Царь сперва промедлил, сосредоточив войско под Смоленском и ожидая вторжения главных сил Польши. И лишь разобравшись, что его не будет, двинул армию на юг. По традиции командование поручалось высшим боярам. Воеводой стал Мстиславский, которому Борис за победу посулил руку дочери Ксении. У него было 50 тыс. бойцов против 18 тыс. врагов. Лжедмитрий попытался компенсировать численное неравенство внезапностью. Когда царское войско еше не успело изготовиться к бою, вдруг обрушил удар тяжелой польской конницы на правый фланг. Гусары прорвали боевые порядки и понеслись по тылам к ставке Мстиславского, ранив воеводу и чуть не захватив его знамя. Но едва русские оправились от неожиданности, на поляков навалились стрелецкие части, и те смогли вырваться назад лишь с большими потерями.
Геройствовать ради Годунова Мстиславский желания не имел, после боя отвел войско на несколько верст и запросил подкреплений, чтобы раздавить противника наверняка. Но и “рыцарство” смекнуло, что пахнет жареным, и под предлогом невыплаты жалования большинство поляков вместе с Мнишеком уехало домой, еще и ограбив своего “царя”. Он бежал из-под Новгорода-Северского. Правда, к нему присоединились еще 20 тыс. запорожцев, но и к Мстиславскому привел подмогу Шуйский. Отправились в преследование и столкнулись 21 января 1605 г. у с. Добрыничи. Лжедмитрий пробовал повторить прежний маневр, бросив конницу на правофланговый полк. Атакой его потеснили, но отступающая московская кавалерия вдруг раздалась в стороны, а за ней были построены стрельцы, защищенные временным укреплением из телег и открывшие убийственный огонь. Сторонники самозванца покатились назад, на них навалилась вся царская армия и рубила бегущих. На поле боя закопали 11 тыс. трупов “дмитриевцев”, сам “царь” едва не попал в плен. Его бросили последние поляки, ушли запорожцы, и он укрылся в Путивле.
Да только и царские воеводы усердием не отличались. Долго осаждало Рыльск, не в силах его взять. И Мстиславский приказал распустить дворян на зиму, докладывая, что для осады городов нужна тяжелая артиллерия. Царь роспуск отменил, вызвав возмущение воинов, не готовых к зимней кампании. “Стенобойный наряд” был выслан в армию немедленно, а чтобы встретить его, воеводы получили приказ идти к крепости Кромы, перекрывшей дорогу на Москву. Годунов делал ошибку за ошибкой. В мятежную Комарицкую волость направил карательную экспедицию Плещеева из татар, ногаев и других “инородцев”. Там покатился террор — мужчин вешали и расстреливали, женщин и детей топили или продавали в рабство. Итогом стала решимость повстанцев сражаться насмерть. В столице шпионы хватали на пытки и расправы за одно упоминание имени Дмитрия — и озлобили москвичей. Шуйского и Мстиславского царь отозвал (что их дополнительно оскорбило). А вместо них назначил отличившегося Басманова. Его Борис обласкал, пожаловал боярство, и теперь уже ему наобещал в жены Ксению.
Царское войско прочно завязло под Кромами, где оборонялся атаман Карела с 4 тыс. казаков. От города ничего не осталось, при бомбардировках сгорели и дома, и стены. Но казаки сдаваться не думали, понарыли под валами целый лабиринт нор и окопов, где жили, пережидали обстрелы, а потом пулями встречали атаки. Еще и издевались — периодически на вал выходила неимоверно толстая голая маркитантка, дразня осаждающих обидными телодвижениями. Жертвовать жизнями на штурмах никто не стремился. Не проявлял рвения и враг Годуновых Василий Голицын, оставшийся на командовании между отъездом прежних воевод и прибытием новых. Войско разлагалось от безделья, читало подметные письма самозванца, страдало от дизентерии. И все равно восстание рано или поздно было бы подавлено. Но 15 апреля 1605 г. скончался Борис Годунов. Если он еще мог жесткой рукой держать страну в повиновении, то его сыну Федору подчиняться не хотели. Ситуацию усугубил обман патриарха, известившего, будто Федор тоже избран Земским Собором, хотя все знали — Собор не созывался. Да и фактическими правителями при 16-летнем царе стали его мать Мария Скуратова и Семен Годунов, ненавидимые всеми. Вознесшегося честолюбивого Басманова они тоже оскорбили, сделав его лишь вторым воеводой под началом Катырева-Ростовского, да еще и назначили над ним своего родича Телятевского.