Шувалов не предавал огласке распоряжения, в которых приказывал жандармам доносить о любой, в том числе легальной, деятельности, которая казалась «неблагонадежной». Связь жандармов с осведомителями также скрывалась. Шувалов понимал, что открытое вмешательство жандармов в легальные действия граждан будет превратно истолковано большинством населения — ведь народ не понимает того, что совершенно очевидно для государя и его главного «стража»: чтобы сохранить самодержавие, нужно уничтожить оппозиционные настроения в самом зародыше, когда они еще не переросли в проповедь конституционного порядка и антиправительственные выступления.
Добившись утверждения закона 1867 г., в котором жандармы именовались «наблюдательным корпусом», далеким от расследования преступлений, Шувалов официально освободил своих подопечных в голубой форме от всех «неприятностей», связанных с Уголовным кодексом. Однако начальник тайной полиции вовсе не собирался отстранять жандармов от расследования преступлений. Теперь он получил большую свободу в борьбе с «неблагонадежными», даже если их деятельность была легальной. Впрочем, непосредственное участие жандармов в расследовании преступлений также предусматривалось законом, в котором говорилось, что в «исключительных случаях» полиция может обратиться за помощью к жандармам; организовать такие «просьбы» не составляло никакого труда.
Вплоть до 1870 г. Шувалову не пришлось ломать голову, как обойти Уголовный кодекс в борьбе с «неблагонадежными». Но уже в следующем году он не знал, как поступить с большим кружком молодых социалистов, раскрытым московской полицией и жандармами при расследовании одного нашумевшего убийства.
Главным организатором убийства был Сергей Нечаев, к тому времени уже скрывшийся за границей. В сентябре 1869 г. Нечаев предстал перед московскими революционерами как представитель мифического конспиративного общества «Мировое революционное содружество», якобы основанного анархистом Михаилом Бакуниным. Завербовав около 80 человек в свою собственную тайную организацию «Народная расправа», Нечаев убедил четырех молодых людей, что в их рядах есть предатель. 21 ноября 1869 г. предполагаемый предатель, студент И.И. Иванов, был убит в парке Московской сельскохозяйственной академии, а тело его утопили в пруду. После убийства Нечаев сбежал за границу, предоставив своим товарищам отвечать перед судом.
В результате следствия после раскрытия «Народной расправы» жандармы помогли полиции обеих столиц задержать 300 предполагаемых членов организации и им сочувствующих. Далее на протяжении нескольких недель велись дознание и сбор улик (для того времени это была очень долгая процедура). В конце концов удалось собрать улики для ареста только 152 человек. Остальные 148 задержанных были отпущены на свободу.
В соответствии с Судебной реформой 1864 г. на этой стадии активное участие жандармов в судебном разбирательстве заканчивалось, и по закону они должны были передать дело в судебные органы. Дальше начиналось юридическое следствие, в ходе которого следователи проверяли, систематизировали и обрабатывали собранные жандармами сведения, чтобы прокурор мог установить степень вины каждого подозреваемого. Прокурором на этом процессе выступал сам министр юстиции.
Шувалова не удовлетворил отчет министра юстиции К.И. Палена за 1871 г., составленный после расследования, в результате которого генерал-прокурор объявил о своем решении привлечь к судебной ответственности только 79 человек из задержанных полицией. Пален утверждал, что находящиеся в его распоряжении сведения о других 73 задержанных не дают прокурору достаточных доказательств их виновности перед судьями в судебной палате.
Пален подверг резкой критике действия Третьего отделения после окончания жандармами предварительного дознания. В данном случае, утверждал министр, юридические нормы были нарушены дважды: во-первых, жандармы повторно задержали нечаевцев, которые были освобождены за отсутствием улик; во-вторых, видимо, по инициативе Третьего отделения было организовано административное слушание дела, в результате чего задержанных отправили в административную ссылку. Пален осудил это двойное нарушение прав российских граждан, противоречащее Уголовному кодексу.
Разногласия между Министерством юстиции и Третьим отделением теперь стали очевидны. В середине апреля 1871 г. перед слушанием дела нечаевцев Шувалов официально обратился к Палену с предложением выработать новые «правила сотрудничества» и объединить усилия в борьбе с политическими преступниками. В результате была создана совместная проектная комиссия, а 19 мая император издал новый закон, который расширил полномочия жандармов.
В частности, закон от 19 мая 1871 г. предписывал жандармам при рассмотрении политических преступлений в обязательном порядке проводить предварительное дознание. Были, однако, учтены и требования сторонников Судебной реформы, в частности что ведущий дело прокурор должен непосредственно контролировать сбор улик, а не просто выступать в роли советника.