Над митрополитом был устроен соборный суд. Нашлись лжесвидетели. К глубокой скорби святителя это были иноки и его бывшие ученики из Соловецкой обители. Филиппа обвиняли во множестве мнимых преступлений до чародейства включительно, что было обычно для политических процессов того времени.
Отвергнув все обвинения, иерарх пытался прекратить суд, объявив о добровольном сложении сана. Но отречение не было принято. Царь настаивал на казни (сожжении) Филиппа, но духовенство вымолило ему жизнь. Глава Церкви был осужден на лишение сана и пожизненное заточение в монастыре.
Но сначала митрополита ожидало поругание. Уже по вынесении приговора Филиппа заставили служить литургию в Успенском соборе. Это было 8 ноября 1568 года на праздник Архангела Михаила. В середине службы в храм ворвались опричники во главе с Алексеем Басмановым, который громко зачитал соборный приговор.
Опричники бросились на митрополита, сорвали с него архиерейское облачение и одели в грубое монашеское платье. Затем они вытолкали его из храма и на простых дровнях повезли из Кремля, ругаясь и избивая. Филипп благословлял народ, который в слезах провожал своего пастыря.
Святителя долго томили в подвалах московских монастырей, держали в оковах, надели на шею тяжелую цепь, а на ноги — колодки. Наконец его заточили в Тверской Отроч монастырь.
Переезд в Тверь постарались сделать для Митрополита как можно более тягостным. По словам «Жития», «святой на пути многу пакость и унижение прият». Много пришлось претерпеть ему и от приставленного стеречь его «пристава неблагодарна», имя которого сохранила нам история: его звали Степан Кобылин.
Между тем на Руси продолжал бушевать пожар опричнины. В декабре 1569 года Иван Грозный двинулся со своим войском на Новгород. Путь лежал через Тверь. Не доезжая до города, царь отправил самого лютого из опричников Малюту Скуратова к Филиппу как бы за благословением. Страшный гость вошел в келью страдальца 23 декабря.
Митрополит узнал опричника и понял, зачем он пришел. Он не потерял обычного спокойствия и не выразил удивления, а только сказал: «Делай, как хочешь, любезный, за чем пришел» — и начал молиться. Малюта схватил «подглавие» (подушку) и задушил святителя. Выйдя на улицу, палач объявил настоятелю монастыря и приставу, что митрополит умер их небрежением от чрезвычайного угара в келье.
Мученическая кончина и неустанная деятельность митрополита Филиппа накрепко запечатлелись в исторической памяти русского народа. Он являлся не только великолепным устроителем монастырской жизни, но и одним из самых значительных исторических деятелей эпохи Ивана Грозного. Недаром Николай Карамзин увидел в святителе «знаменитейшего из героев древней и новой истории».
Будущий патриарх родился около 1525 года в городе Старице (нынешняя Тверская область) и в миру звался Иоанном. Его родители, числившиеся между посадскими людьми, отдали сына на воспитание в Старицкий Успенский монастырь. По словам древней «Истории о первом патриархе Иове Московском», Иоанн «от той же святой обители архимандрита Германа воспитан и грамоте и всему благочинию изучен и страху Божию добре обучен».
После первоначального обучения грамоте Иоанн тщательно изучил церковные книги. В то время образованные люди уделяли особое внимание развитию памяти. Эта способность у будущего архиерея была развита вполне: «Всю Псалтырь, и Апостол, и Евангелие без книг толкование сказывал и читал». Даже в глубокой старости, потеряв зрение, он совершал литургию по памяти.
Кроме того, Иоанн был обучен переписыванию книг и так овладел искусством излагать свои мысли на бумаге. Юноша принимал самое близкое участие в жизни монастыря, особенно в богослужении, ибо у него был звучный голос: «Прекрасен бо был в пении и во чтении, яко труба дивна всех веселя и услаждая слухи сердца слушателей».
Царь Алексей Михайлович Романов. Гравюра 1655–1678 гг. Государственный музей А.С. Пушкина
Патриарх Никон. Гравюра 1802 г. Государственный музей А.С. Пушкина
Епископ Павел Коломенский. Роспись в приделе Св Илии Пророка в старообрядческом храме Св. Николы Чудотворца (г. Москва). Художник Б.В. Кисельников
Инокиня Феодора (боярыня Морозова) на допросе. Художник Б.В. Кисельников
Казнь протопопа Аввакума и его соузников. Художник Б.В. Кисельников