Новый командующий Тихоокеанской эскадрой адмирал Макаров хотел вывести в море свои достаточно деморализованные команды для учений и приобретения боевого опыта. 12 марта он вышел в море, ведя под своим флагом четыре линкора и крейсер, и на следующее утро вернулся на базу, обменявшись несколькими выстрелами с японскими крейсерами. 22 марта он снова вышел в море, чтобы отогнать вражеские корабли, подошедшие к Порт-Артуру, которые намеревались начать обстрел порта.
26 марта был сделан еще один выход, в результате которого был потоплен японский грузовой пароход. Без сомнения, именно это оживление активности русских побудило Того сделать еще одну попытку заблокировать порт-артурский канал, затопив в нем новые блокшивы. Успеха она не имела: на следующее же утро Макаров вновь вышел из порта и отогнал от базы несколько назойливых японских крейсеров.
Спустя две недели японцы под покровом ночи поставили еще серию мин в водах Порт-Артура, а наутро их крейсера крутились поодаль от заминированного ими района. Этой приманки было достаточно, чтобы выманить в море адмирала Макарова С его тремя линкорами и четырьмя крейсерами. К досаде японцев, русские невредимо прошли через минированный участок и открыли огонь по пятившимся назад японским крейсерам с дальних дистанций. Но вот на горизонте показались главные силы Того, и Макаров повернул к Порт-Артуру. В этот момент его флагманский корабль «Петропавловск» задевает за мину, взрывается и в облаке сизого дыма быстро погружается в воду, унося с собой 550 жизней, в том числе самого адмирала Макарова. Еще один русский линкор был поврежден миной, но Того не решился подойти поближе, чтобы прикончить его.
Эти мины, вполне возможно, не были теми, что японцы поставили накануне. И русские, и японцы, всяк на свой лад, выкладывали мины не единожды в этом районе, поэтому вполне допустимо, что русский адмирал стал жертвой своей же русской мины.
Гибель Макарова должна была показаться русским еще одним доказательством преследовавшей их неудачи. Но выиграли бы они войну, если б адмирал остался жив, еще сомнительно. Конечно, под его командованием морская война приняла бы другой оборот.
Макаров был лучшим из русских адмиралов. Корабли Порт-Артура не были заметно хуже японских, но их командиры и до и после отдавали предпочтение безопасному стоянию в гавани превратностям открытого моря. Макаров не разделял таких оборонительных взглядов, которые отдавали инициативу японцам, деморализовали лучших офицеров, не давали возможности набраться опыта и уверенности в себе.
Несмотря на гибель «Петропавловска», русские корабли, стоявшие в Порт-Артуре, все еще представляли угрозу для японских коммуникаций. 3 мая Того предпринял еще одну попытку, безуспешную, затопить блокшивы в проходе Порт-Артура. Позднее, 15 мая, он пережил свои первые серьезные потери. Новый тяжелый крейсер «Касуга» с его недоученной командой таранил и утопил сопровождавший его крейсер. В это же время три японских линкора, крейсировавших у берегов Порт-Артура, оказались на минном поле. (Русские потом говорили, что поставили эти мины ночью, чтоб поймать на них эти линкоры.) Один из линкоров, «Хацусе», зацепил сразу две мины и затонул прямо на глазах портартурцев. Другой, «Йашима», нарвался на мину, каким-то чудом удержался на плаву и был уведен на буксире. Позднее «Йашима» все же пошел ко дну, но его гибель не признавалась японцами.
Это был один, если не единственный шанс у русских выиграть войну одним ударом. Однако порт-артурская эскадра не получила приказа выйти в море, чтобы покончить с деморализованным японским флотом, хотя с их водотрубными котлами корабли могли поднять пары молниеносно. И хотя в считаные часы Того потерял треть своих линкоров, с ним было не кончено, он все еще имел преимущество в крейсерах. В последующие педели Того пришлось потерять на минах еще несколько кораблей, но ему повезло в том смысле, что жертвами мин стали старые незначительные суда, потеря которых ничего в сущности не меняла.
Тем временем японские войска подошли вплотную к Порт-Артуру и начали его осаду. Преемник Макарова адмирал Скрыдлов был неспособен взять в свои руки командование порт-артурской эскадрой и удовольствовался лишь тем, что приехал во Владивосток поездом. Армейские генералы сходились во мнении, что Порт-Артур будет удержан (несмотря на то, что его уже брали в 1895 г.).
Но не говоря о возможности захвата противником, русская эскадра, стоявшая в Порт-Артуре, была лишена маневра, свободы действий. Поэтому было решено прорываться на Владивосток.