Многие жандармы сами высказывались против подобного вмешательства в судебное расследование; об этом писал жандарм Бачманов, уже прослуживший в корпусе 20 лет, когда его попросили осветить историческую роль жандармов. Он начал с благословенного времени Николая I, когда жандармы сами решали в зависимости от обстоятельств, как им бороться с нарушениями. Затем, замечает автор, роль корпуса изменилась: он стал посредником между правительством и верноподданными. Позднее Третье отделение наделило жандармов двумя совершенно не свойственными им функциями — шпионажа и проведения расследований для прокуратуры. Бачманов жаловался, что ведение судебных расследований требовало от жандармов соблюдения юридических норм на западный манер, и в результате многим преступникам удавалось избежать наказания.
При ликвидации «хождения в народ» в общей сложности было арестовано 717 участников. Поскольку задержанные обвинялись в политическом преступлении, их дальнейшую судьбу должны были решать министр юстиции Пален и новый начальник Третьего отделения генерал-адъютант А.Л. Потапов. Чрезмерная осторожность жандармов и следователей привела к тому, что дело продвигалось очень медленно. В результате 267 народников, которых привлекли к судебной ответственности, провели в предварительном заключении 3 года, дожидаясь суда. Часть этого срока они отсидели в петербургской городской тюрьме. За это время многие умерли или сошли с ума, и в назначенный срок перед судом предстали только 193 человека, причем трое из них скончались, не дождавшись приговора. Гибель стольких заключенных широко комментировалась в прессе и значительно подорвала авторитет правительства, против которого выдвигались также обвинения в умышленной отсрочке судебного разбирательства.
Неуверенность в том, как следует вести дело народников, привела к новым проволочкам, и в марте 1875 г. Комитет министров обсуждал, что же делать дальше. Члены Комитета высказывались за открытый процесс, но с соблюдением ограничений, предусмотренных законом от 7 июня 1872 г. Они полагали, что обнародование доводов прокурора и улик против народников поможет разоблачить «всю тлетворность изъясненных учений и степень угрожающей от них опасности».
До «процесса ста девяноста трех» началось слушание «дела пятидесяти» (о кружке «москвичей», арестованном осенью 1875 г.) в Особом присутствии Правительствующего сената, которое должно было определить, имели ли подсудимые связи с «нелегальным обществом», собиравшимся свергнуть правительство. Уже в первые дни заседания благоприятный исход дела казался военному министру Дмитрию Милютину настолько очевидным, что 24 января он публично одобрил стратегию гласности Палена «для противудействия зловредному направлению нашей молодежи и антисоциальным учениям, увлекающим множество легкомысленных людей».
К большому удовлетворению Палена, решением специальной палаты от 14 марта были оправданы только трое обвиняемых. Остальных приговорили к различным наказаниям: 15 человек — к каторге на срок от одного года до трех лет (для женщин приговор был смягчен), 21 человека — к ссылке в Сибирь на поселение, 11 человек — к тюремному заключению на срок от одного года до четырех лет. В марте результаты судебного разбирательства по «делу пятидесяти» были представлены Комитету министров, который постановил использовать аналогичные судебные процедуры при слушании дела народников.
Только один из членов Комитета министров иначе воспринял происходящее. Министр иностранных дел князь A.M. Горчаков говорил Палену, что речи «одержимых» подзащитных поразили его, как и многих других присутствующих на суде, своей зрелостью. Пален надеялся «убедить наше общество и Европу, что это дело кучки недоучившихся мечтателей, мальчишек и девчонок, и с ними нескольких пьяных мужиков». К сожалению, писал Палену министр иностранных дел, «теперь Европа знает, что враги правительства не так ничтожны, как вы это хотели показать».
К началу процесса по «делу ста девяноста трех» в октябре жандармы допросили 4 тыс. свидетелей и подозреваемых. Никогда ранее судебное расследование не тянулось так долго — впервые перед судом предстало такое количество обвиняемых. Весь мир пристально следил за ходом процесса, и власти понимали, что решения суда должны отразить позицию правительства, которое, несмотря на угрозу своей безопасности, действует справедливо и в соответствии с законом, осознавая всю полноту своей ответственности.
Чтобы сам ход дела не получил слишком широкой огласки, Пален умышленно выбрал помещение, с трудом вмещавшее подсудимых, свидетелей, адвокатов, жандармов и судебных чиновников, отклонив просьбы адвокатов перенести заседания в более просторное помещение, в котором могли разместиться публика и представители прессы. Тем не менее некоторым журналистам было разрешено присутствовать на суде, но единственной разрешенной публикацией о процессе был официальный отчет в «Правительственном вестнике».