В других районах не прекращались столкновения и бои. В 1628 г. “прибежал аялынец Изермет Тоянгулов и из тунгусов Катагул Толгиндеев” с вестью, что на Омь пришли калмыки и грабят их сородичей. “Прибежали” они к ближайшему представителю власти, сыну боярскому Богдану Байкачу, который в это время ездил по тайге, собирая ясак (в одиночку). Он оказался на высоте положения, тут же сформировал отряд из самих ясачных, нанес удар и разгромил грабителей. А на енисейских ясачных и промышленников продолжались нападения с верховий этой реки. Поэтому было решено выдвинуть туда форпост и занять “Аринскую и Качинскую землицу”. С этой целью в 1628 г. выступил отряд из 300 служилых во главе с А. Дубенским и заложил Новый Качинский острог — нынешний Красноярск. В следующем году для обороны русских и ясачных от агрессивных соседей большой отряд тобольских, березовских и мангазейских служилых отправился на Нижнюю Тунгуску. Из его состава была выделена еще одна экспедиция на Лену — 30 чел. под руководством А.Добрынского и М.Васильева пошли через Чону и Вилюй.
Все эти группы землепроходцев натерпелись трудов и лишений. Без дорог форсировали дебри, надрывались на волоках, перетаскивая лодки и грузы, преодолевали речные пороги и стремнины, зимовали в необитаемых местах. Первым достиг Лены Василий Бугор. Он прошел по Ангаре и Илиму, оттуда перебрался в р. Кут и спустился к Лене. Соединился с догнавшей его экспедицией Хрипунова и вместе пошли по реке. С местными жителями они сумели установить неплохие контакты, привести их “под государеву руку” и “объясачить”, и в 1630 г. после двухлетних странствий благополучно вернулись в Енисейск, основав несколько постоянных пунктов для сбора ясака. У устья Куты остались нести службу 2 казака, у р. Киренги — 4. Вот так и возникали новые поселения. Сперва зимовье — обычная курная изба. Потом ее надстраивали, и получалось нечто вроде отдельной крепостной башни. Потом обносили тыном — это был уже острожек. Потом поселение разрасталось, ставили более прочные стены с башнями, и это называлось уже городом.
Сибирские города походили друг на друга. Основой стен служили деревянные срубы-городни. Но в Европейской России их засыпали изнутри землей и камнями, а в Сибири нападавшие не имели стенобитных орудий, и внутренняя часть срубов использовалась под хозяйственные помещения. Непременными принадлежностями города были церковь, съезжая изба (канцелярия воеводы), государевы амбары. А когда город разрастался, возникали 2–3 кольца укреплений, старых не ломали. Селились ремесленники — судя по археологическим раскопкам Мангазеи, там жили искусные корабелы, кузнецы, плотники, мастера прикладного искусства. Устраивались мощеные улицы, лавки, обязательно — торговая площадь. Одним концом она примыкала к крепости, чтобы при опасности люди могли быстро укрыться, другим выходила к реке, главной транспортной магистрали. На торгу располагались таможенная изба, гостиный двор, кабак. Из зимовья, где Бугор оставил 2 казаков, возник г. Усть-Кут, из зимовья на Киренге — Киренск. На Илиме в 1630 г. был построен Илимский острог, на Ангаре — Ленский волок и Братский острог.
Экспедиция Пенды имела главной целью разведку новых мест, делала долгие остановки и по Нижней Тунгуске путешествовала 3 года. До Лены добралась в 1630 г., спустилась вниз по реке, потом поднялась к ее верховьям, степью достигла Ангары и по Енисею возвратилась в Туруханск. Экспедиция Перфильева и Реброва возвращаться пока не собиралась, исследовала Алдан и пошла открывать новые края в низовья Лены. А отряду Добрынского и Васильева не повезло. Он тоже путешествовал по Лене и Алдану, собирая ясак, но с местными племенами отношения испортил и в боях потерял половину личного состава, из 30 чел. вернулось 15. Для Сибири дело было обычное. Бывали и экспедиции, погибшие полностью — такие и для потомков оставались неизвестными. Некому было доложить потом о их составе, маршрутах, открытиях. Только изредка в Приполярье или таежных глубинах обнаруживают их останки.
Западная Сибирь, несмотря на военный быт, приобретала уже вполне “благоустроенные” черты. Немало свособствовало этому назначение тобольским воеводой стольника Алексея Трубецкого, впоследствии видного государственного деятеля и полководца. При нем и сменившем его на воеводстве Юрии Сулешове Тобольск превратился в настоящую сибирскую столицу. Возводились новые стены кремля с 9 башнями, украшенными двуглавыми орлами, строились храмы, палаты, гостиный двор, резиденция архиепископа, купеческие кварталы, по ходатайству архиепископа Киприана открылся богадельный дом для состарившихся и увечных служилых — их содержали на казенный счет. По Западной Сибири была организована ямская служба. И не только на лошадях, как в Европейской России. В некоторых районах зимой она действовала на собаках, летом — по рекам на лодках.