В оппозиционных кругах согласие Протопопова войти в консервативный кабинет Штюрмера было воспринято как предательство, особенно после того, как министр появился на заседании думской комиссии в мундире шефа жандармов. Коллеги Протопопова по партии октябристов приписывали неожиданное изменение его позиции скрытой болезни, которой воспользовался шарлатан Бадмаев. Французский посол Морис Палеолог передавал слухи о тибетском целителе: «Во время своих кабалистических операций ему нетрудно было приобрести влияние на этот неуравновешенный ум, на этот больной мозг, в котором проявляются уже симптомы, предвещающие манию величия».
Критики Протопопова оказались в очень невыгодном положении, поскольку перебежчик был одним из кандидатов «Прогрессивного блока» в состав «правительства общественного доверия». С формальной точки зрения Николай II выполнил рекомендации либеральной оппозиции, и поэтому, когда Родзянко доложил, что Протопопов, очевидно, сошел с ума, царь иронически заметил, что душевное расстройство товарища председателя Думы выяснилось почему-то только после его превращения в министра внутренних дел.
Недовольство Протопоповым усугублялось появлением в Министерстве внутренних дел его бывшего однополчанина-конногвардейца Курлова, которого общественное мнение подозревало в причастности к убийству Столыпина. В начале Первой мировой войны генерал был сделан особоуполномоченным по гражданскому управлению Прибалтийского края и вскоре опять привлек к себе негодующие взоры, не приняв должных мер для эвакуации Риги. Несмотря на то что в Думе раздавались призывы повесить изменника Курлова, министр пригласил его в свои заместители. Впрочем, генерал был настолько одиозной фигурой, что Протопопов предпочел не проводить его назначения в официальном порядке.
Возвращению Курлова из политического небытия способствовал Распутин. Во время отставки генерал успел близко сойтись со «старцем», которого когда-то мельком увидел в кабинете Столыпина. Следует отметить, что Курлов был одним из немногих мемуаристов, не отрекшихся от дружбы с Распутиным. Он высказал несколько панегирических оценок, писал о его христианской доброте, а также о «практическом понимании текущих вопросов даже государственного характера».
Курлов не изменил привычке подбирать сотрудников по принципу личной преданности вне зависимости от их деловых качеств. Когда в разговоре со Спиридовичем он упомянул о кандидатуре своего друга и партнера по финансовым операциям А.Т. Васильева, его собеседник отреагировал следующим образом: «Я ахнул: “Да что вы, Павел Григорьевич, да ведь он только пьет! Пьет и в карты играет. Какой же он директор Департамента полиции, да еще в теперешнее время?”». Курлов только усмехнулся, но своего решения не изменил. Таким образом, в критический для самодержавной власти период политический розыск находился в руках генерала, на чьей совести был грандиозный киевский провал, и бывшего прокурора, не имевшего никакого опыта в полицейских делах.
Некомпетентность Курлова и Васильева была настолько вопиющей, что они не смогли обеспечить безопасности Распутина, от которого зависела их карьера. Плотная филерская опека, раздражавшая распутинцев, была снята, и поэтому никто не заметил исчезновения «старца» в ночь с 16 на 17 декабря 1916 г. Между тем в Царском Селе начался переполох. Протопопов вызвал Курлова и Васильева и передал им требование императрицы разыскать «старца» во что бы то ни стало. Курлов так ревностно взялся за поручение, что велел доставить ему сенатора Белецкого, заподозрив его в причастности к исчезновению Распутина.
Действительно, преступление было совершено в точном соответствии с планом, некогда разработанным министром А.Н. Хвостовым и его помощниками. Они предполагали утопить труп Распутина в полынье на Неве, и полиция, используя водолазов, обнаружила тело «старца» под речным льдом. Остальные обстоятельства также совпадали с деталями, всплывшими еще во время дела Ржевского. Распутина пытались отравить ядом, подсыпанным в мадеру, а потом застрелили из револьвера. «Старца» заманили в западню, пообещав свидание с интересной женщиной.
Однако ни А.Н. Хвостов, ни Белецкий не имели отношения к убийству. После короткого замешательства полиция вышла на верный след. В ночь убийства один из городовых слышал выстрелы у дворца князя Феликса Юсупова графа Сумарокова-Эльстона. Хозяин дворца был молодым человеком, еще продолжавшим образование в Пажеском корпусе. Он был сыном московского генерал-губернатора, близким родственником Родзянко, но особое значение придавала ему близость к царствующему дому: он вступил в брак с великой княгиней Ириной Александровной, племянницей императора. Князь Юсупов объяснил городовому, что разъезжавшиеся с пирушки гости застрелили дворовую собаку. Это же объяснение Юсупов повторял в течение следующих дней. В письме к императрице Александре Федоровне он клялся в своей невиновности.