В начале сражения «Бородино» имел лишь несколько попаданий, а первая серьезная пробоина (около 3 часов) пришлась в кормовую часть правого борта, чуть выше ватерлинии. Начался пожар, и, поскольку была зыбь, внутрь стала поступать вода. Туда немедленно была направлена аварийная группа под командованием одного решительного юнкера, и пожар скоро удалось потушить. В это же время на батарейной палубе мичману Прикоту осколками снаряда оторвало обе ноги.
В целом же до 5 часов броненосец не имел серьезных повреждений. Фактически корабль попал в переплет при возобновлении боя, когда он стал жертвой сконцентрированного огня японцев. Вскоре после возобновления огня большой снаряд разорвался в районе передней 6-дюймовой башни с правого борта, пробив в нем дыру величиной с ворота и продырявив палубу. Почти одновременно другой снаряд попал в баковую надстройку. Через некоторое время крупный снаряд разорвался возле боевой рубки, полностью развалив мостик, сбив с ног и поранив всех вокруг; при этом были убиты старший и младший штурман, одного из них разорвало в клочья. Старшему артиллерийскому офицеру, лейтенанту Завалишину, выворотило желудок. Кто-то даже видел его самостоятельно спускающимся в операционный пункт, но, упав по дороге, он испустил дух, так и не дойдя до лазарета. Командир и старший торпедный офицер тоже получили ранения, их увели вниз.
Фрагменты снаряда, попавшего в переднюю 12-дюймовую башню, прошили верхушку башни, обезглавив ее командира, лейтенанта Фукса. Старший офицер Макаров принял командование и управлял кораблем с командного поста.
Командир лежал в перевязочном пункте с серьезной раной в шею и без левой руки. Новость о его ранении удручающе подействовала на команду, и, когда стрельба затихла, многие прибегали узнать, как он себя чувствует. Командир ни разу не потерял сознания и продолжал отдавать распоряжения, принимая посильное участие в бою, ободряя команду.
Когда «Император Александр Третий» покинул строй и «Бородино» занял его место в голове колонны, начался заключительный и, пожалуй, самый страшный этап боя. Снаряды стали попадать в корабль бессчетно, сжигая и сметая все, что стояло на их пути. Если до этого момента на броненосце как-то справлялись с пожарами, то теперь они почти завладели судном, и густой едкий дым стлался повсюду, заслоняя противника и мешая стрельбе.