Так продолжалось до 1807 года, когда из завоёванных у Пруссии польских областей Наполеон образовал новое польское государство, прозванное Великим Герцогством Варшавским. В этом маленьком государстве, призванном к жизни великим Наполеоном и полагавшем в нём все свои надежды на лучшее будущее, возродилось и польское масонство на новых, соответствовавших изменившемуся политическому положению началах, оно стало теперь следовать преимущественно французским образцам и вступило в тесную связь с французским великим востоком. Уже в 1807 году возникает французская ложа «Соединённых братьев поляков и французов» на востоке Варшавы в зависимости от парижского великого востока, окружая особу Наполеона почти религиозным культом, простиравшимся до установления орденской ленты пепельного цвета в воспоминание «цвета верхнего платья, в котором впервые вступил на польскую землю в 1806 году великий Наполеон, освободитель польского народа».
«Соединённые братья» вдохновлялись надеждой на более или менее близкое объединение Наполеоном всей поделённой Польши и укреплялись, вероятно, в этой надежде постепенным ростом польских масонских организаций, возрождением старых польских лож — «Святыни Изиды», 1809 г., «Богини Элевзис», «Северного щита» — в Варшаве, «Побеждённого предрассудка» — в Кракове и переходом прусских лож в зависимость от Парижа.
Политические события 1812…13 годов вновь вызывают перерыв в деятельности масонов, но, несмотря на официальное постановление великого польского востока от 30 января 1813 года о закрытии масонских лож, некоторые из них и сам великий капитул продолжают тайно свои работы в течение всего 1813 года. Благотворительные масонские общества в Варшаве, Вильне, Кракове и других городах, управляемые избранными из среды местных лож комиссиями, оказывают деятельную помощь находящимся в госпиталях больным, военнопленным и семействам погибших в боях.
В новый фазис жизни вступает польское масонство в 1815 году, после присоединения, согласно постановлению венского конгресса, значительной части варшавского герцогства к российской империи.
Польские масоны, назвавшие, как уже сказано, в конце XVIII века в честь русской «великодушной монархини» одну их своих лож ложей «Екатерины под Северной звездой», затем окружившие ореолом Наполеона, «ниспосланного для освобождения польского народа», теперь, после его падения, обратили свои взгляды к восходящей звезде русского императора, который оказывал знаки внимания Костюшке, дружил с Адамом Чарторыйским и не пожелал при въезде в Краков принять ключи от президента города, называя себя «не победителем, а другом поляков». Начинается новая полоса веры в нового «воскресителя» Польши, императора Александра.
Александр I благосклонно принимал выражения патриотических чувств. Двоякой целью руководствовался он в данном случае: созидательной и охранительной. «С одной стороны он хотел использовать польское масонство для проведения своего проекта касательно слияния Литвы с Польшей и, насаждая масонские ложи одновременно в Царстве Польском и Литве, влиять при их посредстве на общественное мнение, подготовить путём восстания прежней польско-литовской унии унию политическую».
Исполнителем этих предначертаний Александра I был генерал Александр Рожнецкий, избранный в 1816 году заместителем великого мастера польского Великого Востока.
Любопытную страницу в истории виленских лож занимает принадлежавший члену ложи
«Усердный Литвин», профессору виленского университета, доктору философии и медицины, Якову Шимкевичу, проект реформы масонства, сводившийся, главным образом, к исключению всяких тайн из обрядов и деятельности масонских лож. 16 марта 1818 года, на заседании своей ложи, Шимкевич высказал мнение, что для непосредственных целей, преследуемых масонами, для просвещения и благотворительности, какие бы то ни было тайны излишни, что они «являются притворством, очень дорого обходятся и способствуют дурной славе, тогда как орден может существовать и без них».
Объединив вокруг себя 17 сторонников реформы, преимущественно профессоров виленского университета, Шимкевич образовал франк-масонское реформированное товарищество под названием: ложа «Усердный Литвин» на востоке Вильна.
Характерная черта национального масонства, основанного в 1819 году майором IV линейного полка армии Царства Польского Валерианой Лукасинским, состояла в ограничении идеи человеческого братства, составляющего конечную цель обыкновенного масонства. Национальное масонство Лукасинского объединяло в духе мира и братства не весь род человеческий, но одних только поляков, допускало на первых порах только польское национальное братство. Первоначально целью масонского строительства была, согласно учению Лукасинского, одна только Польша, реставрация польского государства в самых широких границах. И лишь после освобождения родины польские национальные масоны предполагали расширить круг своей деятельности на всё славянство, а затем на всё человечество.