Доказывая невиновность Засулич, защитник обвинил Трепова в провокации. Этот высокопоставленный чиновник приказал выпороть революционера Боголюбова; совершенно естественно, что такой бесчеловечный поступок вызвал в Засулич справедливый гнев и негодование, которые оказались сильнее здравого смысла, и она решила убить Трепова. Виновата не она, а царский чиновник. Пресса подробно комментировала все, что происходило в суде, репортеры сидели в зале и записывали каждое выступление.
Суд присяжных, состоявший из мелких чиновников и служащих, согласился с мнением защитника и 31 марта 1878 г. оправдал Засулич, что вызвало громкие аплодисменты всего зала. В тот день жандармы не могли повторно арестовать Засулич без письменного распоряжения царя (только император отменял приговоры суда), ей удалось выйти из зала суда, и ее тотчас окружили восторженные единомышленники. Получив необходимые бумаги, жандармы настигли Засулич у здания тюрьмы, где оставались ее вещи, но друзья помогли революционерке скрыться от жандармов и вскоре сбежать в Швейцарию.
Через три дня после того, как суд присяжных публично скомпрометировал правительство, Александр II созвал Комитет министров, чтобы обсудить положение и решить, что делать дальше. Военный министр Милютин позднее вспоминал неожиданное заявление Палена при обсуждении политических дел, что правительство нуждается в судьях, которые готовы действовать «по приказанию начальства». Другими словами, он призывал правительство отказаться от независимых судов с их судьями и присяжными.
Разрабатывая стратегию борьбы с политическими врагами, царь в июле 1878 г. созвал Особое совещание, состоявшее из министра юстиции, помощника министра внутренних дел и начальника Третьего отделения генерала Николая Владимировича Мезенцова. Мезенцов говорил о необходимости расширения штата секретных агентов, считая, что лучший способ борьбы с революционерами состоит в проникновении в их группы, особенно в таких городах, как Харьков, Одесса и Киев. Агенты смогут опознать заговорщиков и раскрыть их планы; кроме того, если удастся войти к ним в доверие, можно попробовать спровоцировать революционеров на действия, которые вызовут общественное негодование и обратятся против них. Местные власти не имеют средств, а местные полицейские не располагают необходимыми навыками, чтобы провести эту операцию, поэтому, убеждал Мезенцов, выбирать двойных агентов, готовить их и руководить ими должно Третье отделение.
Во всеподданнейшем докладе, представленном императору, Особое совещание рекомендовало увеличить число жандармов и секретных агентов Третьего отделения. Кроме того, высказывались пожелания отменить ряд запретов, наложенных на жандармов при проведении расследований (в частности, запрет на обыски в типографиях без специального на то разрешения), более бдительно следить за политическими ссыльными, ужесточить меры борьбы с антиполицейской пропагандой.
1878 год, начавшийся с покушения Засулич, был продолжен другими террористическими актами. В мае был убит адъютант начальника Киевского губернского жандармского управления штабс-капитан Г.Э. Гейкинг. Покушавшийся Г.А. Попко напал на него поздним вечером, нанес удар кинжалом и скрылся от погони. Полковник В.Д. Новицкий предупреждал генерала Мезенцова, что в скором времени следует ожидать покушений на руководителей Третьего отделения. Мезенцов отвечал, что «власть шефа жандармов так еще велика, что особа шефа недосягаема, обаяние к жандармской власти так еще сильно, что эти намерения стоит отнести к области фантазий и бабьих сплетен, а не к действительности».
Генерал недооценил дерзости террористов. 4 августа Сергей Кравчинский убил шефа жандармов в самом центре столицы. После этого он вскочил в пролетку, запряженную кровным рысаком, и легко оторвался от преследователей. Третье отделение проявило полное бессилие. Кравчинский, писавший под литературным псевдонимом Степняк.
Он изложил мотивы покушения в брошюре, которая распространялась по почте. А тайная полиция не могла обнаружить преступников и даже не подозревала, что двое второстепенных участников покушения случайно попали в ее руки. На докладе исполняющего обязанности начальника Третьего отделения генерала Николая Дмитриевича Селивестрова против фразы «В городе спокойно, розыски продолжаются энергично, но все-таки не столь успешно, как бы желалось» Александр II раздраженно приписал: «Пока не вижу никакого результата». Сторонники революционного террора впоследствии отстаивали свою правоту, утверждая, что жестокость Мезенцова по отношению к народникам, которые умерли, не дождавшись суда, требовала справедливого возмездия.