Дожидаясь государева ответа, Аввакум всего себя посвятил заботам о пастве. Он писал многочисленные послания, утешая страждущих и подбадривая робких, пламенно проповедуя верность отеческому православию. Поскольку эта проповедь имела огромный успех, царь приказал окольничему Родиону Матвеевичу Стрешневу уговорить протопопа молчать, дабы он не «искушал» москвичей. На некоторое время Аввакум как будто действительно покорился.
Но «паки заворчал», вновь написав Алексею Михайловичу челобитную, в которой вновь просил, чтобы царь «старое благочестие взыскал». Одновременно протопоп проповедовал свои взгляды в церкви святой Софии, «что за Москвою-рекою в Садовниках». В итоге всего через полгода по возвращении из ссылки Аввакум получил такое предписание: «Власти на тебя жалуются, церкви ты запустошил, поедь в ссылку опять».
Сначала протопопа с семьей повезли за Полярный круг, в далекий Пустозерский острог. Но с дороги он отправил царю челобитную, слезно умоляя «ребятишек ради» смягчить наказание и оставить семью в Холмогорах или каком-нибудь другом, не столь отдаленном месте. Друзья Аввакума просили за него в Москве, и в итоге ему с женой и шестью детьми приказали жить в Поморье, на Мезени. Здесь он провел больше года, а семья оставалась и позднее.
Весной 1666 года Аввакума под стражей повезли в Москву для суда на большом церковном Соборе. Сначала его держали в Пафнутиево-Боровском монастыре, безуспешно уговаривая принять новые обряды. Затем отвезли в столицу, где после прений о вере повели в Успенский собор, расстригли и предали анафеме.
Перед судом греческих патриархов и русских архиереев несломленный Аввакум предстал 30 апреля 1667 года. Впервые он одновременно видел столько противников. Но ни напыщенность восточных патриархов, ни надменность русских епископов, ни изощренные аргументы не могли поколебать закалившуюся в гонениях веру. Протопоп вспоминал: «От Писания с патриархами говорил много. Бог отверз грешные мои уста, и посрамил их Христос!»
После долгих споров греки заявили Аввакуму:
— Что ты упрям? Вся Палестина, сербы и валахи, римляне и ляхи, все тремя перстами крестятся, один ты стоишь в своем упорстве!
Протопоп им ответил:
— Рим давно упал и лежит, и ляхи с ним же погибли. А у вас православие пестро стало от насилия турецкого Магомета. Да и дивиться тому нельзя, немощны вы стали. И впредь приезжайте к нам учиться! У нас Божьей благодатью самодержство. До Никона отступника в нашей России у благочестивых князей и царей было православие чисто и непорочно и Церковь немятежна.
Патриархи задумались, а русские епископы начали уговаривать протопопа:
— Аввакум, милый, не упрямься. Что ты на русских святых указываешь? Глупы были наши святые и грамоте не умели. Зачем им верить?
Эти слова оскорбили Аввакума, он не стерпел и выбранил соборян. Архиереи кинулись на протопопа и стали избивать, а потом приказали посадить его на цепь.
После Собора Аввакум и другие ревностные защитники «древлего благочестия» (московский диакон Феодор, священник Лазарь из города Романова и соловецкий инок Епифаний) были отправлены в заточение в Пустозерский острог. Перед отправкой в ссылку Лазаря и Епифания подвергли публичной казни: им отрезали языки, иноку также «поперек костей» отсекли четыре перста на правой руке.
А Лазарю, как вспоминал Аввакум, «положа правую руку на плаху, по запястье отсекли, и рука отсеченная, лежа на земли, сложила сама по преданию персты и долго лежала пред народы, исповедала, бедная, и по смерти знамение Спасителево неизменно. Мне и самому сие чудно: бездушная одушевленных обличает!» Самого протопопа от казни спасло лишь заступничество царицы.
В декабре 1667 года Аввакум и его соратники-старообрядцы прибыли к своему последнему земному пристанищу, которым стала страшная земляная яма. Наступил заключительный, 14-летний, период жизни протопопа.
Но и в заточении Аввакум не унывал. В письме к своему ученику Семену Крашенинникову он с грубоватым юмором рассказывал о темнице, в которой сидел вместе с Епифанием: «Я ведь не богослов, что на ум напало, я тебе то и говорю. Горазд я, Симеон, есть да спать, а как ветхая та испражнять? Покой большой у меня и у старца милостию Божиею. Где пьем и едим, тут, прости Бога ради, и лайно испряжняем, да складше на лопату, да и в окошко. Хотя воевода тут приходит, да нам даром. Мне видится, и у царя Алексея Михайловича нет такого покоя. Еретики, собаки! Как то их диявол научил: жива человека закопай в землю! Хлебом кормят, а срать не пускают!»
Во время заключения протопоп пишет многочисленные послания единомышленникам, челобитные царю и другие сочинения, которые были для староверов «светлее солнца». Здесь же не самочинно, но по благословению духовника, старца Епифания, взялся Аввакум за свое прославленное «Житие».