Ситуацией, как водится, сразу воспользовались внешние враги. Крымское ханство нарушило условия недавно заключённого Бахчисарайского мира, арестовало русских послов. Турецкие эмиссары появились в Поволжье. Ситуация для них здесь была самая благоприятная. Здесь бушевало башкирское восстание. Вспыхнуло оно под исламскими лозунгами и было направлено против чересчур ретивой миссионерской политики, проводимой православной церковью. К восставшим примкнули многие служилые татары. Ослаблением центральной власти воспользовались и калмыки. Они увидели возможность избавиться от, и без того символического, подчинения Москве и стать полновластными хозяевами в регионе. Летом 1682 года отряды бунтовщиков действовали уже в окрестностях Казани.
Кроме того, осложнилась ситуация на Дону. Там, скопилось много народа, оставшегося не у дел после заключения Бахчисарайского мира. Ситуация снова напоминала 1667 год, когда, такие же, пришедшие с польской войны отряды, под предводительством Степана Разина двинулись на Волгу. Теперь их атаманом был некий И. Иванов. В Москву доносили, что у него «знамена и прапорец Стеньки Разина».
Единственное, что смогло в данной ситуации сделать правительство, это послать в Поволжье опытных воевод боярина Шереметева и окольничего Козловского. Произошло это в самый разгар династических распрей и стрелецких бунтов. Едва в апреле 1682 года умер царь Фёдор Алексеевич, и Шереметев с Козловским были определены в число дежуривших у гроба государя на самых почетных местах, как уже в конце мая оба получили указ срочно выехать в Поволжье на воеводство. Один в Казань, другой в Симбирск. Козловскому и предстояло через год построить Сызрань.
Строительство городов в те времена происходило в три этапа. Сначала посылался разведывательный отряд для осмотра местности, он составлял короткую опись, включавшую в себя перечень рек, дорог и особенностей ландшафта. После чего уже для выбора окончательного места ехал воевода со специалистом-градодельцем. Миссия это была длительной и опасной, поэтому сопровождалась внушительным вооруженным отрядом. Предстояло на месте сделать необходимые замеры, начертить чертеж и составить «сметную роспись». В ней уже указывалось количество башен, их высота, просчитывалось, сколько потребуется леса и других материалов. Делалось это очень подробно, учитывалась каждая скоба, вплоть до последнего бревна. Чертеж и «сметная роспись» отсылались в Москву в Разрядный приказ для согласования. Там уже готовился царский указ об основании города. После утверждения Боярской думой чертеж, смета и наказ отправлялись воеводе.
Из дошедшей до нас переписки следует, что крепость решено было ставить на неком старом сызранском городище. Вероятно, это были остатки какого-то древнего укрепления, причем валы неплохо сохранились и были использованы при сооружении Сызрана. Именно этим можно объяснить не совсем правильную форму возведенных стен. В описаниях ее называют то семиугольником, то неправильным четырехугольником. Кроме этого сызранские стены были устроены на каменном основании. Скорее всего, камень не привозили, а брали здесь же на месте. Может это были остатки древнего городища? Ответ на эти вопросы смогут дать лишь археологические раскопки. Возле Спасской башни археологи обнаружили небольшой слой битого камня, а под ним слой углей. Раньше часто при возведении вала прокаливали землю, чтобы предотвратить ее последующее оползание. Остатки ли это сызранских укреплений или следы каких-то позднейших работ мы пока не знаем.
Скорее всего, именно использование более старых сооружений и повлияло на выбор места для строительства крепости. Ведь работать предстояло во время военных действий практически на вражеской территории. Здесь фактор скорости был решающим. Вот почему город оказался построенным на некотором удалении от Волги, что не позволяло эффективно контролировать речной путь. Зато крепость очень точно вписалась в уже забытую Батыеву дорогу, вдоль реки Сызранки, которую в описываемое время уже называли Казацкой.
Так что подготовительные работы велись уже в 1682 году. Косвенным подтверждением этого послужило пожалование в это самое время, то есть ещё до основания крепости земель некоторым дворянам. Вероятно, это были те, кто входил в разведывательный отряд и заранее присмотрел себе угодья получше.
В то время лесозаготовительные работы на Руси проходили зимой. Это позволяло получать более качественную древесину и облегчало её транспортировку. Кроме того, решалась извечная проблема нехватки рабочей силы, летом занятой на сельскохозяйственных работах. Строителям предстояло лишь собрать крепость на месте по готовым чертежам.