Получив охранную грамоту, Аввакум вернулся в Лопатищи. Здесь его ждали новые неприятности. Как вспоминал сам Аввакум, летом 1648 года «приидоша в село мое плясовые медведи с бубнами и с домрами, и я, грешник, по Христе ревнуя, изгнал их, и хари <маски> и бубны изломал на поле один у многих и медведей двух великих отнял, — одного ушиб, и паки ожил, а другого отпустил в поле».
В то время мимо плыл Волгой из Москвы в Казань боярин Василий Петрович Шереметев, отец владельца Лопатищ. Селяне, огорченные тем, что лишились потехи, пожаловались воеводе, а тот призвал священника для допроса на корабль. Там крепко выругал и приказал благословить своего младшего сына Матфея, который, вопреки древнерусскому обычаю, был брит. «Аз же не благословил, но от Писания его и порицал, видя блудолюбный образ, — вспоминал протопоп, — Боярин же гораздо осердясь, велел меня бросить в Волгу, и, ругав много, столкали с судна».
Избежав утопления, горемычный поп, однако, не избежал нового изгнания. Опять ему пришлось искать правду в Москве, куда он «сволокся» в 1652 году. В столице Аввакум был определен протопопом (старшим священником) к собору небольшого города Юрьевца[37]
. Но его протопопство продолжалось всего восемь недель.Местное духовенство, недовольное строгостью молодого протопопа, настроило против него народ. «Дьявол научил попов, и мужиков, и баб: пришли к патриархову приказу, где я духовные дела делал, и вытаща меня из приказу собранием, — человек с тысячу и с полторы их было, — среди улицы били батожьем и топтали. И бабы были с рычагами <ухватами>, грех ради моих убили замертво и бросили под избной угол».
Едва спасшись от лютой смерти с помощью воеводы, Аввакум ушел в Москву. Он поселился у Иоанна Неронова, а в его отсутствие, не имея своего прихода, служил и проповедовал в Казанском соборе.
В 1653 году, в начале Великого поста, патриарх Никон разослал по храмам «память» об отмене земных поклонов и о введении троеперстного крестного знамения. Аввакум, который считал эти новые обряды изменой истинному православию и отеческой вере, «безбожною лестью» и «блуднею еретическою», написал вместе с костромским протопопом Даниилом челобитную в защиту старого церковного обряда и подал ее царю.
«Тишайший» передал писание патриарху. Последствия не заставили себя долго ждать. Аввакум был арестован и посажен в Спасо-Андроников монастырь. Просидев в темном подвале четыре томительных недели первого своего заточения, Аввакум был приведен в Успенский собор, где Никон хотел его расстричь. Насилу царь упросил оставить своего знакомца-протопопа в сущем сане. Тогда Никон сослал Аввакума с семьей в Сибирь. Осенью 1653 года с женой и четырьмя детьми протопоп отправился в дальний путь в Тобольск.
Земляк Аввакума, сибирский архиепископ Симеон, хорошо знавший протопопа, определил его к тобольскому Вознесенскому собору, где ссыльный священник ревностно служил, «браня от Писания и укоряя ересь Никонову». Однако 27 июня 1655 года из Москвы пришел указ: Аввакуму с семьей ехать под стражей в более строгую ссылку — на Лену, в Якутский острог. Но протопоп доехал только до Енисейского острога, где его ждало новое повеление: с воеводою Афанасием Пашковым идти в Даурию (Забайкалье).
Под началом у Пашкова было более четырех сотен казаков и стрельцов, которым для дальнего похода нужен был священник. Летом 1656 года отряд отплыл из Енисейска на сорока ладьях. Для Аввакума и его семьи началось самое тяжкое из выпадавших доселе испытаний. Светские власти и раньше не любили протопопа за прямоту и строгость, скоро возненавидел его и воевода Пашков. «Грех моих ради суров человек: беспрестанно людей жжет, и мучит, и бьет», — вспоминал о нем Аввакум.
На Ангаре караван Пашкова встретил странников, в числе которых были две вдовы, «одна лет в 60, а другая и больше», собиравшиеся постричься в инокини. Пашков для потехи пожелал выдать бедных женщин замуж. Аввакум вступился за вдов и тут же был наказан: воевода заставил его покинуть суденышко и идти пешком по непролазной тайге. Затем Пашков вызвал протопопа к себе, «рыкнул, яко дикий зверь», сбил с ног и велел дать 72 удара кнутом.
Во время жестокого истязания Аввакум непрестанно молился и сохранял полное самообладание. Изувеченный протопоп был закован в кандалы и брошен в казенную ладью. Всю дальнейшую дорогу до Братского острога Аввакума везли в цепях. В октябре отряд прибыл в острог на зимовку, и протопопа заточили в «студеной башне» (по преданию, той самой, что ныне перевезена в музей «Коломенское»). Лишь к Рождественскому посту невинного страдальца перевели в теплую избу, но и здесь держали, как преступника, скованным и отдельно от семьи.
Весной 1657 года отряд Пашкова продолжил поход и переплыл Байкал, а летом двинулся вверх по реке Хилке. С протопопа сняли цепи, но теперь он был обязан наравне с казаками тянуть суда и участвовать в других работах. Но в отличие от казаков Аввакуму приходилось еще и заботиться о семье.