10 августа 1939 года политбюро приняло постановление, которое прошло под высшим грифом секретности — «Особая папка». В нем говорилось, что жена Молотова, чье имя старательно не называлось, «проявила неосмотрительность и неразборчивость в отношении своих связей, в силу чего в окружении тов. Жемчужиной оказалось немало враждебных шпионских элементов, чем невольно облегчалась их шпионская работа».
Политбюро поручило НКВД «провести тщательную проверку всех материалов, касающихся тов. Жемчужиной». Умелые люди в НКВД немедленно состряпали показания о ее причастности к «вредительской и шпионской работе» и представили их в ЦК.
Но Сталин ее пока что помиловал — ему достаточно было подорвать репутацию Молотова. 24 октября политбюро вновь разбирало поведение Полины Семеновны.
Никита Хрущев вспоминает: «Волевая женщина… производила впечатление хорошего работника и хорошего товарища. И что было приятно — никогда не давала почувствовать, что она не просто член партии, а еще и жена Молотова… Сталин относился к ней с большим уважением… На грудь Жемчужиной сыпались ордена, но все по справедливости и не вызывали каких-либо разговоров. Вдруг — я и сейчас не могу ничем объяснить это — на Жемчужину был направлен гнев Сталина… С конкретными обвинениями в ее адрес выступил Шкирятов (заместитель председателя Комиссии партийного контроля)… Жемчужина выступила в свою защиту. Я восхищался ею внутренне, хотя и верил тогда, что Сталин прав, и был на стороне Сталина. Но она мужественно защищала свое партийное достоинство и показала очень сильный характер».
На этом заседании более серьезные обвинения против нее признали «клеветническими», но упрек в «неосмотрительности и неразборчивости» записали в постановление. В эти тяжелые для нее дни даже мелкий эпизод казался символическим.
Берия докладывал Сталину: «29 октября 1939 года в 4 часа 25 минут лифт, в котором т. В.М. Молотов направлялся к себе на квартиру, остановился и простоял между первым и вторым этажами здания 40 минут.
Проведенным предварительным расследованием установлено, что причиной остановки лифта явилось переключение электропитания от старого кабеля на новый, производимое работниками Кремля под руководством начальника эксплуатационно-технического отдела Управления коменданта Кремля Матюхина.
Вопрос переключения электропитания предварительно был согласован с тов. Жемчужиной, которая определила время возможности переключения на 5 часов утра 29 октября с.г. Вопреки данному ему указанию инженер Матюхин начал производить работы в 4 часа 25 минут, в результате чего лифт был лишен электропитания. Мною дано указание об аресте инженера Матюхина.
Результаты расследования будут дополнительно доложены ЦК ВКП/б/ и СНК СССР.
Тов. Молотов нами проинформирован».
Полину Жемчужину сняли с поста Наркома рыбной промышленности и с большим понижением перевели в Республиканский наркомат местной промышленности начальником главка текстильной промышленности. В феврале 1941 года на XVIII конференции ВКП(б) Жемчужина лишилась партийного звания — кандидата в члены ЦК. Этот эпизод описал в дневнике генеральный секретарь исполкома Коминтерна Георгий Димитров:
«Вечернее заседание — закрытое. Выведены из состава членов и кандидатов ЦК и ревизионной комиссии ряд людей и пополнены новыми. Выведены — Литвинов, Меркулов (бывший нарком черной металлургии), Жемчужина и др.
Особое впечатление произвел случай с Жемчужиной. Она выступала неплохо: «Партия меня награждала, поощряла за хорошую работу. Но я увлеклась, мой заместитель (как наркома рыбной промышленности) оказался шпионом, моя приятельница — шпионка. Не проявила элементарной бдительности. Извлекая уроки из всего этого, заявляю, что буду работать до последних своих дней честно, по-большевистски».
После войны показалось, что Сталин простил ей старые грехи. В октябре 1946 года Жемчужину повысили — она возглавила Главное управление текстильно-галантерейной промышленности Министерства легкой промышленности СССР. Однако Сталин не оставил мысли разделаться с Молотовым. Да и с годами он стал винить Полину Семеновну в том, что она «плохо влияла» на Надежду Аллилуеву. Может быть, косвенно виновата в ее самоубийстве…
Анастас Микоян рассказывает в своих воспоминаниях совершенно фантастический эпизод. В 1948 году он приехал к Сталину, который отдыхал на юге вместе с Молотовым. За обеденный стол вместе с ними сел и всевластный помощник Сталина Поскребышев, который и к секретарям ЦК обращался на «ты». Вдруг Поскребышев встал и сказал:
— Товарищ Сталин, пока вы отдыхаете здесь на юге, Молотов и Микоян в Москве подготовили заговор против вас.
Вспыльчивый Микоян схватил стул и бросился на Поскребышева со словами:
— Ах ты, мерзавец!
Сталин остановил Микояна:
— Зачем так кричишь, ты же у меня в гостях?
Микоян стал горячо говорить:
— Это же невозможно слушать, такого не было и не могло быть!
Сталин ответил ему совершенно спокойно:
— Раз так, не обращай на него внимания.
Молотов сидел белый как бумага. Но молчал, не сказал ни слова.