались скитания по родным и знакомым, по домикам, квартирам, подвалам.
Это был новый период ее подвижнической жизни. Она становится бездомной странницей. Порой ей приходилось жить у людей, относившихся к ней враждебно. Жила Матрона до войны на Ульяновской улице у священника Василия, мужа ее послушницы Пелагеи, пока он был на свободе. Жила на Пятницкой улице, в Сокольниках (в летней фанерной постройке), в Вишняковском переулке (в подвале у племянницы), жила также у Никитских ворот, в Петровско-Разумовском, гостила у племянника в Сергиевом Посаде (Загорске), в Царицыно. Дольше всего (с 1942 по 1949 год) она прожила на Арбате, в Староконюшенном переулке.
Много раз Матрону хотели арестовать. Были арестованы и посажены в тюрьму (или сосланы) многие из ее ближних. Внешне жизнь ее текла однообразно: днем — прием людей, ночью — молитва. Подобно древним подвижникам она никогда не укладывалась спать по-настоящему, а дремала, лежа на боку, на кулачке.
Как-то в 1939 или 1940 году Матрона сказала: «Вот сейчас вы все ругаетесь, делите, а ведь война вот-вот начнется. Конечно, народу много погибнет, но наш русский народ победит».
Когда началась война, матушка просила всех приходящих к ней приносить ивовые ветки. Она их ломала на палочки одинаковой длины, очищала от коры и молилась. Ее ближние вспоминали, что пальцы ее были в ранках. Матрона могла духовно присутствовать в различных местах, для ее духовного взора пространства не существовало. Она часто говорила, что бывает невидимо на фронтах, помогает нашим воинам. Она передала всем, что в Тулу немцы не войдут. Ее пророчество оправдалось.
В день Матронушка принимала до сорока человек. Люди приходили со своими бедами, душевной и телесной болью. Она никому не отказывала в помощи, кроме тех, кто приходил с лукавым намерением. Иные видели в матушке народную целительницу, которая в силах снять порчу или сглаз, но после общения с ней понимали, что перед ними Божий человек, и обращались к Церкви, к ее спасительным таинствам. Помощь ее людям была бескорыстной, она ни с кого ничего не брала. Исцеляя недужных, матушка требовала от них веры в Бога и исправления греховной жизни. Живущих в гражданском браке она благословляла обязательно венчаться в Церкви. Всем обязательно носить нательный крест. Помогала Матрона и тем, у кого не ладилась семейная жизнь.
Живя у Ждановых в Староконюшенном переулке, Матронушка исповедовалась и причащалась у священника Димитрия из храма на Красной Пресне. Непрестанная молитва помогала блаженной Матроне нести крест служения людям, что было настоящим подвигом и мученичеством, высшим проявлением любви. Отчитывая бесноватых, молясь за каждого, разделяя людские скорби, матушка так уставала, что к концу дня не могла даже говорить с близкими и только тихо стонала, лежа на кулачке. Внутренняя, духовная жизнь блаженной все же осталась тайной даже для близких к ней людей, останется тайной и для остальных.
Не зная духовной жизни матушки, тем не менее люди не сомневались в ее святости, в том, что она была настоящей подвижницей. Подвиг Матроны заключался в великом терпении, идущем от чистоты сердца и горячей любви к Богу. Именно о таком терпении, которое будет спасать христиан в последние времена, пророчествовали святые отцы Церкви. Как настоящая подвижница, блаженная учила не словами, а всей своей жизнью. Слепая телесно, она учила и продолжает учить истинному духовному зрению. Не имевшая возможности ходить, она учила и учит идти по трудному пути спасения.
Святая скончалась 2 мая 1952 года. По ее желанию она была погребена на Даниловском кладбище. Отпевание и погребение блаженной были началом ее прославления в народе как угодницы Божией.
Блаженная Матрона была православным человеком в глубоком, традиционном значении этого слова. Сострадание к людям, идущее из полноты любящего сердца, молитва, крестное знамение, верность святым уставам Православной Церкви — вот что было средоточием ее напряженной духовной жизни. Природа ее подвига своими корнями уходит в многовековые традиции народного благочестия. Поэтому и помощь, которую люди получают, молитвенно обращаясь к праведнице, приносит духовные плоды: люди утверждаются в православной вере, воцерковляются внешне и внутренне, приобщаются к повседневной молитвенной жизни.
На могилке блаженной Матроны во время панихиды было много народа. Матронушка много помогает болящим: у меня был ишиас, а когда ушел после панихиды, то с тех пор даже забыл о своей болячке.